تعدادی از نمایندگان مجلس ششم، اعمالی را مرتکب شده بودند که مطابق قوانین، جرم محسوب می‌شد و این نمایندگان باید محاکمه می‌شدند. از این رو، قوه قضائیه تصمیم به بازداشت و محاکمه‌ی آنان گرفت. در مقابل، تعدادی از تندروهای جبهه‌ی دوم خرداد در مجلس ششم، با ذکر این دلیل که نمایندگان مصونیت دارند، در مورد این محاکمه‌ها جنجال به راه انداختند.
بر همین اساس هیئت رئیسه ششمین دوره مجلس شورای اسلامی با انتشار بیانیه‌ای، در مورد محکومیت نماینده‌ی بوشهر که از جمله نمایندگان متخلف بود، تصریح کرد: «نمایندگان در مقام ایفای وظایف نمایندگی از مصونیت برخوردار هستند و این مصونیت بنا به اتفاق نظر حقوقدانان، جزء اصول مسلم حقوق اساسی ملت بوده و ضامن اجرای بقای مجلس است.»[1]
در پی این اقدامات، اقلیت تندروی مجلس تصمیم به تحصن و اعمال نظریه «برخورد» در مقابل عملکرد قوه قضائیه گرفتند که با مداخله برخی از نمایندگان با تجربه، گفت‌و‌گو با مسئولان به عنوان استراتژی اولیه آنها به تصویب رسید و قرار شد مهدی کروبی، رئیس مجلس، نماینده این گروه معترض برای مذاکره با مسئولان باشد.[2]
معترضین در سخنان خود به اصل 86 قانون اساسی اشاره کرده و نمایندگان را از مصونیت برخوردار می‌دانستند، ولی امام(ره) صریحاً در پیام خود به مجلس شورای اسلامی در مواردی که نمایندگان مجلس به افراد توهین نمایند، قوه قضائیه را مرجع رسیدگی و احقاق حق معرفی ‌می‌کنند و این سخن امام(ره) مهر تائیدی بر عملکرد قوه قضائیه در محاکمه نمایندگان متخلف بود. [3]
سرانجام در پی این اختلافات، کمیته‌ی مشترکی بین مجلس شورای اسلامی و قوه قضائیه تشکیل شد تا درباره‌ی حدود مصونیت نمایندگان مجلس، توافق نهایی انجام گیرد.[4]
مدتی بعد در پی دستگیری نماینده‌ی شهر همدان، دوباره اختلاف به رابطه مجلس و قوه قضائیه بازگشت و محمدرضا خاتمی نایب رئیس مجلس اعلام کرد: «هیئت رئیسه مجلس حاضر است استعفا دهد.»[5]
این حوادث در زمانی به وقوع پیوست که رئیس مجلس به عربستان سفر کرده بود. در پی این اقدامات نیز هیئت دولت، نمایندگانی را جهت مذاکره با رئیس قوه قضائیه درباره‌ی آزادی نمایندگان تعیین کرد.[6]
با ادامه پیدا کردن اختلافات، سید محمدرضا خاتمی نامه‌ای از جانب هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی به رهبر معظّم انقلاب نوشت و در آن با اشاره به تلاش‌های گسترده‌ی جناح‌های درون مجلس و نیز کمیته‌ی مشترک مجلس و قوه قضائیه برای حل مشکلات پیش آمده افزود: «به نظر ما حل اختلافات زمانی به نتیجه می‌رسد که همه به رعایت قانون صرف‌نظر از برداشت‌ها و سلایق شخصی ملزم شوند.» وی همچنین از رهبر معظم انقلاب، توقف اقدامات قوه قضائیه در مورد نمایندگان مجلس را درخواست کرده بود.[7] 
رهبر معظّم انقلاب نیز در تاریخ 8 دی 1380 طی نامه‌ای در جواب آقای خاتمی، ضمن تأکید بر لزوم حفظ حرمت قوه قضائیه از جانب مجلس و نیز حفظ حرمت مجلس از جانب قوه قضائیه افزودند: مجادله مجلس و قوه قضائیه بیهوده است و باید به فکر حل مشکلات مردم باشند. در ضمن، ایشان نمایندگان محترم مجلس و مسئولان محترم قوه قضائیه را به پیمودن راه‌های قانونی و تمکین در برابر قانون و پرهیز از مجادله‌ی بیهوده دعوت کردند. رهبر معظم انقلاب تأکید کردند: «راه حل برون رفت از این مشکل در قانون مشخص شده است.»[8]

---------------------------------------------------------------------------------
[1]- روزنامه کیهان،  20 آذر 80
[2]- همان
[3]- روزنامه اطلاعات، 26 آذر 80
[4]- همان
[5]- روزنامه جمهوری اسلامی، 5 دی 80
[6]- روزنامه کیهان، 6 دی 80
[7]- روزنامه اطلاعات، 7 دی 1380
[8]- پاسخ به نامه‌‌ی آقای محمدرضا خاتمی‌