«بعد از آن که انقلاب پیروز شد امام شیوه‌شان معلوم بود و می‌دانستند که چه می‌خواهند. شیوه امام عبارت بود از شیوه‌ای که پیامبران آن را می‌پیمودند؛ یعنی تزریق ایمان و باور عمیق، همراه با بصیرت و آگاهی و تأمّل و فکر در مخاطبان خود. چنین روشی به طور طبیعی استعدادها را شکوفا می‌کند و کادرها را پرورش می‌دهد. عدّه‌ای را به‌عنوان اعضای «شورای انقلاب» معیّن کردند؛ محتاج هیچ‌کس هم نشدند و مشکلی هم پیدا نکردند.»(۱)
در سالروز نامه‌ی امام خمینی به شهید بهشتی مبنی بر تشکیل شورای انقلاب که ۱۴ آبان ۱۳۵۷ صادر شد، بخش «درس و عبرت تاریخ» رسانه KHAMENEI.IR به بازخوانی چگونگی تشکیل اولین ساختار انقلاب اسلامی یعنی نهاد شورای انقلاب اسلامی، مأموریت‌ها و چالش‌های آن می‌پردازد.
 
 هدف و روش روشن
انقلاب اسلامی ایران با رهبری امام خمینی در هدف و روش با تمامی قیام‌ها و انقلاب‌های دنیا تفاوت‌هایی بنیادین داشت و در این موارد از مکتب اصیل اسلامی که همان روش پیامبران بود الهام می‌گرفت که یکی از این آن‌ها نحوه‌ی تشکیل حکومت و اداره‌ی آن است. در انقلاب‌های روز دنیا نحوه‌ی کادرسازی و تشکیل حکومت‌ها از مسیر «احزاب سیاسی» دنبال می‌شود؛ اما در تشکیل جمهوری اسلامی، نحوه‌ی جدید و متعالی از «کادرسازی» مشاهده می‌شود که بنابر فرمایش رهبر انقلاب اسلامی روش و راه پیامبرگونه حضرت امام خمینی در شناسایی و رشد استعدادهای انسان‌ها بود که در تمامی نهادها و ساختارهای جمهوری اسلامی می‌توان آن را دید.
 
 یک شورای تاثیرگذار
ماه‌ها بود که مردم ایران در خیابان‌های داخل و خارج ایران یک‌صدا خواستار پایان حکومت پهلوی و سلطنت شاهنشاهی بودند. مردم ایران خود را تحت زعامت و رهبری امام خمینی می‌دانستند و خواستار نوع حکومتی بودند که ایشان سال‌ها پیش و زمانی که در کشور عراق تبعید بود، در پیام‌ها، بیانات و تدریس‌هایش تبیین می‌کرد. حال با به وجود آمدن شرایط مساعد در کشور فرانسه و روستای نوفل لوشاتو، امام خمینی در گفت‌وگوی با مردم ایران، نخبگان علمی و سیاسی و رسانه‌های جهان به تبیین عمیق‌تری از ایده حکمرانی مد نظر می‌پرداخت. این روشنگری‌ها موج اعتراضات را در ایران گسترده‌تر و آتش قلب مردم را برافروخته‌تر می‌ساخت. بدیهی بود که این موج و آتش در ایران تا رسیدن به مقصد نیاز به راهبری داشته باشند. از همین رو امام خمینی علاوه بر بیان اصول کلی در اظهاراتش، شاگردانش را در ایران که پیش‌ازاین پای درس او بودند، مأمور راهبری این اعتراضات کرد؛ اما این حد از راهبری کافی نبود. در مقدمه صورت مذاکرات شورای انقلاب آمده است:
«در آن روزها که امام امت در پاریس اقامت داشتند، استاد شهید آقای مطهری در مراجعت از سفر پاریس، دستور رهبر عظیم‌الشان انقلاب را مبنی بر تشکیل شورای انقلاب آوردند. حضرت امام آقایان شهید مطهری، شهید بهشتی و موسوی اردبیلی و شهید باهنر و هاشمی رفسنجانی را به‌عنوان هسته اولیه شورای انقلاب تعیین و اجازه داده بودند که افراد دیگر به اتفاق نظر این ۵ نفر، اضافه شوند. در جلسات ابتدایی تصمیم بر این شد که حتی‌الامکان ترکیب شورا از اعضای روحانی و غیر روحانی به نسبت مساوی و نزدیک به هم باشد.»(۲) دلیل اصلی نیاز به تشکیل چنین شورایی، بیش از هر چیز عدم حضور امام در ایران بود. آیت‌الله خامنه‌ای چنین شرح داده‌اند: «ضرورتی هم که آن را ایجاب می‌کرد، در اول کار عبارت بود از اینکه لازم بود از طرف امام جمعی در ایران کارهای مبارزه را رهبری و هدایت کنند.»(۳)

با سرعت گرفتن قیام مردم و سقوط حکومت پهلوی، ضرورت در تسریع تشکیل این شورا باعث شد تا امام خمینی تنها چند روز پس از مراجعت آقایان مطهری و بهشتی نامه‌ای به تاریخ ۱۴ آبان ماه ۱۳۵۷ خطاب به آقای بهشتی ارسال کرده و این نکته را گوشرد کنند: «پس از اهدای سلام و تحیت، وقت دارد سپری می‌شود و من خوف آن دارم که با عدم معرفی اشخاص(۴)، مفسده پیش آید. بنا بود به‌مجرد آمدن ایشان (م. ط) (۵) با اشخاص موردنظر یکی‌یکی و جمعی ملاقات کنید و نتیجه را فوراً به اینجانب اعلام کنید ... در هر صورت همه موضوعات که به شما و ایشان تذکر داده شد، لازم است باعجله انجام گیرد و اگر اشخاص دیگری نیز پیدا شد، ملحق شود.»(۶)

آیت‌الله خامنه‌ای در این خصوص گفته‌اند: «عدّه‌ای را به‌عنوان اعضای «شورای انقلاب» معیّن کردند [...] البته این عده آن زمان ناشناخته بودند؛ حتّی خودشان هم از عضویتشان خبر نداشتند. بنده خودم یکی از اعضای «شورای انقلاب» بودم، اما نمیدانستم که عضو این شورا هستم. مرا برای عضویت در این شورا معیّن کردند و بعدها به من خبر دادند؛ من هم از مشهد به تهران آمدم و مشغول کار شدم.»(۷)
 
 تکمیل شورا با غیرروحانیون
امام تنها به این مورد بسنده نکردند و با ارسال نامه‌ای دیگری به آقای حسین نوری همدانی، از ایشان خواستند تا افرادی را با ویژگی‌هایی مشخص جهت عضویت در شورای انقلاب معرفی کنند: «ما احتیاج به رجالی متدین و قابل‌اعتماد داریم که در عضویت شورایی - پس از سقوط رژیم - شرکت کنند و دارای شرایطی باشند.» امام علاوه بر تدین و علاقه به اسلام؛ تفکر ناب اسلامی و نداشتن افکار مکاتب انحرافی، داشتن  لیاقت اداره یک وزارتخانه و مطلع و مدیر بودن، معروف به ملیت و خوشنام بودن، عدم عضویت در دولت‌های فاسد و مجلسیْن معروف به فساد، عدم شهرت به سرمایه‌داری و روحانی نبودن را مشخصات مورد انتظار از نفرات معرفی شده ایشان دانسته و گفتند: «در قم مطلب را طرح و بی‌درنگ کوشش کنید در پیداکردن چنین اشخاصی؛ حداقل ده نفر را تعیین و به این جانب معرفی نمایید؛ با تصدیقِ واجدیت شرایط و امضای آن...»(۸)

اعضای شورای انقلاب به کندی تکمیل می‌شد، حوادث خیلی سریع پیش می­رفت و عدم تحقق یکی از برنامه­های سیاسی امام یعنی تأسیس شورای انقلاب نگرانی ایجاد کرده بود. علت این امر را باید دقت و احتیاط فراوان آیت‌الله مطهری در انتخاب افراد برای اعضای شورای انقلاب دانست؛ زیرا مسائل فکری برای ایشان از اهمیت بسیاری برخوردار بود و بسیار مواظبت می­کردند که خطوط انحرافی فکری به شورای انقلاب راه پیدا نکند. (۹)

پیگیری‌های امام خمینی و شاگردانشان در نهایت منجر به معرفی تعدادی از افراد گردید. از آن جمله آقایان‌ احمد صدر حاج‌ سید جوادی، مهندس‌ مهدی بازرگان، دکتر یدالله سحابی، مهندس‌ مصطفی کتیرایی، سرلشکر ولی‌الله قرنی‌ و سرتیپ‌ علی‌اصغر مسعودی‌ به‌ جمع‌ اعضای‌ شورای‌ انقلاب ‌پیوستند. بعد از پیروزی‌ انقلاب‌ اسلامی‌ اعضای‌ غیر روحانی به‌ دولت‌ منتقل‌ شدند و آقایان‌ دکتر حسن حبیبی، مهندس‌ عزت‌الله سحابی، دکتر عباس‌ شیبانی، دکتر ابوالحسن بنی‌صدر و صادق قطب‌زاده ‌به‌ جمع‌ اعضای‌ شورا پیوستند.

اسامی این شورا محرمانه ماند. رهبر معظم انقلاب اسلامی با اشاره به این موضوع گفته‌اند: «حتّی بعضی از رفقا - مثل مرحوم ربانی شیرازی یا مرحوم ربانی املشی - نمیدانستند که ما چند نفر، عضو شورای انقلاب هم هستیم.»(۱۰)
 
 اولین نهادسازی بعد از انقلاب
شورای انقلاب، نخستین نهاد رسمی انقلاب بود که پیش از پیروزی آن آغاز شد و اجرای برخی مصوبات آن تا امروز ادامه دارد.

نخستین رئیس شورای انقلاب، استاد شهید، آیت‌الله مطهری بود. فراتر از این نقش، او بیشترین اعتماد را از سوی امام نزد خود داشت. آیت‌الله خامنه‌ای اهمیت جایگاه او در شورای انقلاب را چنین بیان کرده‌اند: «در شوراى انقلاب، ایشان بیشتر از همه‌ى افراد مورد اطمینان امام بود. اگر یک مطلبى یا مسأله‌اى معلوم مى‌شد که مورد تأئید آقاى مطهرى است، امام خیلى راحت آن مسأله را قبول مى‌کردند در حالى که نسبت به دیگران، ممکن بود به این راحتى قبول نکنند.»(۱۱) دومین بازوی مورد اعتماد امام، شهید دکتر بهشتی بود که از ابتدا اداره جلسات با او بود و مدتی پس از شهادت استاد مطهری، با درگذشت آیت‌الله طالقانی رسما ریاست آن نیز بر عهده دکتر بهشتی قرار گرفت. آیت‌الله خامنه‌ای در این خصوص گفته‌اند: «در شوراى انقلاب از اوّل کار، هنوز قبل از این‌که امام تشریف بیاورند به ایران و [همچنین] بعد از ورود امام و تشکیل دولت موقت، آن عنصرِ محورىِ مرکزىِ فعالِ در شوراى انقلاب او [دکتر بهشتی] بود؛ همه این را قبول داشتند. [...] همه‌ى آنهایى که بودند خب بعضى به حق، شاید هم بعضى نابحق داعیه‌دار بودند، اما هیچ کدام منکر این نبودند که بهشتى شوراى انقلاب را اداره مى‌کند.»(۱۲)

با توجه به نقش میدانی این شورا، چند چهره شاخص شورای انقلاب برای عموم آشکار شده بود اما با این حال نام اعضا تا صدور حکم امام در تاریخ ۲۲ دی‌ماه ۱۳۵۷ پنهان ماند و در این تاریخ و پس از صدور حکم امام بود که شورای انقلاب اسلامی رسماً به‌عنوان نخستین نهاد جمهوری اسلامی موجودیت یافت: «به‌موجب حق شرعى و بر اساس رأى اعتماد اکثریت قاطع مردم ایران که نسبت به این‌جانب ابراز شده است، در جهت تحقق اهداف اسلامى ملت، شورایى به نام «شوراى انقلاب اسلامى» مرکب از افراد باصلاحیت و مسلمان و متعهد و مورد وثوق موقتاً تعیین شده و شروع به کار خواهند کرد.»(۱۳)

آیت‌الله خامنه‌ای نخستین مأموریت شورا را مدیریت مبارزات دانسته‌اند: «از کارهای شورای انقلاب، قبل و بعد از پیروزی انقلاب؛ در مرحله‌ی اول اداره‌ی مبارزات مردمی بود که در حقیقت نطفه‌ی شورای انقلاب و پایه‌ی اول شورای انقلاب را تشکیل می‌داد. مرحله‌ی بعدی، تشکیل دولت، یعنی مطالعه‌ی دولت آینده بود.»(۱۴)

در قالب همان حکم، امام در میان تبیین مأموریت‌های شورای انقلاب اسلامی، تأسیس دولت را ابلاغ کرده بودند: «این شورا موظف به انجام امور معین و مشخصى شده است؛ از آن جمله مأموریت دارد تا شرایط تأسیس دولت انتقالى را مورد بررسى و مطالعه قرار داده و مقدمات اولیه آن را فراهم سازد. دولت موقت در اولین فرصت که مناسب و صلاح دانسته شود به ملت معرفى و شروع به کار خواهد نمود.»(۱۵)

در ادامه‌ی این حکم امام خمینی تصدیق کرده بودند که دولت موقت وظیفه تشکیل مجلس مؤسسان برای تدوین و تصویب قانون اساسی، برگزاری انتخابات و انتقال قدرت به منتخبین جدید را بر عهده خواهد داشت. (۱۶)
 
 شورای انقلاب و نحوه‌ی انتقال قدرت
با شکل‌گیری شورای انقلاب اسلامی که به قول شهید بهشتی در اصل «شورای مشاوران رهبر انقلاب» بود، مشورت‌های اعضا جهت انتقال قدرت مشخص و به اطلاع امام خمینی می‌رسید.

یک‌ پیغام‌ توسط‌ آقای‌ موسوی اردبیلی‌ داده‌ شده‌ بود که برخی از دوستان‌ در تهران‌ ‌‌ ‌‌معتقدند در شرایط فعلی برای‌ انتقال مسالمت‌آمیز قدرت در دو گام‌ عمل‌ کنیم‌: یکی ‌‌ ‌‌اینکه دو نفر از طرف امام در شورای سلطنت‌ عضو شوند که‌ نام‌ مرحوم‌ مطهری‌ و ‌‌ ‌‌مرحوم‌ دکتر یدالله ‌سحابی مطرح‌ بود. بعد این‌ شورا بر اساس‌ اختیاراتی‌ که‌ شاه‌ به‌ آنان ‌‌ ‌‌منتقل کرده، نخست‌وزیر (بختیار) را عزل‌ و مجلس‌ شورای ملی را منحل کرده‌ و سپس ‌‌ ‌‌فردی را که امام‌ معرفی‌ کند به‌عنوان رئیس دولت انتخاب نمایند. در گام دوم امام‌ ‌‌ ‌‌شورای انقلاب را رسماً معرفی کنند که به‌عنوان قوه‌ مقننه‌ تا تدوین‌ قانون‌ اساسی‌ فعالیت کند. (۱۷)

پیشنهاد دیگری‌ که‌ از طریق‌ رئیس‌ وقت‌ مجلس‌ شورای ملی، دکتر جواد سعید به‌ چند تن‌ از اعضای‌ شورای‌ انقلاب‌ داده‌ شده‌ بود این‌ بود که‌ انتقال قدرت از طریق‌ مجلس شورای‌ ملی‌ صورت گیرد. علاوه‌ بر این‌ او به‌ دکتر سنجابی‌ نیز پیغام‌ داده‌ بود که‌ ایشان‌ به‌ امام این‌ پیشنهاد را ‌‌منتقل کنند که‌ مجلس‌ با قید سه‌ فوریت‌ تشکیل جلسه می‌دهد و بعد از اعلام‌ رسمیت،  ‌‌ ‌‌درخواست رأی عدم اعتماد به نخست‌وزیری‌ بختیار می‌شود، بعد از عزل‌ او نخست‌وزیر موردنظر امام‌ معرفی شده‌ و از مجلس‌ شورای‌ ملی‌ رأی اعتماد می‌گیرد. سپس ‌‌ ‌‌نمایندگان مجلس دسته‌جمعی استعفا می‌دهند و مجلس‌ منحل می‌شود و دولت جدید زیر نظر امام‌ کار خودش‌ را آغاز می‌کند. (۱۸)

سفر بختیار به‌ پاریس‌ و دیدار با امام‌ نیز از جمله پیشنهاداتی‌ بود تا روال‌ انتقال قدرت‌ طبیعی‌تر اتفاق‌ بیفتد. پس‌ از آنکه‌ بختیار اعلام‌ کرد می‌خواهم‌ به‌ پاریس‌ بروم برای‌ دیدار آیت‌الله‌ خمینی‌ و مطالب‌ را با ایشان در میان‌ بگذارم، هم‌ در تهران‌ در شورای‌ انقلاب‌ و هم‌ در پاریس‌ این‌ مسئله مطرح‌ شده‌ بود که‌ بهتر است‌ بختیار به‌ ‌‌ ‌پاریس‌ بیاید و از امام درخواست‌ ملاقات‌ کند. این‌ نکته‌ مسجل‌ بود که‌ امام‌ بدون‌ ‌‌ ‌‌استعفای بختیار او را نمی‌پذیرفتند، ولی‌ برنامه‌ از این‌ قرار بود که‌ این‌ استعفا در پاریس ‌از او گرفته‌ شود، در واقع‌ امام‌ شرط‌ ملاقات‌ را منوط‌ به‌ استعفای او می‌کردند به این ترتیب‌ او در مقابل‌ یکی‌ از دو راه‌ قرار می‌گرفت: یا نمی‌پذیرفت که سرشکسته و سرافکنده‌ برمی‌گشت‌ به‌ ایران یا می‌پذیرفت‌ که‌ مطلوب ‌‌ما بود. راه‌ پس‌وپیش نداشت. همچنین‌ قرار بود در ایران‌ غیرمستقیم به‌ او القا شود چنانچه به‌ پاریس رفته‌ و استعفا بدهی‌ ممکن‌ است‌ حتی امام‌ مجدداً تو را به‌عنوان نخست‌وزیر منصوب کنند. ‌(۱۹)

در آخرین پیشنهاد هم انتخاب شخص نخست‌وزیر دولت موقت توسط امام خمینی و با معرفی شورای انقلاب اسلامی صورت می‌گرفت. پس از آن نیز شرایط برای رفراندوم تعیین نوع حکومت، برگزاری انتخابات مجلس خبرگان قانون اساسی، برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری و مجلس شورای اسلامی توسط دولت موقت فراهم و انتقال قدرت بدین شکل به سرانجام می‌رسید.

دو مورد اول با مخالفت امام خمینی کنار گذاشته شد. علت ایشان از مخالفت این بود که با پذیرفتن این دو راه عملاً مشروعیتی که امام از نظام سلطنت سلب کرده بود، مجدداً به آن بازمی‌گشت. درباره مورد سوم هم امام با صدور بیانیه‌ای اعلام کردند که به‌هیچ‌وجه بختیار را به حضور نمی‌پذیرند و او را مشروع نمی‌دانند. در نهایت پیشنهاد چهارم با حضور امام در تهران و صدور حکمی توسط ایشان پذیرفته شد و دولت موقت به نخست وزیری مهندس بازرگان کار خود را آغاز کرد.
 
 شورای انقلاب و دولت موقت
پس از پیروزی انقلاب اسلامی، کشور در مرحله‌ای حساس از گذار قرار داشت؛ نه نظام پیشین باقی مانده بود و نه نهادهای انقلابی هنوز شکل گرفته بودند. در چنین شرایطی، شورای انقلاب برای جلوگیری از خلأ قدرت و سامان‌دادن امور اجرایی، فردی شناخته‌شده و مورد اعتماد عمومی را برای اداره موقت کشور پیشنهاد داد. انتخاب مهندس مهدی بازرگان به نخست‌وزیری دولت موقت نه محصول هماهنگی فکری با خط انقلاب، بلکه محصول اضطرار بود.

آیت‌الله بهشتی، دبیر شورای انقلاب دلایل انتخاب مهندس بازرگان را چنین شرح می‌دهند: «با علم و آگاهی ما از وضع ایشان، بعد از پیروزی انقلاب از روی «اضطرار»، ناچار شدیم آقای مهندس بازرگان را به‌عنوان «نخست‌وزیر» معرفی کنیم؛ ایشان هم نخست‌وزیر شدند و دولتشان هم «دولت انقلاب» شد؟ نه، دولت انقلاب که نشد... خودشان گفتند که این دولت، دولت انقلاب نیست؛ «دولت انتقال» است. انتقال از مرحله پیش به مرحله انقلاب. حالا چه‌طور می‌شود که یک انقلاب پیروز بشود و اولین دولتش دولت انقلاب نباشد و دولت انتقال باشد؟ و گفتند: «من بلدوزر نیستم؛ من یک ماشین سواریِ ضعیفِ نازک‌نارنجی هستم که می‌توانم در جاده هموارِ آسفالته حرکت کنم» و بعد هم معلوم شد که دولت انتقال هم نیست. بنده به ایشان گفتم: دولت شما نه دولت انقلاب است و نه دولت انتقال، بلکه دولت اضطرار است. چون ما تشکیلات قوی نداشتیم و شناسایی نیرو نکرده بودیم به اضطرار به دولت ایشان رأی دادیم.»(۲۰)
 
 اختلاف بر سر انتخاب کابینه دولت موقت
دولت موقت از همان ابتدا سر بر ناسازگاری نهاد و اختلافات خود را با شورای انقلاب اسلامی آغاز کرد. اولین اختلاف بر سر تعیین وزرا و مسئولین بود. اعضای روحانی شورای انقلاب معتقد بودند که باید موازین فکری و اعتقادی اسلامی به‌عنوان یک اولویت در انتخاب افراد موردتوجه قرار گیرد؛ اما مهندس بازرگان تخصص را بر همه چیز ترجیح می‌داد. اعضای روحانی شورای انقلاب و معدودی از غیر روحانی‌ها، ملاک اصلی صلاحیت را مطابقت افراد با خط امام می‌دانستند و اگر در میان افراد، کسانی را می‌یافتند که مخالف خط امام بودند، قاطعانه ایستادگی می‌کردند. برای نمونه، اعضای شورای انقلاب دکتر اصغر حاج سید جوادی را به دلیل نوشتن مطالبی علیه روحانیت در یکی از کتاب‌های سابقش رد کردند. (۲۱)

درباره تعیین معاون نخست وزیر هم بین شورا و نخست وزیر اختلاف وجود داشت. آیت‌الله خامنه‌ای در این مورد گفته‌اند: «مهم‌ترین مورد اختلاف در این مورد، انتخاب عباس امیرانتظام به‌عنوان معاون نخست وزیر در روابط عمومی بود. برخی از روحانیون شورای انقلاب در این باره چندین بار به بازرگان اعتراض نمودند. با این عنوان که وی فردی نیست که کاملاً مورداعتماد نظام اسلامی باشد و شایعاتی نیز درباره وی موجود بوده است. هم چنین این که وی از رفقای صمیمی شاپور بختیار، آخرین نخست وزیر سابق و عضو جبهه ملی بوده است. بازرگان در جواب اظهار می‌نمود که بهتر از ایشان را در آن شرایط نمی‌شناخته است... در نهایت خود امام بدون نفوذ شخصی، توسط فردی به اطلاع مهندس بازرگان رساندند که امیرانتظام باید عزل شود؛ لذا وی از معاونت نخست وزیری طرد شد. با این همه قضیه تعارض‌ها ادامه یافت، چرا که وی از سوی وزارت امور خارجه به‌عنوان سفیر ایران در سوئد منصوب شد.»(۲۲)
 
 شورای انقلاب و رفراندوم تعیین نوع حکومت
پنجاه روز پس از پیروزى انقلاب، در روزهای یازدهم و دوازدهم فروردین ۱۳۵۸، اولین نظرخواهى از مردم ایران انجام گرفت. نقش شورای انقلاب در این رفراندوم به‌عنوان بزرگ‌ترین و مهم‌ترین رأى‌گیرى تاریخ سیاسى ایران غیرقابل انکار بود. به‌ویژه آن که تصویب لوایح مربوط به چگونگی برگزاری رفراندوم یا همه‌پرسى از وظایف مهم شورا بود.

بر اساس قانون مصوب شوراى انقلاب، در هر برگ رأى، حروف رأى موافق (آرى) با رنگ سبز و حروف رأى مخالف (نه) با رنگ قرمز چاپ شده بود. همچنین شوراى انقلاب دو لایحه‌ قانونى مهم درباره‌ رفراندوم جمهورى اسلامى به تصویب رساند: یکی لایحه‌ قانونى مربوط به لغو مقررات و تشریفات موجود در ارتباط با برنامه‌ رفراندوم و تسریع در انجام امور مربوط به آن و دیگری لایحه‌ قانونى راجع به‌شرط سنى رأی‌دهندگان که آن را به ۱۶ سال (متولدین قبل از سال ۱۳۴۲) کاهش داده بود.
 
 اختلاف بر سر نوع حکومت
در تعیین نوع حکومت بین دولت موقت و شورای انقلاب اختلاف پیش آمد. مهندس بازرگان معتقد بود که باید نوع حکومت را جمهوری دموکراتیک اسلامی قرار داد. (۲۳) اما امام و شورای انقلاب نظر به جمهوری اسلام داشتند نه یک کلمه کم و نه یک کلمه بیشتر: «آنچه که من از شما ملت ایران می‌خواهم، این است که بیدار باشید؛ خون عزیزان خودتان را هدر ندهید. کلمه «دمکراتیک» را از آن نترسید؛ یا حذفش را نترسید. این فرمِ غربی است؛ ما فرم‌های غربی را نمی‌پذیریم. ما تمدن غرب را قبول داریم لکن مفاسدش را نمی‌پذیریم.»(۲۴)
 
 شورای انقلاب و مجلس خبرگان قانون اساسی
بر اساس مذاکرات شورای انقلاب در ۲۵ خرداد ۵۸ دو نظر درباره نهایی کردن قانون اساسی وجود داشت. گروهی از جمله مهندس بازرگان معتقد بودند که چون امام به مردم وعده تشکیل مجلس مؤسسان داده است، برای تصویب قانون اساسی مجلس مؤسسان تشکیل شود و گروه دوم می‌گفتند بدون تشکیل مجلس مؤسسان و با نهایی کردن پیش‌نویس به رأی عمومی گذاشته شود. نگرانی گروه دوم ازدست‌دادن زمان بود و بازرگان بر صداقت با مردم تأکید داشت و می‌گفت مجلس مؤسسان جزء وعده‌های ما بوده است. «در جلسه اول خرداد شورای انقلاب امام هم حضور داشت و می‌پرسید این قانون اساسی چه شد؟... دوباره موضوع تشکیل مجلس یا رفراندوم بدون تشکیل مجلس در جلسه بحث شد هنگامی که بازرگان روی وعده‌ی امام برای تشکیل مجلس مؤسسان تأکید کرد امام گفت: من اگر نفهمیدم و حرف غلط زدم، تا آخر سر قولم باشم؟ اشتباه کردم باید رفراندوم باشد... در نهایت بنا شد مجلس خبرگان بنا به پیشنهاد آیت‌الله طالقانی که نه مثل مجلس مؤسسان بزرگ باشد که وقت زیادی بگیرد و نه خلف وعده به مردم شده باشد، تشکیل شود.»(۲۵)

اجرای این تصمیم طی حکمی از جانب حضرت امام خمینی به مهندس بازرگان به عنوان نخست وزیر دولت موقت محول، انتخابات مجلس خبرگان قانون اساسی برگزار شد. پس از آن برگزیدگان مردم جهت بررسی و تهیه قانون اساسی جمهوری اسلامی راهی مجلس شدند.
 
 انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی
عباس امیر انتظام فردی که چندی پیش حضورش در دولت موقت باعث نگرانی اعضا شورای انقلاب شده بود، طرحی را تهیه کرد که در آن پیگیر انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی شده بود. برخی ارائه‌ی این طرح را توسط دولت موقت و شخص امیرانتظام بی‌ارتباط با تصویب اصل پنجم قانون اساسی(۲۶) نمی‌دانند. این طرح با امضای ۱۸ وزیر و استنکاف ۴ وزیر دولت موقت به‌پیش امام می‌رود و با برخورد تند امام روبرو می‌شوند در نتیجه طرح ناکام می‌ماند. (۲۷)

آیت‌الله خامنه‌ای مخالفت شورای انقلاب با طرح انحلال مجلس خبرگان را این‌گونه روایت می‌کنند: «یاد دارم که امیر انتظام، معاون نخست وزیر دولت موقت، نامه‌ای تهیه کرده بود، و به‌‌ ‌‌امضای چهارده ـ پانزده نفر از وزرا هم رسانده بود که یا مجلس خبرگان منحل شود، یا‌‌ ‌‌آنها دسته‌جمعی استعفا خواهند داد. وقتی این نامه در هیئت وزیران مطرح شد، ‌‌اینجانب از طرف شورای انقلاب در آن جلسه حضور داشتم. در جلسه مطرح کردند که‌‌ ‌‌از این تاریخ خبرگان نماینده مردم نیستند، و ما می‌گفتیم که این‌طور نیست، خبرگان یقیناً‌‌ ‌‌نماینده مردم‌اند و باید قانون اساسی را تمام کنند. البته آقایان تندی کردند، حتی به ما‌‌ ‌‌اهانت نمودند؛ ولی فهمیدند که قبل از اینکه به امام برسد ما در مقابل توطئه‌هایی که‌‌ ‌‌علیه مجلس خبرگان ممکن است انجام گیرد، ایستاده‌ایم. ما آنها را قانع کردیم که شما‌‌ ‌‌قبل از اینکه مسئله را در سطح عموم مطرح کنید، باید با امام مطرح کنید. وقتی به اطلاع‌‌ ‌‌امام رسید، امام به طور قاطع و بدون اندکی تردید اعلام کرده بودند که: ‌‌اگر می‌خواهید‌‌ ‌‌استعفا بدهید، بدهید. مجلس خبرگان باید باشد و به کار خود ادامه دهد» .(۲۸)
 
 شورای انقلاب و ناکارآمدی دولت موقت
دولت موقت از آغاز کار خود، به دلیل تفاوت در نگاه و بینش سیاسی، در بسیاری از موضوعات با شورای انقلاب و نهادهای تازه‌تأسیس نظام دچار تنش شد. این اختلاف‌ها تنها به مسائل اجرایی محدود نبود، بلکه در سطحی عمیق‌تر، به نوع برداشت از انقلاب و نسبت آن با ساختارهای گذشته بازمی‌گشت. دولت موقت با نهادهایی چون کمیته(۲۹)، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی درگیر چالش بود و در زمینه‌هایی همچون نوع رابطه با آمریکا، شیوه تعامل با امام خمینی و همکاری با اعضای شورای انقلاب نیز زاویه داشت. این اختلافات در مقاطع گوناگون خود را آشکار کرد و در حالی که مردم و امام انتظار دگرگونی‌های سریع و بنیادی داشتند، عملکرد دولت موقت در عمل به‌کندی و نوعی ناکارآمدی انجامید.
 
 ناکارآمدی در کنترل شورش‌های کردستان و تأمین امنیت آن
در جریان ناآرامی‌های کردستان، دولت موقت با پرهیز از اتخاذ رویکردی قاطع، مانع برخورد جدی با شورشیان شد. سپهبد قرنی که بر ضرورت اقدام سخت‌گیرانه برای حفظ تمامیت کشور تأکید داشت، تحت فشار دولت موقت از ریاست ستاد ارتش برکنار گردید. همچنین در انتخاب مسئولان محلی، دولت موقت گاه رویکردی خلاف مصالح انقلاب در پیش گرفت؛ انتصاب افرادی با گرایش‌های توده‌ای و کمونیستی به سمت‌های حساسی همچون استانداری کردستان، از جمله این موارد است.

شهید بهشتی مشی دولت موقت در کردستان را نمی‌پسندید و معتقد بود یونسی که افسر توده‌ای مارکسیست بوده، گزینه مناسبی برای استانداری کردستان نبود. می‌گفت مبارز و زندانی بودنش قابل‌تقدیر است اما مناسب این پست نبود. دولت موقت می‌گفت در کار ما دخالت می‌کنید. بهشتی معتقد بود وقتی یونسی با گرایش‌های مارکسیستی به کردستان برود، معلوم است که به حزب کومله و دموکرات کردستان قدرت می‌دهد و فاجعه به بار می‌آورد. (۳۰)
 
 ناکارآمدی در تأمین مصالح کشور
دولت موقت در ماه‌های نخست پس از پیروزی انقلاب، سیاست لغو برخی قراردادهای نظامی و صنعتی از جمله طرح‌های مرتبط با صنعت هسته‌ای را در پیش گرفت؛ اقداماتی که از نگاه اعضای شورای انقلاب اسلامی، به تضعیف قدرت ملی می‌انجامید. اعضای شورا با این رویکرد مخالفت می‌کردند، اما دولت موقت استدلال می‌آورد که کشور برای سال‌ها از نظر تسلیحاتی بی‌نیاز است، به‌ویژه آنکه ارتش قرار است کوچک و محدود شود. در حوزه انرژی نیز چنین دیدگاهی حاکم بود: مسئولان دولت موقت مدعی بودند احداث نیروگاه اتمی برای کشوری که از منابع عظیم نفت و گاز برخوردار است، نه به‌صرفه است و نه به صلاح. حتی در برهه‌ای، زمزمه‌هایی درباره بازگرداندن جنگنده‌های اف–۱۴ نیز مطرح شد؛ تصمیم‌هایی که نشان از رویکردی محتاطانه و گاه بازدارنده در برابر سیاست تقویت قدرت دفاعی و صنعتی کشور داشت. آقای هاشمی رفسنجانی نیز ناظر به ساده‌انگاری دولت موقت در لغو قراردادهای نظامی و هسته‌ای، اینگونه روایت می‌کند: «در سال‌های آخر حکومت پهلوی به‌خاطر رونق کاذبی که به‌خاطر افزایش بهای نفت پیدا شده بود؛ قراردادهای مهمی در زمینه‌های نظامی و اقتصادی با کشورهای خارجی بسته شده بود. بختیار در آخرین روزهای صدارت خود با هماهنگی آمریکایی‌ها برخی از این قراردادها را که در زمینه نظامی بسته شده و پول آنها پرداخت شده بود، بنا به درخواست آمریکایی‌ها لغو و خسارات جبران‌ناپذیری به کشور وارد کرده بود. بعد از پیروزی انقلاب و استقرار دولت موقت نیز چنین کاری از طرف برخی اعضای دولت و برخی از گروه‌های سیاسی با جدیت و به بهانه‌های مختلف پیگیری می‌شد. برای ما واضح بود که اکثر این موضع‌گیری‌ها غیرکارشناسی و تحت‌فشار گروه‌های سیاسی بوده است. سرانجام این مسئله در شورای انقلاب مطرح شد.»(۳۱)
 
 ناکارآمدی در برخورد با دشمنان
دولت موقت در ارتباط با آمریکا از موضع سازش‌کارانه وارد می‌شد و به هر شکل و ترتیبی، سعی در حفظ ارتباط با آن‌ها داشت. در گزارش سفارت آمریکا آمده است که مهندس بازرگان به همراه معاونینش به‌گونه‌ای برخورد می‌کردند که به‌نوعی وادادگی و چه‌بسا دلدادگی در رفتارشان مشاهده می‌شد:
چه انتظام و چه بازرگان هر دو در جهان‌بینی غربی روشنفکری و راهی که زندگی باید در جهت آن حرکت کند با هم دیگر سهیم‌اند. هر چند هر دو مذهبی هستند (بازرگان بیشتر از انتظام) هر دو به طور تلویحی و ضمنی بیشتر از متفقین دینی خود در نهضت اسلامی به مفاهیم عقلایی غرب معتقد هستند. در جریان این ملاقات بازرگان سالم و هوشیار به نظر می‌رسید. (۳۲)

این برخوردها و صحبت‌های دیگر مهندس بازرگان و تمایل شدید او به ملاقات با آمریکایی‌ها نشان از آن داشت که پیشرفت و موفقیت بدون همراهی آمریکا برای او معنا ندارد. به همین خاطر از آن جا که احتمال می‌داد شورای انقلاب با دیدار او و آمریکا در الجزایر مخالفت کند، بدون هماهنگی با آن‌ها به ملاقات با آن‌ها شتافت. دیداری که با انتقاد سخت امام و شورای انقلاب مواجه شد.

در نهایت دولت موقت پس از تسخیر لانه‌ی جاسوسی توسط دانشجویان مسلمان پیرو خط امام استعفا داد و پیمودن بقیه‌ی مسیر هموارکردن راه برای استقرار جمهوری اسلامی را به شورای انقلاب اسلامی سپرد.

بدین ترتیب اداره قوه مجریه هم به وظایف شورای انقلاب افزوده شد و امام خمینی در حکمی(۳۳) شورای انقلاب را موظف به اداره دولت کردند. آیت‌الله خامنه‌ای آن مقطع را چنین یاد کرده‌اند: «پس از استعفای دولت ملی بازرگان، شورای انقلاب وارد مرحله‌ی جدیدی شد، این مرحله عبارت بود از اداره‌ی کشور در فرمان امام حکم اداره‌ی کشور یعنی امور اجرایی کشور به شورای انقلاب سپرده شد و این شورا در آن فرمان امام، «شورای انقلاب جمهوری اسلامی» نام نهاده شد.»(۳۴)
 
 اختلاف در شورای انقلاب
البته در شورای انقلاب هم همه موافق اقدام دانشجویان نبودند، آیت‌الله خامنه‌ای آرای داخل شورا را چنین توصیف کرده‌اند: «در داخل شوراى انقلاب [...] بنى‌صدر و دیگران مخالفت مى‌کردند، ماها حمایت مى‌کردیم و تا آخر هم همین بود. یعنى تا آخرى که مسأله‌ى لانه جاسوسى تمام شد، در داخل شوراى انقلاب من و آقاى هاشمى و مرحوم بهشتى و دو سه نفر دیگر همیشه طرفدار و پشتیبان دانشجوها و جریان لانه‌ى جاسوسى بودیم؛ از آن طرف بنى‌صدر و قطب‌زاده و [...] آن لیبرالها، مخالفت با آن جریان [...] و دائماً به فکر بودند یک شکلى این قضیه را از بین ببرند و این شکافى که بین سیاست مورد علاقه‌ى آنها و سیاست آمریکاییان منطقه و در کشور بوجود آمده را ترمیم کنند.»(۳۵)

علت مخالفت‌ها مختلف بود. طیف بازرگان «اصلاً شکست خورده‌ى این جریان بود، قطب‌زاده هم وزیرخارجه بود و وزیرخارجه‌ى با آن روحیات و با آن دید سیاسى که قطب‌زاده داشت طبیعى بود که با این جریان موافقت نمى‌کرد.» قطب‌زاده حتی دانشجویان را متهم به ارتباطی فراتر کرد: «چندین بار قطب‌زاده توى شوراى انقلاب ادعا کرد که اینها تحت تأثیر توده‌اى‌ها هستند. [...] شاید من تنها کسى بودم که توى آن جمع رئوس این بچه‌ها را مى‌شناختم، چون قبلاً دفتر تحکیم وحدت با من جلسات متعددى داشتند [...] لذا من از اینها دفاع شدیدى مى‌کردم و مى‌گفتم نه اینها بچه‌هاى مسلمانى هستند و به هیچ وجه با توده‌اى‌ها هم ارتباطى ندارند. تا این‌که قرار شد شوراى انقلاب یک نماینده‌اى بین دانشجویان بفرستند [...] قطب‌زاده داوطلب شد که من مى‌روم. من مخالف بودم چون مى‌دانستم که بچه‌ها از دیدن قیافه‌ى قطب‌زاده بدشان مى‌آید و این هیچ نخواهد توانست حرفهاى آنها را بگیرد و براى شوراى انقلاب بیاورد و به عکس. درعین‌حال چون دیدم که به اتفاق کلمه آن طرفى‌ها رو قطب‌زاده تکیه کردند نخواستم مخالفت خودم را ابراز کنم، گفتم حالا، با خودم گفتم حالا برود ببینیم چه مى‌شود. که همینجور هم شد [...] که منجر شد به این‌که نرود. لیکن من گاهى مى‌رفتم بین بچه‌ها و مى‌نشستیم مسائلشان را مى‌شنیدیم، مطالبى را با آنها در میان مى‌گذاشتیم و مطالب آنها را به دوستان خودمان در شوراى انقلاب منتقل مى‌کردم. یک بار هم که قرار شد یک بازدیدى از گروگانها به خبرنگارها بدهند [...] خود دانشجوها پیشنهاد کردند که آن فرد من باشم و لذا من رفتم و با یکایک اینها از نزدیک ملاقات کردم [...] به‌هرحال موضع شوراى انقلاب یک چنین موضعى بود.»(۳۶)
 
 پایانی برای آغاز نهادهای رسمی
جدای از اختلاف نظرات، انتظار تدبیر همه امور در شورای انقلاب هم غیرممکن بود. آیت‌الله خامنه‌ای شرایط آن روزها را چنین شرح داده‌اند: «ماههاى اول سال ۵۸ حتى تا مثلاً مدتها تا سال ۵۹، شورای انقلاب در آنِ واحد بایستى کلیه‌ى مسائل کشور را اعم از سیاسى و اقتصادى و اجتماعى و همه چیزش را بررسى مى‌کرد و روى اینها یک درک درستى پیدا مى‌کرد و تصمیم درستى یا قضاوت درستى به دست مى‌داد و بعد خودش اجرا مى‌کرد؛ و شما مى‌دانید که مرتب در ایران حادثه بود. یک روز حادثه‌ى تبریز بود، یک روز حادثه‌ى کردستان بود، یک روز حادثه‌ى ترکمن صحرا بود، یک روز حادثه‌ى جمع شدن بى‌کارها بود، یک روز حادثه‌ى شعار دادن ساواکیها بود، یک روز حادثه‌ى بیکارى بود؛ مرتب حادثه وجود داشت، مرتب شوراى انقلاب جلسه براى اندیشیدن و چاره‌جویى کردن داشت؛ وقت واقعاً کم مى‌آوردیم. [...] فرصت این‌که بنشینیم براى درازمدت یک فکرى بکنیم واقعاً وجود نداشت.»(۳۷)

این واقعیت، ضرورت تسریع در تشکیل نهادهای جدید مبتنی بر قانون اساسی برخاسته از انقلاب اسلامی را آشکار می‌کرد. نهایتا هم چندان به طول نینجامید که چنین شد؛ شورای انقلاب اسلامی پس از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری و مجلس شورای اسلامی مأموریتی را که ۱۹ ماه پیش بر عهده‌ی آن نهاده شده بود را پایان داد. اگرچه این پایان ساختار، پایان فعالیت اعضای آن نبود. درست بر خلاف تصور اولیه‌ای که در ذهن آیت‌الله خامنه‌ای شکل گرفته بود: «آن وقتى که در شوراى انقلاب بودیم، به خودمان نوید مى‌دادیم که دوران شوراى انقلاب تمام خواهد شد، یعنى مجلس و دولت و اینها تشکیل مى‌شود، شوراى انقلاب دیگر منحل مى‌شود، ما راحت مى‌شویم، پا مى‌شویم مى‌آییم دنبال درس و بحث و تفسیر و قرآن و نهج‌البلاغه، من به جوانها آن وقت قول داده بودم، گفتم ان‌شاءالله چند ماه دیگر شوراى انقلاب تمام مى‌شود، من یک درس نهج‌البلاغه شروع مى‌کنم، یک تفسیر شروع مى‌کنم.»(۳۸)