در پی رحلت آیت‌الله العظمی میرزا هاشم آملی، پیام تسلیتی از سوی رهبر معظم انقلاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به این شرح انتشار یافت:
بسم الله الرحمن الرحیم
انالله و اناالیه راجعون
با تأسف و تأثر اطلاع یافتم که عالم جلیل‌القدر و فقیه و اصولی برجسته و بزرگوار آیت‌الله العظمی میرزاهاشم آملی رضوان‌الله تعالی علیه دار فانی را وداع کرد و به رحمت ایزدی پیوست.
ایشان از علمایی بودند که پس از طی مدارج عالیه و استفاده از محضر اکابر در حوزه علمیه نجف اشرف و سالها تدریس و تربیت شاگردان در آن حوزه به قم هجرت کرده و در این حوزه مقدسه بساط تدریس را گسترد و منشأ افاضات فقهی و اصولی و تربیت تلامذه بسیار شدند و بزرگانی از حوزه درس ایشان بهره بردند.
وجود با برکت این فقیه عالی‌مقام که یکی از برکات الهی بر حوزه علمیه قم بود و اکنون فقدان آن بزرگوار ضایعه‌ای بزرگ محسوب می‌گردد.
اینجانب این حادثه‌ی مصیبت‌بار را به پیشگاه مقدس حضرت ولی‌عصر ارواحنافداه و به مراجع معظم و علما و فضلاء حوزه‌های علمیه و مقلدین ایشان و نیز به خانواده محترم به خصوص به فرزندان برومند ایشان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسئلت می‌نمایم.
سیدعلی خامنه‌ای
بسم الله الرحمن الرحیم
انالله و اناالیه راجعون
با تأسف و تأثر اطلاع یافتم که عالم جلیل‌القدر و فقیه و اصولی برجسته و بزرگوار آیت‌الله العظمی میرزاهاشم آملی رضوان‌الله تعالی علیه دار فانی را وداع کرد و به رحمت ایزدی پیوست.
ایشان از علمایی بودند که پس از طی مدارج عالیه و استفاده از محضر اکابر در حوزه علمیه نجف اشرف و سالها تدریس و تربیت شاگردان در آن حوزه به قم هجرت کرده و در این حوزه مقدسه بساط تدریس را گسترد و منشأ افاضات فقهی و اصولی و تربیت تلامذه بسیار شدند و بزرگانی از حوزه درس ایشان بهره بردند.
وجود با برکت این فقیه عالی‌مقام که یکی از برکات الهی بر حوزه علمیه قم بود و اکنون فقدان آن بزرگوار ضایعه‌ای بزرگ محسوب می‌گردد.
اینجانب این حادثه‌ی مصیبت‌بار را به پیشگاه مقدس حضرت ولی‌عصر ارواحنافداه و به مراجع معظم و علما و فضلاء حوزه‌های علمیه و مقلدین ایشان و نیز به خانواده محترم به خصوص به فرزندان برومند ایشان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسئلت می‌نمایم.
سیدعلی خامنه‌ای