حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی رحلت عالم پارسا و پرهیزگار حاج شیخ جواد حسنعلی را تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:
بسمه تعالی
جناب حجت الاسلام و والمسلمین صدوقی امام جمعه ی محترم یزد
درگذشت عالم پارسا و پرهیزگار حاج شیخ جواد حسنعلی امام جمعه ی خدوم و انقلابی را به عموم مردم مومن و عزیز تفت و به جامعه ی علمی یزد وبه همه ی ارادتمندان آن روحانی بزرگوار و مخصوصا به خاندان محترم و بازماندگان آن مرحوم تسلیت عرض می کنم و علو درجات ملکوتی ایشان را از خداوند متعال مسالت می نمایم.
سید علی خامنه ای
6 فروردین 1390
بسمه تعالی
جناب حجت الاسلام و والمسلمین صدوقی امام جمعه ی محترم یزد
درگذشت عالم پارسا و پرهیزگار حاج شیخ جواد حسنعلی امام جمعه ی خدوم و انقلابی را به عموم مردم مومن و عزیز تفت و به جامعه ی علمی یزد وبه همه ی ارادتمندان آن روحانی بزرگوار و مخصوصا به خاندان محترم و بازماندگان آن مرحوم تسلیت عرض می کنم و علو درجات ملکوتی ایشان را از خداوند متعال مسالت می نمایم.
سید علی خامنه ای
6 فروردین 1390