در این دوره از انتخابات که در تاریخ 24 مرداد 1364 برگزار شد، 3 نامزد ریاست جمهوری در این انتخابات، آقایان حبیب‌الله عسگراولادی مسلمان، محمد کاشانی و آیت‌الله خامنه‌ای بوده‌اند.
در تاریخ 27 مرداد 1364 با شمارش تقریبی آراء، ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای قطعی شد؛^[1] و نتیجه نهایی انتخابات در تاریخ 28 مرداد مشخص گردید. از مجموع 14 میلیون و 200 هزار و 297 رأی مأخوذه 12 میلیون و 164 هزار و 366 رأی به آیت‌الله خامنه‌ای، یک میلیون و 398 هزار و 845 رأی به آقای محمد کاشانی و  282 هزار و 630 رأی به آقای حبیب‌الله عسگراولادی مسلمان اختصاص یافت.^[2]
بدین ترتیب آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان اولین رئیس جمهور در تاریخ جمهوری اسلامی، دوره مسئولیتش را به پایان رساند و برای دومین بار، خود سکان قوه‌ی مجریه را به دست گرفت. قبل از ایشان ابوالحسن بنی‌صدر و شهید محمدعلی رجایی به عنوان رئیس‌جمهور از حضرت امام(ره) حکم تنفیذ گرفته بودند.[3]
دور اول انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای بعد از شهادت شهید رجایی، در 10 مهر 1360 انجام گرفته بود.

--------------------------------------------------------------------------------

[1]- اطلاعات، 27 مرداد 1364

[2]- اطلاعات، 28 مرداد 1364

[3] پورتال وزارت کشور که در آدرس  www.moi.ir قابل دسترسی است