حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پی درخواست حوزه علمیه و مردم اصفهان از معظم‌له، طی نامه‌ای به آیت‌الله حاج شیخ حسین مظاهری، مقتضی دانستند که ایشان به اصفهان نقل مکان نمایند و ضمن بنا نهادن پایگاه رفیع درس و تحقیق، تربیت طلاب و فضلا و ارشاد و هدایت عموم مردم و پاسخگویی به مراجعات دینی و شرعی آنان را وجهه همت خود قرار دهند.
متن نامه مقام معظم رهبری بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب مستطاب آیت‌الله آقای حاج شیخ حسین مظاهری(دامت برکاته)
پس از سلام و تحیت بر خاطر شریف آن جناب پوشیده نیست که اصفهان، شهر علم و دین و شهر تقوا و تعبد و شهر انقلاب و جهاد است و علماء و مردم مؤمن و هوشمند آن، در گذشته و حال، منشاء آنچنان خدمات بزرگی در زمینه‌های گوناگون شده‌اند که همه‌ی کشور از برکات آن برخوردار بوده و هست. حوزه‌ی علمیه‌ی کهن و ریشه‌دار آن که سلف حوزه‌ی عظیم‌الشأن قم محسوب می‌گردد؛ علما و فقهای بزرگی که هر یک در زمان خود، قطب فقاهت به شمار آمده و برخی منشاء تحول در فقه و مربی جمعی از فقهای نامدار گردیده‌اند؛ مرکزیت فرهنگی و ادبی و شعری و هنری در ادوار گوناگون تاریخ اسلام که یادگارهای آن در همه‌ی ایران بلکه در سراسر جهان گسترده است؛ فراورده‌های علمی و دینی و برجسته‌تر از همه کتب و مصنفات بیشمار در فقه و فلسفه و حدیث که امروزه گستره‌ی علمی اسلام از آن منتفع و بدان متنعم است؛ و بسی از برجستگیهای دیگر؛ همه و همه در شمار مناقب و فضائل اصفهان و مردم متدین و هوشمند و کوشنده‌ی آن است که توانسته‌اند در عرصه‌های گوناگون علمی و فرهنگی و سیاسی حضور و تأثیر خود را در کشور و در تاریخ، ماندگار سازند.
در انقلاب کبیر اسلامی و حوادث مربوط به آن و از جمله دوران هشت‌ساله‌ی دفاع مقدس نیز اصفهان و مردم فداکار و پیشرو آن، نقش بارز خود را اثبات کردند: علمای اعلام آن با حضور روشنگر خود در همه‌ی صحنه‌ها که مظهر اطاعت از امام راحل عظیم بود، مردم را به حرکت آگاهانه دعوت کردند، و توده‌ی مردم متدین از همه‌ی قشرها با جان و مال و امکانات خود، بیدریغ به کمک اسلام و انقلاب شتافتند.
بحمدالله و المنه خود آن جناب نیز از حسنات اصفهان و هدیه‌ی ارزشمندی از آن شهر فضیلت‌‌پرور به حوزه‌ی والا مقام قم و به طلاب و جویندگان علم و معرفت و اخلاق می‌باشید و سالهای متمادی پس از آن که حظ عظیمی از آن سرچشمه‌ی جوشان فقه و علم و معرفت، به دست آورده‌اید، خود در مسند استادی فقه و اخلاق، جمع کثیری از فضلاء و مستعدان را از فیوضات بهره‌مند ساخته‌اید.
اینک اصفهان ـ حوزه‌ی علمیه و مردم آن ـ جنابعالی را به اصفهان فرامی‌خوانند. قاطبه‌ی علمای محترم و عزیز اصفهان که درمیان آنان شخصیتهای برجسته‌ی علمی و دینی نیز حضور دارند و همواره مایه‌ی اعتلای حوزه علمیه‌ی اصفهان بوده‌اند، در نامه‌یی این را از اینجانب در خواست کرده و شوق خود و مردم را منعکس ساخته‌اند . لذا اینجانب مقتضی می‌دانم که جنابعالی به اصفهان نقل مکان فرموده و پایگاه رفیعی از درس و تعلیم و تحقیق بنا نهید و تربیت طلاب و فضلاء و ارشاد و هدایت عموم مردم و پاسخگویی به مراجعات دینی و شرعی آنان را وجهه‌ی همت سازید.
بی‌شک مردم مؤمن و فرهنگ دوست و هوشمند استان و شهر اصفهان که به روحانیت معظم عشق می‌ورزند. مقدم جنابعالی را گرامی می‌دارند و با قدردانی از برکات وجود شریف، بهره‌ی وافر از حضور علمی و اخلاقی و اجتماعی و فرهنگی آن جناب خواهند برد ان‌شاءالله .
امید است جنابعالی و دیگر علمای اعلام اصفهان و مردم عزیز آن سامان مشمول توجه و عنایت ویژه‌ی حضرت بقیةالله (ارواحنا فداه) بوده باشید.
والسلام علیکم و رحمةالله
سیدعلی خامنه‌ای
9 آذر 1374
متن نامه مقام معظم رهبری بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب مستطاب آیت‌الله آقای حاج شیخ حسین مظاهری(دامت برکاته)
پس از سلام و تحیت بر خاطر شریف آن جناب پوشیده نیست که اصفهان، شهر علم و دین و شهر تقوا و تعبد و شهر انقلاب و جهاد است و علماء و مردم مؤمن و هوشمند آن، در گذشته و حال، منشاء آنچنان خدمات بزرگی در زمینه‌های گوناگون شده‌اند که همه‌ی کشور از برکات آن برخوردار بوده و هست. حوزه‌ی علمیه‌ی کهن و ریشه‌دار آن که سلف حوزه‌ی عظیم‌الشأن قم محسوب می‌گردد؛ علما و فقهای بزرگی که هر یک در زمان خود، قطب فقاهت به شمار آمده و برخی منشاء تحول در فقه و مربی جمعی از فقهای نامدار گردیده‌اند؛ مرکزیت فرهنگی و ادبی و شعری و هنری در ادوار گوناگون تاریخ اسلام که یادگارهای آن در همه‌ی ایران بلکه در سراسر جهان گسترده است؛ فراورده‌های علمی و دینی و برجسته‌تر از همه کتب و مصنفات بیشمار در فقه و فلسفه و حدیث که امروزه گستره‌ی علمی اسلام از آن منتفع و بدان متنعم است؛ و بسی از برجستگیهای دیگر؛ همه و همه در شمار مناقب و فضائل اصفهان و مردم متدین و هوشمند و کوشنده‌ی آن است که توانسته‌اند در عرصه‌های گوناگون علمی و فرهنگی و سیاسی حضور و تأثیر خود را در کشور و در تاریخ، ماندگار سازند.
در انقلاب کبیر اسلامی و حوادث مربوط به آن و از جمله دوران هشت‌ساله‌ی دفاع مقدس نیز اصفهان و مردم فداکار و پیشرو آن، نقش بارز خود را اثبات کردند: علمای اعلام آن با حضور روشنگر خود در همه‌ی صحنه‌ها که مظهر اطاعت از امام راحل عظیم بود، مردم را به حرکت آگاهانه دعوت کردند، و توده‌ی مردم متدین از همه‌ی قشرها با جان و مال و امکانات خود، بیدریغ به کمک اسلام و انقلاب شتافتند.
بحمدالله و المنه خود آن جناب نیز از حسنات اصفهان و هدیه‌ی ارزشمندی از آن شهر فضیلت‌‌پرور به حوزه‌ی والا مقام قم و به طلاب و جویندگان علم و معرفت و اخلاق می‌باشید و سالهای متمادی پس از آن که حظ عظیمی از آن سرچشمه‌ی جوشان فقه و علم و معرفت، به دست آورده‌اید، خود در مسند استادی فقه و اخلاق، جمع کثیری از فضلاء و مستعدان را از فیوضات بهره‌مند ساخته‌اید.
اینک اصفهان ـ حوزه‌ی علمیه و مردم آن ـ جنابعالی را به اصفهان فرامی‌خوانند. قاطبه‌ی علمای محترم و عزیز اصفهان که درمیان آنان شخصیتهای برجسته‌ی علمی و دینی نیز حضور دارند و همواره مایه‌ی اعتلای حوزه علمیه‌ی اصفهان بوده‌اند، در نامه‌یی این را از اینجانب در خواست کرده و شوق خود و مردم را منعکس ساخته‌اند . لذا اینجانب مقتضی می‌دانم که جنابعالی به اصفهان نقل مکان فرموده و پایگاه رفیعی از درس و تعلیم و تحقیق بنا نهید و تربیت طلاب و فضلاء و ارشاد و هدایت عموم مردم و پاسخگویی به مراجعات دینی و شرعی آنان را وجهه‌ی همت سازید.
بی‌شک مردم مؤمن و فرهنگ دوست و هوشمند استان و شهر اصفهان که به روحانیت معظم عشق می‌ورزند. مقدم جنابعالی را گرامی می‌دارند و با قدردانی از برکات وجود شریف، بهره‌ی وافر از حضور علمی و اخلاقی و اجتماعی و فرهنگی آن جناب خواهند برد ان‌شاءالله .
امید است جنابعالی و دیگر علمای اعلام اصفهان و مردم عزیز آن سامان مشمول توجه و عنایت ویژه‌ی حضرت بقیةالله (ارواحنا فداه) بوده باشید.
والسلام علیکم و رحمةالله
سیدعلی خامنه‌ای
9 آذر 1374