بعداز فرو ریختن استبداد رضاخانی، فضا برای ابراز نظر و فعالیت‌های فرهنگی و سیاسی تا حدودی باز شد و افراد و گروه‌های مختلف به صحنه سیاسی و فرهنگی جامعه قدم نهادند. در این زمان که محمدرضا پهلوی تازه به قدرت رسیده بود، توان چندانی برای سرکوب فعالان سیاسی و ایجاد استبداد نداشت. به همین سبب، گذشته از نیروهای مذهبی و ملی، طرفداران سایر مکاتب سیاسی و اجتماعی نیز فعالیت خود را آغاز کردند و هر گروهی می‌کوشید از این فرصت برای رسیدن به اهداف سیاسی، اجتماعی و فرهنگی خود استفاده کند. در این زمان، یعنی پیش از آن که شاه جدید بتواند با کمک آمریکایی‌ها پایه‌های حکومت استبدادی را تقویت کند، بین نیروهای مذهبی و ملی، هماهنگی‌های نیم بندی به وجود آمد. همین امر سبب شد در طول چند سال، موفقیت‌های چشمگیری نصیب شود.
 
نماد بارز این موفقیت‌ها در ملی شدن صنعت نفت بروز پیدا کرد و دست استعمار انگلیس پس از مبارزه‌ای بی‌امان از منابع نفتی ایران قطع گردید. اما هماهنگی نیروهای مذهبی و ملی دیری نپایید و در اثر عوامل مختلف از میان رفت. شاه و آمریکا نیز از این فرصت استفاده کردند و با کودتای 28 مرداد 1332، بار دیگر کشور در چنگال استبداد و استعمار قرار گرفت. در این زمان، رهبری نیروهای مبارز مذهبی که تقریبا عموم مردم را شامل می‌شد، با آیت الله کاشانی بود و سازمان فداییان اسلام نیز مظهر خواست آن دسته از مسلمانان مبارزی بود که به تغییرات بنیادی برای اسلامی کردن جامعه می‌اندیشیدند. دکتر محمد مصدق، دکتر مظفر بقایی کرمانی و ... نیز از کسانی بودند که در آن زمان به عنوان چهره‌های ملی شناخته می‌شدند.

البته کسانی مثل دکتر مصدق و افرادی از این قبیل، در موقعیتی نبودند که بتوانند در جامعه امواج گسترده ایجاد کنند و عموم مردم را به عرصه بکشانند، ولی آیت الله کاشانی به عنوان عالم بزرگ دینی، چنان مورد احترام عموم بود که به خوبی می‌توانست این نقش را انجام بدهد و عموم مردم را بسیج کند. همچنان که فداییان اسلام با مبارزات قهرآمیز و جهادی این توان را داشتند که موانع مهم را از مسیر حرکت مردم بردارند و راه را برای پیشبرد نهضت بگشایند. با این که آیت الله کاشانی و فداییان اسلام پس از مبارزه‌ای مستمر، راه را برای به قدرت رسیدن چهره‌هایی مثل دکتر مصدق هموار کردند ولی این چهره‌ها پس از دستیابی به قدرت، به شکلی رفتار کردند که نیروهای مذهبی آزرده شدند و امید خود را برای رسیدن به آنچه در نظر داشتند، از دست دادند. این امر سبب اختلاف شد؛ اختلافی که در نهایت به زیان همه تمام شد و نتایج مبارزات چندین ساله از میان رفت. پیش از آن که بین آیت الله کاشانی و دکتر مصدق اختلاف پیش بیاید، مصدق و همکاران او با فداییان اسلام اختلاف پیدا کردند. با این که مصدق و یاران او از ابتدا با فداییان اسلام اختلاف بنیادی داشتند، ولی تا زمانی که به فداییان اسلام نیاز داشتند، آن‌ها را تحمل می‌کردند.

آن‌ها در دوره نیاز چنین وانمود می‌کردند که پس از رسیدن به قدرت به خواست‌ها و اهداف فداییان اسلام که اجراکردن احکام اسلام بود، توجه خواهند کرد، ولی همین که مصدق و یارانش خود را بر سریر قدرت دیدند، نه تنها به خواست‌های فداییان اسلام توجه نشان ندادند بلکه زمینه دستگیری نواب صفوی و یاران او را نیز به وجود آوردند. به عبارت دیگر، تا زمانی که مصدق و یارانش خود را در برابر موانعی چون توطئه‌های دربارشاه، هژیر، رزم آرا و ... می‌دیدند، فداییان اسلام را به استمداد می‌طلبیدند و از آن‌ها می‌خواستند با اقدامات جهادی موانع را از سر راه نهضت بردارند. اما زمانی که آن‌ها به قدرت دست یافتند و احساس کردند به مقاصد موردنظر رسیده‌اند، نه تنها ده‌ها نفر از فداییان اسلام را به بند کشیدند و کتک زدند، بلکه در بعضی نشریات آن زمان، نواب صفوی و یارانش را هدف تیر تهمت قرار دادند و در این زمینه تبلیغات منفی به راه انداختند. البته نواب صفوی از همان ابتدا می‌دانست چهره‌هایی مثل مصدق امکان دارد بعد از رسیدن به پیروزی، به قول‌هایی که در مورد اجرای احکام دین می‌دهند، پایبند نباشند و پس از تصاحب قدرت همه چیز را فراموش کنند. به همین دلیل، در جریان مبارزه، نواب صفوی شبی از شب‌ها، همه یاران و همفکران مصدق را دعوت کرد و با آن‌ها اتمام حجت کرد.

شهید نواب صفوی در آن شب به آن‌ها گفت: «برای ما برداشتن موانع، کار دشواری نیست. فکر کنید رزم آرا که یک مانع است از میان رفت. آیا شما قول می‌دهید در برابر استعمار بایستید، احکام دین را در جامعه ملحوظ کنید، در راه عدالت بکوشید و به مردم خدمت کنید؟ من و یارانم هیچ طمعی به حکومت نداریم. تنها هدفمان این است که احکام اسلام اجرا و به مردم و کشور خدمتی بشود. من و رفقایم نه تنها چیزی نمی‌خواهیم، بلکه افتخار می‌کنیم که در یک مملکت اسلامی، نظافتچی باشیم ولی زیر بار ستم و استعمار نباشیم. اگر شما قول می‌دهید بعد از پیروزی و رسیدن به قدرت، موارد یاد شده را رعایت کنید که هیچ، و اگر به هر دلیلی از عهده برنمی آیید، همین الان به ما بگویید تا تکلیفمان روشن شود و ما راه خودمان را ادامه دهیم و شما هم راه خودتان.» بعد از سخنان شهید نواب صفوی، حاضرین (بقایی، فاطمی، نریمان، عبدالقدیر آزاد، حاری زاده، سنجابی، شایگان، مکی و کسی که به نمایندگی از سوی مصدق در جلسه شرکت کرده بود) که می‌دانستند بدون همراه شدن با فداییان اسلام موفقیتی نمی‌توانند به دست آورند، اظهار کردند ما نیز هدفی جز آنچه شما گفتید نداریم. با این حال، پس از آن که پیروزی به دست آمد و مصدق نخست وزیر شد، فداییان اسلام مشاهده کردند روش مصدق و همکارانش نه تنها انتظارات آن‌ها را برآورده نمی‌کند، بلکه حرکت‌هایی هم برای حذف فداییان اسلام و به حاشیه کشاندن آن‌ها در حال انجام است. اختلاف مصدق با فداییان اسلام تا آن جا ادامه یافت که او به دروغ اعلام کرد فداییان اسلام می‌خواهند نخست وزیر (مصدق) را به قتل برسانند. شهید نواب صفوی نیز اظهار داشت: «مصدق و همکاران او که با خون جوانان رشید اسلام به قدرت رسیده‌اند، چنان جتایتی مرتکب می‌شوند که روی هر جنایتکاری را سفید می‌کنند.» بدین ترتیب، بین این دو نیرو که زمانی بین آن‌ها یک نوع اتحاد و هماهنگی مبارزاتی وجود داشت، اختلاف چنان شدت گرفت که دشمن یکدیگر شدند.
 
در همین زمان بود که نواب صفوی و یاران او با زمینه سازی‌های مصدقی‌ها و در زمانی که مصدق نخست وزیر بود و حکومت را در دست داشت به زندان رفتند. زندانی شدن رهبر فداییان اسلام و تعدادی از اعضای فعال این تشکیلات، برای رهبری، اعضا و هواداران فداییان اسلام بسیار گران بود، زیرا آن‌ها قدرت یافتن مصدق و همکاران او را به حق مرهون فعالیت شبانه روزی فداییان اسلام می‌دانستند و اکنون که در مقابل آن تلاش‌ها، چنین پاس ناجوانمردانه می‌شنیدند، از عمق جان ناراحت می‌شدند. به ویژه آن که با قدرت یافتن مصدق، به هیچ یک از اهداف و آرمان‌های دینی آن‌ها نیز پاس داده نشد و از این نظر اوضاع با زمان قبل فرقی نکرد. اگر بخواهیم به صحت ادعای فداییان اسلام در به قدرت رساندن مصدق و همکاران او پی ببریم، کافی است به فعالیت‌های جهادی اعضای فداییان اسلام در برطرف کردن موانعی که بر سر راه نهضت بود، توجه کنیم و کوشش‌های وسیع آن‌ها را در بسیج مردم در جریان انتخابات دوره شانزدهم مجلس شورا که منجر به پیروزی مصدق و همکارانش شد، در تاریخ دوره مذکور مرور کنیم. علاوه بر اینها، باید در نظر داشته باشیم که در آن روزها، گروهی که بدون هیچ واهمه‌ای خودش را به گرداب حوادث می‌انداخت و عرصه فعالیت سیاسی را برای کسانی مثل مصدق و ... هموار می‌کرد، همین فداییان اسلام بودند.

بنابراین انتظار نداشتند این سیاسیون بعد از رسیدن به قدرت، به هیچ یک از خواست‌ها و آرمان‌های آن‌ها توجه نکنند. شاید اگر آن روزها سیاسیونی که به قدرت رسیده بودند، اندکی درایت به خرج می‌دادند، آن هماهنگی نیم بندی که منجر به کسب پیروزی شده بود، به هماهنگی کامل‌تری تبدیل می‌شد و پیروزی‌های مهم‌تری به دست می‌آمد. اما متاسفانه نه تنها چنین نشد، بلکه با گسستن نیروها از هم، سیل بنیان‌کنی سرازیر شد که همه را با خود به گرداب برد. هنوز مدت زیادی از پدیدآمدن اختلاف بین فداییان اسلام و مصدق (و همکاران او) نگذشته بود که اختلاف مهلک دیگری پدیدار شد و نهضت ضداستعماری مردم ایران را که از اواخر دهه بیست آغاز شده بود، درخطر جدی قرار داد. این بار اختلاف بین مصدق و آیت الله کاشانی به وجود آمد. آیت الله کاشانی کسی بود که به حق در نهضت ضداستعماری مردم ایران نقش اول و بنیادی داشت. مردم با اعلامیه‌ها و بیانیه‌ها و سخنان او به خیابان‌ها می‌ریختند و برای مبارزه با استعمار کمر می‌بستند. در آن زمان نفوذ کلام افرادی مثل مصدق با نفوذ کلام آیت الله کاشانی قابل مقایسه نبود. مصدق می‌توانست در میان جمع محدودی از همفکران و هوادارانش تأثیر داشته باشد ولی قادر نبود مثل آیت الله کاشانی عموم مردم مسلمان را به صحنه مبارزات بیاورد. مردم از این جهت گوش به فرمان آیت الله کاشانی بودند که او را، هم عالم و مجتهد بزرگ می‌دانستند و هم این که به سابقه طولانی مبارزاتی ایشان با استعمار آگاه بودند. مردم می‌دیدند آیت الله کاشانی به همراه پدرش فعالانه در عراق علیه استعمار تلاش کرده و عملاً اسلحه به دست گرفته و با انگلیس جنگیده است. علاوه بر این، مردم مشاهده می‌کردند آیت الله کاشانی به دلیل مبارزات پیگیر با استعمارگران و عوامل آن‌ها در ایران، بارها دستگیر شده و سال‌های متعددی از عمر خویش را در زندان گذرانده است.

بنابراین، به اعلامیه‌ها و سخنان او در مبارزه با استعمار و تلاش برای ملی کردن نفت، گوش فرا می‌دادند و با یک اعلامیه که از طرف ایشان صادر می‌شد محل کسب و کار خویش را تطعیل کرده، برای مبارزه به خیابان‌ها می‌ریختند، زیرا به اهداف او ایمان داشتند. آیت الله کاشانی به قدری در میان مردم احترام داشت که در همان زمان که در لبنان تبعید بود، از طرف مردم تهران به نمایندگی مجلس انتخاب شد و به هنگام بازگشت به وطن، انبوه مردم تهران با فرش کردن خیابان‌ها از او استقبال کردند. در این زمان که منزل آیت الله کاشانی به کانون مبارزه و انقلاب تبدیل شده بود، ایشان مکرر اعلام می‌کردند اولین هدفی که در این نهضت داریم، ملی شدن صنعت نفت است و ایرانیان باید نفت را خودشان استخراج کنند و آن را در اختیار بگیرند. حتی اگر انگلستان 9 درصد نفت را به ما بدهد و 1 در صد را برای خودش بردارد، باز هم اصل این است که نفت ملی شود.
 
چون به هر حال انگلستان مثل یک مشتری با ما برخورد نمی‌کند و با نظر استعماری که دارد، می‌خواهد در تمام شئون کشور ما دخالت داشته باشد. گرچه در این زمان آیت الله کاشانی به عنوان نماینده مجلس انتخاب شده بود ولی به مجلس نمی‌رفت و از بیرون مجلس مبارزات ضد استعماری مردم را رهبری می‌کرد. به همین دلیل، دکتر مصدق اعلامیه‌های ایشان را در مجلس می‌خواند و به این کار افتخار می‌نمود. بالأخره پس از ماجراهای مفصل، با رهبری آیت الله کاشانی نهضت ضد استعماری مردم ایران به موفقیت قابل توجهی دست یافت. بدین معنی که صنعت نفت ملی شد و با کنار نهادن عوامل استعمار، کسانی مثل مصدق که در آن زمان به عنوان چهره موجه و ملی شناخته می‌شدند، در رأس قدرت قرار گرفتند و شاه نیز تا حدودی مرعوب شد. گر چه با رهبری و حمایت آیت الله کاشانی و تلاش نیروهایی مثل فداییان اسلام، مصدق به قدرت رسیده بود ولی چیزی نگذشت که مصدق و همکاران او با آیت الله کاشانی هم اختلاف پیدا کردند و این اختلاف و دشمنی تا آن جا پیش رفت که به تحریک همین چهره‌های ملی، منزل رهبری نهضت سنگباران شد و به منزل ایشان هجوم آوردند و در برابر چشم او به ضرب و شتم یارانش مشغول شدند.

یکی از علل اختلاف آیت الله کاشانی با مصدق، به کارگیری افراد نالایق، بدسابقه و عوامل بیگانه در هیأت دولت و سایر مناصب مهم از سوی مصدق بود. مصدق با اولین انتصاباتش نشان داد که قصد ندارد چندان تغییری در وضعیت سابق به وجود آورد و حتی کسانی که سال‌ها در خدمت رضاخان بودند و در رأس وزارتخانه‌های مهم قرار داشتند، می‌توانند در دولت مصدق نیز وزیر شوند. با این که آیت الله کاشانی تصمیم داشت مصدق را در چگونگی انتصاب‌ها آزاد بگذارد تا او بهانه‌ای نداشته باشد، ولی مراجعات مکرر مردم به منزل آیت الله کاشانی و اعتراضات پی در پی آن‌ها به انتصابات و عدم اصل امور، ایشان را واداشت تا به مصدق در این باره هشدار دهد. به همین سبب، آیت الله کاشانی نامه‌ای برای مصدق فرستاد و در آن نامه نوشت: «می‌دانید که من در امور و انتصابات شما مداخله نکردم. اما الان که درِ خانه من باز است و مردم شهید داده به من که از شما حمایت می‌کنم، مراجعه می‌کنند و می‌خواهند که این کارها و انتصابات غلط انجام نگیرد و کسانی مثل سرلشکر وثوق که مردم را کشته است و دکتر اخوی، نصرت الله امینی و ... سرکار نباشند.» مصدق در پاس آیت الله کاشانی از ایشان خواست برای اصل امور، مدتی از دخالت در کارها خودداری کند و او را به طور مطلق در کار خود آزاد بگذارد. در همین نامه، مصدق تهدید کرد اگر آیت الله کاشانی او را در امور دولت به طور مطلق آزاد نگذارد، استعفا خواهد داد.

یکی دیگر از موضوعاتی که سبب اختلاف بین آیت الله کاشانی و مصدق شد، این بود که مصدق با اصرار تقاضا می‌کرد به او اختیارات قانونگذاری بدهند. مصدق می‌خواست شخصاً به جای مجلس، قانونگذاری کند و هر چیزی را که مطابق میل و سیاست و هدف خویش یافت، به عنوان قانون امضا کند. او که تا پیش از رسیدن به قدرت، از آزادی و حقوق مردم سخن می‌گفت، یکباره در صدد برآمد وضعیت را به عهد نادر شاه، آقامحمدخان قاجار و ... برگرداند و هر دستوری که می‌نوشت حکم قانون پیدا کند. سرانجام نیز با شگردهای مختلف موفق شد از مجلس اختیارات قانونگذاری بگیرد و مجلس را بی خاصیت کند. هنگامی که مصدق اختیارات قانونگذاری گرفت، قوانینی وضع کرد که برای مردم و کشور گران تمام شد. برخی از این قوانین تا زمان پیروزی انقلاب اسلامی وسیله‌ای برای ستم و آزار مردم شدند. یکی از این قوانین، قانون امنیت اجتماعی بود. همین قانون سنگ بنای ساواک شد و چه مصیبت‌ها که به بار نیاورد. آیت الله کاشانی درباره عواقب خطرناک این قانون هشدار داد و نسبت به آن اعتراض کرد، ولی مصدق هیچ توجهی به این اعتراض نکرد. روند اختلاف آیت الله کاشانی و مصدق با درخواست تمدید اختیارات قانونگذاری شدت بیشتر یافت و آیت الله کاشانی با قدرت در مقابل این درخواست مصدق ایستاد و در مقام ریاست مجلس اجازه نداد این کار صورت بگیرد. به همین دلیل مصدق در صدد انحلال مجلس برآمد.

آیت الله کاشانی که این کار را مقدمه‌ای برای ختم نهضت ضد استعماری و شکست تلاش‌های چندین ساله می‌دانست، با آن مخالفت کرد. مخالفت آیت الله کاشانی موجب شد مصدقی‌ها که خود را طرفدار آزادی می‌دانستند به خانه آیت الله کاشانی حمله کنند و با سنگ و چوب، ایشان را وادار به سکوت نمایند. در همین حمله بود که تعداد زیادی زخمی شدند و یکی از طرفداران آیت الله کاشانی هم کشته شد. بالأخره اختلاف مصدق با آیت الله کاشانی روز به روز شدت یافت و با انحلال مجلس، زمینه برای کودتا کاملاً آماده شد. با این حال، آیت الله کاشانی که خطر را کامل احساس کرده بود، به مصدق نامه نوشت و ضمن هشدار و اعلام خطر، به وی پیشنهاد همکاری برای رفع خطر داد، ولی مصدق نپذیرفت و وقوع کودتای آمریکایی 28 مرداد را بر همکاری با آیت الله کاشانی ترجیح داد. آیت الله کاشانی در این نامه به مصدق نوشت: «گر چه امکانی برای عرایضم نمانده ولی اصل دین و ملت برای این خادم اسلام بالاتر از احساسات شخصی است و علیرغم غرض‌ورزی‌ها و بوق و کرنای تبلیغات، شما خودتان بهتر از هرکس می‌دانید هم و غم من در نگهداری دولت جنابعالی است که خودتان به بقای آن متمایل نیستید. از تجربیات روی کارآمدن قوام و لج بازی‌های اخیر شما بر من، مسلم است که می‌خواهید مانند 3 تیر کذایی یک بار دیگر ملت را تنها بگذارید و قهرمانانه کنار بروید.
 
حرف اینجانب را در خصوص اصرارم در عدم رفراندوم نشنیدید و مرا لکه حیض کردید. خانه‌ام را سنگباران و یاران و فرزندانم را زندانی فرمودید و مجلس را که ترس داشتید شما را ببرد، بستید و حال نه مجلسی است و نه تکیه گاهی برای ملت گذاشته‌اید. زاهدی را که من با زحمت در مجلس تحت نظر و قابل کنترل نگه داشته بودم با لطایف الحیل رفع خطر داد، ولی مصدق نپذیرفت و وقوع کودتای آمریکایی 28 مرداد را بر همکاری با آیت الله کاشانی ترجیح داد. کودتای 28 مرداد که اتحاد دشمنان برای اجرای نقشه کودتا بود، در گذریم، مهم ترین عاملی که زمینه‌ساز موفقیت مجریان کودتا شد، تشتت، اختلاف و ناهمدلی همان نیروهایی بود که نهضت را به پیروزی رسانده بودند. البته همچنان که اشاره شد، شخص مصدق و یاران او بیش از هر کس در ایجاد اختلاف نقش داشتند. از همین جا است که متوجه می‌شویم در هر نهضتی، اختلاف هموار کننده راه اجرای طرح‌های توطئه‌آمیز دشمنان است و اختلاف افکن، به طور خواسته یا ناخواسته همدست توطئه‌گران می‌شود.