در پی درگذشت حجت‌الاسلام والمسلمین حاج سید حسین آیت‌اللهی، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای پیام تسلیتی خطاب به آیت‌الله سید عبدالعلی آیت‌اللهی، خاندان آن مرحوم و مردم استان فارس صادر فرمودند. متن پیام مقام معظم رهبری به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
آیت‌الله آقای حاج سید عبدالعلی آیت‌اللهی دامت برکاته
رحلت تأسف‌انگیز برادر مکرم جنابعالی، عالم مجاهد پارسا مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج سید حسین آیت‌اللهی را به جنابعالی و خاندان مکرم آن مرحوم و عموم مردم استان فارس بخصوص مردم مؤمن و با وفای جهرم صمیمانه تسلیت می‌گویم.
آن سید شریف و عزیز بی‌شک از جمله‌ی حسنات روزگار و از برجستگان بیت رفیع مرحوم آیت‌الله‌العظمی حاج سید عبدالحسین لاری و از ستارگان فروزان این مجموعه نورانی محسوب می‌شدند.
دوران جوانی و بخش اعظم عمر با برکت ایشان در راه دفاع از دین و از حقیقت و مجاهدت در راه خدا و خدمت به مردم‌گذشته است.
یقینا مردم صمیمی و با صفای آن سامان تا مدتهای طولانی خاطره‌ی صفا و معنویت و شجاعت و پارسایی این بزرگوار را از یاد نخواهند برد.
از خداوند متعال مسألت می‌کنم که رحمت و مغفرت خود را بر روح آن مرحوم افاضه فرماید و به جنابعالی و دیگر بازماندگان بخصوص خانواده و فرزندان محترم و همه ارادتمندان و دوستان ایشان صبر و اجر عنایت نماید.
والسلام علیکم و رحمه الله
سید علی خامنه‌ای
26 دی ماه 1379
20 شوال 1421
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
آیت‌الله آقای حاج سید عبدالعلی آیت‌اللهی دامت برکاته
رحلت تأسف‌انگیز برادر مکرم جنابعالی، عالم مجاهد پارسا مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج سید حسین آیت‌اللهی را به جنابعالی و خاندان مکرم آن مرحوم و عموم مردم استان فارس بخصوص مردم مؤمن و با وفای جهرم صمیمانه تسلیت می‌گویم.
آن سید شریف و عزیز بی‌شک از جمله‌ی حسنات روزگار و از برجستگان بیت رفیع مرحوم آیت‌الله‌العظمی حاج سید عبدالحسین لاری و از ستارگان فروزان این مجموعه نورانی محسوب می‌شدند.
دوران جوانی و بخش اعظم عمر با برکت ایشان در راه دفاع از دین و از حقیقت و مجاهدت در راه خدا و خدمت به مردم‌گذشته است.
یقینا مردم صمیمی و با صفای آن سامان تا مدتهای طولانی خاطره‌ی صفا و معنویت و شجاعت و پارسایی این بزرگوار را از یاد نخواهند برد.
از خداوند متعال مسألت می‌کنم که رحمت و مغفرت خود را بر روح آن مرحوم افاضه فرماید و به جنابعالی و دیگر بازماندگان بخصوص خانواده و فرزندان محترم و همه ارادتمندان و دوستان ایشان صبر و اجر عنایت نماید.
والسلام علیکم و رحمه الله
سید علی خامنه‌ای
26 دی ماه 1379
20 شوال 1421