در پی درگذشت پدر امیردریابان علی شمخانی، مقام معظم رهبری پیام تسلیتی صادر فرمودند. متن پیام تسلیت مقام معظم رهبری بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
امیر دریابان علی شمخانی وزیر محترم دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح
درگذشت پدر مکرمتان را که پدر شهیدان عالی مقام نیز بود، به جنابعالی و سایر بازماندگان تسلیت می‌گویم. یقینا پرورش فرزندان مؤمن و صالح، جزو حسنات اعمال آن مرحوم به شمار می‌رود و انشاءالله مشمول رحمت و فضل الهی خواهد بود.
سیدعلی خامنه‌ای
14/05/1380
بسم الله الرحمن الرحیم
امیر دریابان علی شمخانی وزیر محترم دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح
درگذشت پدر مکرمتان را که پدر شهیدان عالی مقام نیز بود، به جنابعالی و سایر بازماندگان تسلیت می‌گویم. یقینا پرورش فرزندان مؤمن و صالح، جزو حسنات اعمال آن مرحوم به شمار می‌رود و انشاءالله مشمول رحمت و فضل الهی خواهد بود.
سیدعلی خامنه‌ای
14/05/1380