حضرت امام خمینی(ره)، صبح روز 13 شهریور 1364 ـ در سالروز عید سعید غدیر خم ـ طی مراسم ویژه‌ای که در حسینیه جماران برگزار گردید، حکم ریاست جمهوری آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای را تنفیذ فرمودند.
در این مراسم آقایان؛ هاشمی رفسنجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی، آیت‌الله موسوی اردبیلی، رئیس دیوان‌ عالی کشور، مهندس موسوی نخست‌وزیر، نمایندگان مجلس خبرگان، اعضای شورای نگهبان، شورای عالی قضایی، هیئت دولت، جمعی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی، ائمه جمعه مراکز استان‌ها و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، روحانیت مبارز تهران، وعاظ تهران، بازرسی کل کشور، دیوان عدالت اداری، ستاد مشترک نیروهای مسلح، نیروهای زمینی، دریایی و هوایی، شورای عالی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، مدیر عامل و جمعی از مسئولان صدا و سیما، سفرا و کارداران کشورهای خارجی و .... حضور داشتند.
حجت‌الاسلام حاج سید احمد خمینی(ره)، متن نامه‌ی شورای نگهبان خطاب به وزارت کشور مبنی بر تأیید صحت انتخابات چهارمین دوره‌ی ریاست‌ جمهوری؛ و نیز متن اعتبار‌نامه تائیدیه شورای نگهبان و نامه‌ی وزیر کشور به محضر امام امت و متن حکم تنفیذ را قرائت کرد.‌[1]  
در بخشی از حکم تنفیذ آمده است: «اینک به پیروی از آرای محترم ملّت عظیم‌الشأن و آشنایی به مقام تعهد و خدمت‌گزاری دانشمند محترم، جناب حجت‌الاسلام و المسلمین آقای سید علی خامنه‌ای، آرای ملّت را برای پس از پایان دوره‌ی کنونی تنفیذ، و ایشان را به سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب می‌نمایم.»[2]
رئیس جمهور هم در این دیدار تأکید کردند: «بنده با همه‌ی وجود خودم این سنگینی را احساس می‌کنم، لمس می‌کنم و معتقدم از حالا به بعد هم مثل تا حالا؛ بدون فیض الهی و کمک پروردگار و بدون اعانت و نظر لطف امام و امت، کاری از من و از همه‌ی کسانی که با من همکاری خواهند کرد، ساخته نخواهد بود.»[3] 
پیش از این سخنان، حضرت امام خمینی(ره) طی بیانات مبسوطی فرمودند: «من به آقای رئیس‌جمهور عرض می‌کنم چهار سال گذشت و چهار سال‌ها می‌گذرد و همه‌ی حکومت‌ها همین‌طور است، می‌گذرد. آن‌که نخواهد گذشت، اعمالی است که ما انجام می‌دهیم.»[4] «جوان‌ها را تربیت کنید به اینکه مستقیم باشند، خداخواه باشند. ادارات را اصلاح کنید و همه چیز را برای این مردم ستم‌دیده خدمت کنید. این مردمی که شما را به اینجا رساندند و اگر اینها نبودند، حالا یا در حبس‌ها بودید یا در قبرستان‌ها، برای اینها باید خدمت کنید.»[5]
گفتنی است در تاریخ 28 مرداد 1364 آیت‌الله خامنه‌ای با أخذ اکثریت مطلق آراء، به عنوان رئیس‌جمهوری ایران برگزیده شد.^[6]

--------------------------------------------------------------------------------

[1] - صحیفه امام، جلد 19، ص 369
[2] - همان
[3] -روزنامه کیهان، 14 شهریور 1364
[4]- صحیفه امام، جلد 19، ص 375
[5] - صحیفه امام، جلد 19، ص 378
[6]- 28 مرداد 64 کیهان