در دهه‌های میانی قرن چهاردهم شمسی، هنگامی که موج تفکر مارکسیستی در میان روشنفکران و دانشجویان ایرانی گسترش یافته بود، علامه محمدتقی جعفری با شناختی عمیق از فلسفه اسلامی و آگاهی از مکاتب فکری غرب، در صف نخست رویارویی فرهنگی با این جریان ایستاد.
مقام معظم رهبری، در پیام خود به این رویکرد او اشاره داشتند: «آیت‌الله آقای حاج شیخ محمّدتقی جعفری تبریزی [...] آن عالم بزرگ و متعهد در طول بیش از چهل و پنج سال از هنگامی که پس از تکمیل تحصیلات عالی و ممتازِ خود قدم در وادی تألیف و تحقیق و تعلیم نهاد، آثار علمی با ارزشی پدید آورد و تفکر فلسفی را در دائره‌یی وسیع از مستفیدان و تحسین کنندگان جهانی خود، ارتقاء بخشید. پس از پیروزی انقلاب نیز همواره افکار سازنده‌ی او در زمینه معارف دینی و نگاه فلسفی به مسائل اسلامی، با استقبال فرزانگان و تشنگان علم و معرفت روبه‌رو می‌گشت.»(۱)
«تورق» گزارش بخش «درس و عبرت تاریخ» به بهانه سالروز درگذشت علامه محمدتقی جعفری در ۲۵ آبان‌ماه ۱۳۷۷ برشی از صفحات ۲۹ تا ۳۵ از کتاب «سیری در اندیشه سیاسی و اجتماعی علامه محمدتقی جعفری» تقدیم می‌شود که مروری بر کارنامه وی دارد. این کتاب در سال ۱۳۸۷، توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی و به قلم اسماعیل پورجعفر منتشر شد.
 
 مواجهه با مارکسیست‌ها
علامه‌ جعفری از همان زمان که مدارج و مراحل علمی‌ و کسب دانش و معرفت را در حوزه‌های علمیه تهران، قم، تبریز و نجف و... به پایان رسانید، به‌واسطه تیزهوشی و احاطه کامل و عمیق بر مسائل اسلامی ‌و در کنار آن آشنایی عمیق با مکاتب فکری و فلسفی غربی، در صدد دفاع از احکام اسلامی ‌برآمد. این موضوع زمانی بود که ایدئولوژی مارکسیستی که بعد از انقلاب روسیه در این کشور حاکم گردیده بود با ادعای مبارزه با استعمار و استثمار و تبعیض و بی‌عدالتی توانسته بود افکار و اندیشه‌های بسیاری از کسانی را که از استعمار غرب و عملکرد نظام سرمایه‌داری منزجر بودند به خود جذب نماید. این مکتب پس از شهریور ۱۳۲۰ و به‌واسطه تقویت افکار کمونیستی و فعالیت گسترده حزب متشکل و سازمان‌یافته توده توانسته بود نفوذ گسترده‌ای در میان طبقات مختلف مردم و بالاخص دانشجویان جوان دانشگاه‌ها به وجود آورد. به دنبال این مسئله چند تن از شخصیت‌های اسلامی، از جمله مهندس بازرگان، دکتر شریعتی، شهید مرتضی مطهری که قسمت عمده‌ای از زندگی خود را صرف مطالعه و تعمیق اندیشه در مباحث اسلامی‌ کرده و هم از تحصیلات دانشگاهی و علوم جدید بهره‌مند بودند، وظیفه روشنگری و دفاع از اسلام را برعهده گرفتند.

علامه‌ جعفری نیز در این میان نقش بسیار مهمی‌ داشت. محمدرضا حکیمی ‌در کتاب خود این مسئله را چنین بیان می‌کند: «شماری از روحانیون آگاه نیز به ادای برخی تکالیف پرداختند و با نوشتن کتاب‌ها و رساله‌ها و تشکیل مجالس و طرح‌کردن بحث‌ها و برگزارکردن سخنرانی‌هایی به بخش‌هایی از نیازهای شناخته‌شده زمان پاسخ گفتند که اگر بخواهیم در اینجا نمونه‌ای ازاین‌گونه کسان ذکر کنیم، باید یاد کنیم از استاد شیخ محمدتقی جعفری تبریزی، استاد مرتضی مطهری این دو عالم اسلامی ‌و متفکر الهی از راه تألیف و تدریس و جلسه‌های بحث عمومی و خصوصی و سخنرانی‌های فراوان در محافل و دانشگاه‌های سراسر کشور خدمات بسیار کرده‌اند و گروه وسیعی از جوانان و صاحب‌نظران را در شناخت ابعادی از اسلام یاری‌های شایسته دادند. [...]»(۲)
 
 مبارزات فرهنگی
علامه جعفری به مناسبت‌های مختلف به دعوت انجمن‌های اسلامی ‌دانشجویان دانشگاه‌های مختلف کشور، پیرامون موضوعات و مباحث فلسفی و معارف اسلامی همچون توحید، سرنوشت بشر، تعلم و تربیت، اخلاق و نظام جامعه، رابطه اسلام با دانش، ارزش علم در دین اسلام و... به سخنرانی پرداختند. (۳) علاوه بر سخنرانی‌ها، مقالات مذهبی متعددی از ایشان در مجلات وابسته به انجمن‌های اسلامی ‌و دانشجویان خارج از کشور چاپ می‌گردید.

در کنار این موضوع، علامه جعفری با مشارکت افرادی همچون شهید مطهری جهت نشر و گسترش معارف اسلامی، به تشکیل حسینیه ارشاد همت گماشت که همین مؤسسه بعدها به‌عنوان یکی از مهم‌ترین و مؤثرترین مراکز در دفاع و گسترش افکار مذهبی در میان اقشار مختلف جامعه و بالاخص دانشجویان و روشنفکران گردید و نقش مهمی‌ را در این زمینه ایفا نمود. (۴) ایشان در هیئت‌ها و حسینیه‌های مذهبی مختلف مانند هیئت مکتب‌الرضا، محبان‌الائمه، هدایت، اصفهانی‌های آبادان و امثال آن نیز به تشریح و تبیین مسائل مختلف اسلامی ‌می‌پرداختند.

باتوجه‌به عمق اندیشه و وسعت معلومات ایشان، از طرف انجمن مباحثه با بهائیان نیز از ایشان دعوت‌هایی به عمل می‌آمد. (۵)

در کنار این‌گونه فعالیت‌ها، سخنرانی‌های متعددی در منزل شخصیت‌ها و فعالان مذهبی برگزار می‌نمود که در آن خیل کثیری از مشتاقان که عمدتاً دانش‌آموزان و دانشجویان و جوانان بودند شرکت می‌کردند [...] و استاد پیرامون فلسفه و معارف اسلامی سخنرانی می‌کرد. (۶)
 
 احضار به ساواک
باتوجه‌به این‌گونه فعالیت‌ها، سازمان اطلاعات و امنیت کشور چندین بار علامه جعفری را احضار نمود سؤالاتی را از وی در زمینه فعالیت‌هایش پرسید. همچنین مکالمات تلفنی علامه به طور مرتب توسط مأموران ساواک کنترل می‌گردید. ساواک به مأموران خود دستور داده بود که سخنرانی‌های استاد در حسینیه ارشاد را تحت کنترل و مراقبت شدید قرار دهند. [...]

در این زمینه فرزند علامه حکایتی را نقل می‌کنند: «در سال ۵۵ جوانی به استاد مراجعه می‌کند و ضمن ابراز علاقه به استاد، خود را فرد غریبی در شهر تهران معرفی می‌کند که به دنبال مکانی برای سکونت می‌گردد. استاد ضمن ابراز محبت، یکی از اتاق‌های منزل خود را در اختیار آن جوان می‌گذارد. آن جوان برای مدت شش ماه در منزل استاد اقامت می‌کند و در درس‌های ایشان حاضر می‌شود. در تمام این مدت خرج جوان و غذای او از ناحیه استاد و بیت استاد تأمین می‌شد. در طول مدت اقامت آن جوان تعدادی از دوستان استاد به ایشان اظهار می‌کنند که ممکن است آن شخص مأمور ساواک باشد. استاد به این حرف‌ها توجهی نمی‌کند و همچنان جوان را مورد محبت خویش قرار می‌دهد. پس از شش ماه آن جوان از منزل استاد می‌رود و به‌طورکلی ناپدید می‌شود. پس از آن گاهی که صحبت از آن جوان و احتمال مأمور بودن او پیش می‌آمد، استاد می‌فرمود: من می‌دانستم که او مأمور ساواک است.»(۷)

سرانجام علامه نیز مانند سایر افراد دیگر در مبارزه سیاسی فرهنگی در دوران رژیم شاه از تعرض نیروهای رژیم در امان نماند. اما علی‌رغم تمامی ‌تلاش‌ها که حتی منجر به حمله به منزل ایشان در سال ۱۳۵۲ و بازرسی کتابخانه وی گردید، رژیم در جلوگیری از فعالیت‌های ایشان ناکام بود. (۸) فعالیت‌های علامه جعفری در زمینه‌های فرهنگی و بالاخص ارتباط و همکاری ایشان با استاد مطهری در حسینیه ارشاد و انس و رفاقت وی با آیت‌الله صدوقی نیز می‌تواند از جمله شواهد مبتنی بر وجود نوعی مبارزه به شیوه علامه جعفری علیه رژیم شاه باشد. این نکته مورد اشاره محمدتقی فلسفی واعظ مشهور نیز قرار گرفته است. وی محمدتقی جعفری را از افراد وفادار به امام، و منابر و صحبت‌های وی را نیز به نفع امام دانسته است. (۹)
دری نجف‌آبادی [...] این موضوع را چنین بیان می‌دارد: مع‌الوصف، شاید کمتر کسی از مردم و حتی خواص مبارزان و نزدیکان ایشان تصور می‌کرد که ممکن است در سازمان اطلاعات و امنیت رژیم شاه پرونده‌ای مفصل برای استاد علامه رحمه‌الله تشکیل‌یافته باشد و اساساً برخی را گمان نمی‌رفت که ایشان در زمره یاران اولین حضرت امام خمینی رحمه‌الله‌علیه در شکل‌گیری و تداوم انقلاب اسلامی، عالمانه و از سر تدبیر، سهمی ‌ارزشمند و وافر در پی‌ریزی و بنای ساختمان فکری و عقیدتی انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران داشته است.