در پی درگذشت مرحوم آیتالله آقای سیدمحمدتقی حکیم، رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی خطاب به آیتالله آقای حاج سیدمحمدباقر حکیم صادر فرمودند.
متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
آیتالله آقای حاج سید محمدباقر حکیم دامت‌برکاته
خبر درگذشت مرحوم آیتالله آقای سید محمدتقی حکیم که از چهره‌های شاخص و فعال علمی در حوزه‌ی مبارکه نجف اشرف بودند موجب تأثر گردید. خاندان مرحوم آیتالله العظمی آقای حکیم اعلی‌الله مقامه در قضایای علمی و سیاسی و اجتماعی آن حوزه‌ی مبارکه محنت‌ها و آزمایشهای بزرگی را شاهد بوده و همواره در قضایای ملت مظلوم عراق سهمی وافر ادا کرده‌اند.
اینجانب در گذشت آن عالم بزرگوار و خدوم را به جنابعالی و دیگر اعلام بزرگوار بیت حکیم تسلیت عرض می‌کنم و علو درجات آن مرحوم را از خداوند متعال مسئلت می‌نمایم. تسلیت اینجانب را به بازماندگان آن مرحوم و دیگر اعلام بیت شریف حکیم ابلاغ فرمایند.
والسلام علیکم و رحمة الله
سیدعلی خامنه‌ای
26 خرداد 1381