حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی اعضاء هیأت امنای مرکز علوم اسلامی جامعة‌الزهرا (ع) را منصوب کردند. متن حکم مقام معظم رهبری بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
مرکز علوم اسلامی جامة‌الزهرا (س) که به تدبیر و همت امام راحل (رض) در حوزه‌ی علمیه قم تأسیس گردید اکنون بحمدالله برکات و آثار خود را آشکار ساخته است، جمع کثیری از بانوان از سراسر کشور و از دیگر کشورها در این مرکز عالی علمی و تحقیقی پرورش یافته و در اقطار اسلامی منتشر گشته‌اند، لازم است از زحمات حضرات اعضای معظم هیأت مؤسس جامعةالزهراء و دیگر دست‌اندرکاران صمیمانه تشکر نمایم و پیرو تصمیم هیأت محترم مؤسس بر احاله امور به فضلای تازه نفس، موافقت خود را با تصمیم حضرات اعلام کرده، توفیقات آقایان معظم را از خداوند متعال مسئلت می‌نمایم.
لازم است برای ادامه فعالیت این مرکز آموزشی تحقیقی بانوان اموری را متذکر گردم.
1ـ اعضاء فعلی هیأت مدیره باضافه مدیر حوزه علمیه قم و دو نفر از علماء بانتخاب شورای عالی مدیریت حوزه به مدت پنج سال به عنوان هیأت امناء جامعةالزهراء منصوب می‌گردند تا عهده‌دار کلیه وظایف هیأت موسس و هیأت مدیره باشند.
2ـ جامعةالزهراء بعنوان یک مرکز معتبر و مستقل به فعالیت ادامه داده و مدرک رسمی از جانب حوزه علمیه به فارغ‌التحصیلان خود اعطاء نماید که لازم است حضرات محترم شورای عالی مدیریت حوزه اقدام مناسب را در این جهت بنمایند.
3ـ با توجه به تجربه طولانی و موفق جامعةالزهراء، در رابطه با حوزه‌های خواهران در شهرستانها بگونه‌ای عمل شود که تحصیلات علوم دینی بانوان با برنامه‌های جامعةالزهراء، هماهنگ باشد و بانوان محترمه در سراسر کشور از یک نظام جامع و یکنواخت برخوردار باشند.
امید است کلیه دست‌اندرکاران مربوط با کمال همفکری و همکاری و به کارگیری نوآوری در قالب و محتوای برنامه‌ها به اعتلای سطح معارف و فرهنگ دینی بانوان همت گمارند تا در آینده شاهد شمار فراوان زنان اندیشمند، اسلام شناس، صاحبنظر، وارسته و الگو برای زنان مسلمان در داخل کشور و سایر کشورها باشیم.
والسلام علیکم و رحمة‌الله
سیدعلی خامنه‌ای
25 مهر1380
بسم الله الرحمن الرحیم
مرکز علوم اسلامی جامة‌الزهرا (س) که به تدبیر و همت امام راحل (رض) در حوزه‌ی علمیه قم تأسیس گردید اکنون بحمدالله برکات و آثار خود را آشکار ساخته است، جمع کثیری از بانوان از سراسر کشور و از دیگر کشورها در این مرکز عالی علمی و تحقیقی پرورش یافته و در اقطار اسلامی منتشر گشته‌اند، لازم است از زحمات حضرات اعضای معظم هیأت مؤسس جامعةالزهراء و دیگر دست‌اندرکاران صمیمانه تشکر نمایم و پیرو تصمیم هیأت محترم مؤسس بر احاله امور به فضلای تازه نفس، موافقت خود را با تصمیم حضرات اعلام کرده، توفیقات آقایان معظم را از خداوند متعال مسئلت می‌نمایم.
لازم است برای ادامه فعالیت این مرکز آموزشی تحقیقی بانوان اموری را متذکر گردم.
1ـ اعضاء فعلی هیأت مدیره باضافه مدیر حوزه علمیه قم و دو نفر از علماء بانتخاب شورای عالی مدیریت حوزه به مدت پنج سال به عنوان هیأت امناء جامعةالزهراء منصوب می‌گردند تا عهده‌دار کلیه وظایف هیأت موسس و هیأت مدیره باشند.
2ـ جامعةالزهراء بعنوان یک مرکز معتبر و مستقل به فعالیت ادامه داده و مدرک رسمی از جانب حوزه علمیه به فارغ‌التحصیلان خود اعطاء نماید که لازم است حضرات محترم شورای عالی مدیریت حوزه اقدام مناسب را در این جهت بنمایند.
3ـ با توجه به تجربه طولانی و موفق جامعةالزهراء، در رابطه با حوزه‌های خواهران در شهرستانها بگونه‌ای عمل شود که تحصیلات علوم دینی بانوان با برنامه‌های جامعةالزهراء، هماهنگ باشد و بانوان محترمه در سراسر کشور از یک نظام جامع و یکنواخت برخوردار باشند.
امید است کلیه دست‌اندرکاران مربوط با کمال همفکری و همکاری و به کارگیری نوآوری در قالب و محتوای برنامه‌ها به اعتلای سطح معارف و فرهنگ دینی بانوان همت گمارند تا در آینده شاهد شمار فراوان زنان اندیشمند، اسلام شناس، صاحبنظر، وارسته و الگو برای زنان مسلمان در داخل کشور و سایر کشورها باشیم.
والسلام علیکم و رحمة‌الله
سیدعلی خامنه‌ای
25 مهر1380