حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی طی حکمی آیت‌الله حاج سید یوسف طباطبایی را به سمت امامت جمعه اصفهان و نمایندگی خود در استان اصفهان منصوب کردند. متن حکم مقام معظم رهبری به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب مستطاب سید الاعلام و حجت الاسلام والمسلمین آقای حاج سید یوسف طباطبائی دامت برکاته
اکنون که آیت الله طاهری از امامت جمعه ی اصفهان کناره گیری کرده اند جنابعالی را که مزین به زیور علم و عمل و مفتخر به خدمات ارزنده به نظام مقدس جمهوری اسلامی و سرافراز به تقدیم شهدای عالی مقام می باشید، به امامت جمعه ی آن شهر پر افتخار و نمایندگی خود در میان مردم مؤمن و شجاع و شهید پرور آن استان منصوب می کنم.
اصفهان در تاریخ انقلاب دارای نقشی ویژه است و مردم هوشمند و لایق آن بر جستگی های فراوانی را در میدان جهاد و سیاست و علم و سازندگی از خود نشان داده اند.
جوانان پر شور و انقلابی آن در همه ی آزمایش های دشوار توانستند راه درست را هشیارانه بیابند و آن را شجاعانه طی کنند. نام شهیدان پر آوازۀ اصفهان هم اکنون در چهار گوشه ی کشور با گوش دل و جان مردم، آشناست. حوزه ی علمیه و دانشگاه آن شهر هم اکنون از جمله ی سرآمدان حوزه و دانشگاهند و حضور بزرگانی که معلم دین و اخلاق اند مایه ی رشد تقوا و خود آگاهی در آن شهر است. حضور شخصیت جامع علمی و عملی و انقلابی جنابعالی در مسؤولیت خطیر امامت جمعه ی اصفهان خواهد توانست وحدت و نشاط و استقامت در صراط مستقیم اسلام و انقلاب را در آن شهر و استان روز افزون سازد انشاء الله امید است نماز جمعه محور وحدت و همدلی و مرکز نشر ایمان و معنویت و جایگاه ممتاز تبیین اندیشه های انقلاب و امام باشد و دل های تشنه ی جویندگان حقیقت را سیراب کند.
بی شک مساعدت و همکاری ارزشمند علمای اعلام و برجستگان حوزه و دانشگاه و عموم مردم مؤمن سرمایه ی ارزشمندی برای ایفای مسؤولیت های خطیر و اقامه ی هر چه بهتر این فریضه ی بزرگ خواهد بود انشاءالله.
لازم می دانم از زحمات طاقت فرسای آیت الله آقای طاهری در سالیان تحمل مسؤولیت امامت جمعه اصفهان تشکر کنم. توفیق و تفضل الهی را برای همگان مسئلت می نمایم.
والسلام علیکم و رحمت الله
سید علی خامنه ای
25/6/1381