حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی و فرمانده کل قوا طی حکمی امیرسرتیب حبیب بقایی را به سمت جانشینی فرماندهی کل ارتش جمهوری اسلامی ایران منص.ب کردند:
متن حکم به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
امیرسرتیپ خلبان حبیب بقائی
به پیشنهاد فرمانده کل ارتش و نظر به تعهد و شایستگی و سوابق ارزنده‌تان، شما را به جانشینی فرماندهی کل ارتش جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم.
شایسته‌است با تدبیر فرماندهی کل ارتش، توان و تجربه شما نقشی فعال در تقویت توان رزم، ایجاد زمینه‌ی لازم برای رشد و شکوفایی نیروهای مستعد و جوان و فعالیتهای تحقیقاتی و خوداتکایی امور ارتش ایفاء کند.
از زحمات و تلاشهای امیرمصطفی ترابی‌پور در مدت تصدی این مسؤولیت تشکر و قدردانی می‌کنم.
توفیق همگان را از خداوند متعال مسئلت می‌کنم.
سید علی خامنه‌ای
06/03/1380
متن حکم به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
امیرسرتیپ خلبان حبیب بقائی
به پیشنهاد فرمانده کل ارتش و نظر به تعهد و شایستگی و سوابق ارزنده‌تان، شما را به جانشینی فرماندهی کل ارتش جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌کنم.
شایسته‌است با تدبیر فرماندهی کل ارتش، توان و تجربه شما نقشی فعال در تقویت توان رزم، ایجاد زمینه‌ی لازم برای رشد و شکوفایی نیروهای مستعد و جوان و فعالیتهای تحقیقاتی و خوداتکایی امور ارتش ایفاء کند.
از زحمات و تلاشهای امیرمصطفی ترابی‌پور در مدت تصدی این مسؤولیت تشکر و قدردانی می‌کنم.
توفیق همگان را از خداوند متعال مسئلت می‌کنم.
سید علی خامنه‌ای
06/03/1380