رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت الله خامنه‌ای در پیامی درگذشت روحانی خدوم و بزرگوار مرحوم حجت الاسلام آقای حاج شیخ محمد جعفر ثمری رحمة الله علیه را تسلیت گفتند.
متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
در گذشت روحانی خدوم و بزرگوار مرحوم حجة الاسلام آقای حاج شیخ محمد جعفر ثمری رحمة الله علیه را به خاندان محترم و دوستان و ارادتمندان ایشان و به عموم مردم عزیز شهریار تسلیت می‌گویم. این عالم خدمتگزار و ابوالشهید در طی سالیان متمادی خدمات با ارزشی به مردم مؤمن آن سامان انجام داده و امید است این تلاش ها مأجور و مقبول حضرت احدیت باشد. رحمت و غفران الهی بر آن مرحوم باد.
والسلام علیکم و رحمة الله
سید علی خامنه‌ای
9/3/1384
متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
در گذشت روحانی خدوم و بزرگوار مرحوم حجة الاسلام آقای حاج شیخ محمد جعفر ثمری رحمة الله علیه را به خاندان محترم و دوستان و ارادتمندان ایشان و به عموم مردم عزیز شهریار تسلیت می‌گویم. این عالم خدمتگزار و ابوالشهید در طی سالیان متمادی خدمات با ارزشی به مردم مؤمن آن سامان انجام داده و امید است این تلاش ها مأجور و مقبول حضرت احدیت باشد. رحمت و غفران الهی بر آن مرحوم باد.
والسلام علیکم و رحمة الله
سید علی خامنه‌ای
9/3/1384