در پی درگذشت آیت‌الله حاج شیخ محمد کلباسی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی، پیام تسلیتی صادر کردند. متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
آیت‌الله آقای حاج شیخ حسین مظاهری دامت برکاته
درگذشت عالم جلیل‌القدر مرحوم آیت‌الله حاج شیخ محمد کلباسی رحمةالله علیه را به جنابعالی و حوزه‌ی علمیه و علمای عالیقدر اصفهان و نیز به بیت شامخ و اصیل کلباسی و بویژه به خانواده و فرزندان مکرم آن مرحوم تسلیت عرض می‌کنم.
اینجانب ضمن تجلیل از بزرگان سلف خاندان کلباسی که برجستگان وادی علم و تقوا بودند، از خداوند متعال مسألت می‌کنم که روح این عالم بزرگوار را قرین رحمت و مغفرت خویش فرماید.
والسلام علیکم و رحمةالله
سیدعلی خامنه‌ای
20 اردیبهشت 1382
بسم الله الرحمن الرحیم
آیت‌الله آقای حاج شیخ حسین مظاهری دامت برکاته
درگذشت عالم جلیل‌القدر مرحوم آیت‌الله حاج شیخ محمد کلباسی رحمةالله علیه را به جنابعالی و حوزه‌ی علمیه و علمای عالیقدر اصفهان و نیز به بیت شامخ و اصیل کلباسی و بویژه به خانواده و فرزندان مکرم آن مرحوم تسلیت عرض می‌کنم.
اینجانب ضمن تجلیل از بزرگان سلف خاندان کلباسی که برجستگان وادی علم و تقوا بودند، از خداوند متعال مسألت می‌کنم که روح این عالم بزرگوار را قرین رحمت و مغفرت خویش فرماید.
والسلام علیکم و رحمةالله
سیدعلی خامنه‌ای
20 اردیبهشت 1382