در پی درگذشت عالم بزرگوار آیت‌الله آقای حاج شیخ ابوالفضل نجفی خوانساری، پیام تسلیتی از سوی مقام معظم رهبری صادر شد.
متن پیام تسلیت بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
در گذشت عالم بزرگوار آیه‌الله آقای حاج شیخ ابوالفضل نجفی خوانساری را به حوزه‌ی علمیه‌ی قم و علمای اعلام و فضلای محترم آن و نیز به بیت مکرم و آقازادگان معزز ایشان تسلیت عرض می‌کنم. خدمات این بزرگوار چه پیش از انقلاب که چهره‌ی بارزی در مجموعه‌ی جامعه‌ی مدرسین به شمار می‌رفتند و چه پس از انقلاب در سمت امامت جمعه و عضویت مجلس خبرگان از آثار فراموش نشدنی این عالم جلیل‌القدر محسوب می‌گردد. از خداوند متعال غفران و رحمت واسعه برای روح مطهر آن مرحوم و حشر با اولیاء الهی مسئلت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای
25/07/1380
متن پیام تسلیت بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
در گذشت عالم بزرگوار آیه‌الله آقای حاج شیخ ابوالفضل نجفی خوانساری را به حوزه‌ی علمیه‌ی قم و علمای اعلام و فضلای محترم آن و نیز به بیت مکرم و آقازادگان معزز ایشان تسلیت عرض می‌کنم. خدمات این بزرگوار چه پیش از انقلاب که چهره‌ی بارزی در مجموعه‌ی جامعه‌ی مدرسین به شمار می‌رفتند و چه پس از انقلاب در سمت امامت جمعه و عضویت مجلس خبرگان از آثار فراموش نشدنی این عالم جلیل‌القدر محسوب می‌گردد. از خداوند متعال غفران و رحمت واسعه برای روح مطهر آن مرحوم و حشر با اولیاء الهی مسئلت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای
25/07/1380