«در تابستان سال ۱۳۵۶ در مشهد من با دو نفر از برادرانمان از روحانیون صحبتی در پیرامون تشکیل روحانیت برای سامان بخشیدن به کار مبارزه صحبت می‌کردیم و البته روحانیت را که آنوقت مطرح می‌کردیم برای این بود که اول یک قاعده و پایه‌ای بصورت متشکل بوجود بیاید و بعد آن وسیله‌ای بشود تا بتوانیم همین سازماندهی و تشکل را درمیان انبوه مردمی که با ما در ارتباط بودند گسترش بدهیم.»
این‌ها بخشی از مصاحبه آیت‌الله خامنه‌ای با ویژه‌نامه روزنامه جمهوری اسلامی در تاریخ ۲۹ بهمن سال ۱۳۶۰ است که در آن به مقدمات تأسیس حزب جمهوری اسلامی پرداخته‌اند.
به مناسبت ۱۷ شهریور سالروز دیدار اعضای حزب جمهوری اسلامی با حضرت امام خمینی(ره) در سال ۱۳۶۰ پس از دبیرکلی آیت‌الله خامنه‌ای در حزب، بخش «درس و عبرت تاریخ» رسانه KHAMENEI.IR، در گزارشی به بررسی بخشی از فرآیند تأسیس حزب جمهوری اسلامی و نقش آیت‌الله خامنه‌ای در آن پرداخته است.

 ابزار کندنِ ریشه خبیثه
ماجرای تأسیس حزب جمهوری اسلامی حکایت جالبی دارد. عده‌ای معتقدند اولین جرقه‌های حزب و ایده آن از امام(ره) بود. روزهای آغازین سال ۱۳۵۶، شهید مطهری در بازگشت از سفری که به نجف داشت، پیامی را از امام به ایران آورد. «به برادران بگویید ریشه شجره خبیثه پهلوی از خاک بیرون است، همت کنید و برای همیشه او را به دور بیندازید.» این پیام منجر به تقویت انسجام مبارزین و شکل گرفتن تشکیلات مخفی اداره کننده مبارزات سال ۵۶ و ۵۷ شد. (۱) بار دیگر «امام(ره) در آخرین روزهایی که در عراق بودند راجع به تشکیل حزب‌الله بیاناتی فرموده بودند.»(۲) حبیب‌الله عسگراولادی آبان سال ۱۳۵۷ به پاریس رفت، او پیامی از طرف آیت‌الله بهشتی و آیت‌الله مطهری(۳) و برخی دیگر از مبارزین این پیشنهاد را مطرح کرد که «حزب‌الله توسط سه نیروی، روحانیت، فرهنگیان و دانشگاهیان و بالاخره مؤتلفه اسلامی بتواند تشکیل شود. امام فرمودند بماند تا من به ایران بیایم و ان‌شاء‌الله می‌آیم آن‌جا و حل می‌کنم.» (۴)

اهمیت این موضوع تا آن اندازه زیاد بود که با فاصله‌ای کوتاه دکتر بهشتی هم عازم فرانسه شد تا با امام مذاکره کند(۵)، در یکی از اسناد ساواک نیز آمده: «حبیب‌الله عسگراولادی اظهار نمود شیخ محمد بهشتی به همراه عده دیگری از همفکران در پاریس است که کار آن‌‌ها علاوه بر مشورت با خمینی و کمک به او در امر مذاکرات پاریس بررسی تشکیل و اعلام حزب‌الله می‌باشد. اصولاً مدت چند ماه است که خمینی تشکیل حزب‌الله را «اوجب واجبات» یا مبرم‌ترین وظائف نهضت دانسته ولی طرفداران نزدیک او می‌خواهند موقعی حزب‌الله را اعلام کنند که تمامی مطالب مهم بررسی شده و ایرادات تئوری مورد ملاحظه قرار گرفته باشد و خدای نکرده ایرادات مهمی ‌بر تئوری‌ها و خط حزب‌الله موجود نباشد. وی ادامه داد که آماده کردن شرایط تشکیل حزب‌الله حتی در شرایط فعلی مطابق دستور امام از نماز خواندن واجب‌تر است و این کار حتماً با جدیت عمل و به زودی اعلام موجودیت خواهد شد.»(۶)

مرحوم هاشمی رفسنجانی هم به این موضوع اشاره‌ای دارد و میگوید «تقریبا از یکسال پیش از پیروزی مقدمات تشکیل حزب فراهم آمده بود ... گویا در نجف در مورد حزب از خدمت امام سوال شده بود که به من که در آن موقع در زندان بودم اطلاع داده شد که ایشان موافقت کرده‌اند، همه مقدمات درست شد ... گویا شهید استاد مطهری خبر آوردند که امام نظرشان این است که فعلاً حزب اعلام نشود ... در آن موقع امام مصلحت نمی‌دانستند؛ لذا دست نگه داشتیم.»(۷)

عده‌ای مانند آیت‌الله مهدوی‌کنی ایده اولیه و اصلی تأسیس حزب را صرفاً از دکتر بهشتی می‌دانند. آن‌‌ها معتقدند، شهید بهشتی بعد از پیروزی انقلاب، داشتن ساختار حزبی و تشکیلاتی را مهم می‌دانست و معتقد بود برای رسیدن به اهداف انقلاب، بازوهای موثری در همه حوزه‌های سیاسی، فرهنگی، اجتماعی و حتی اقتصادی نیاز است. از طرف دیگر این تشکیلات باید مبتنی بر خط فکری اسلام اصیل و جهت سیاسی صحیح و روشن باشد تا بتواند در مقابل مشکلات و پیچیدگی‌های روزهای تشکیل حکومت اسلامی، کارآمد باشد: «البته این ایده صرفا به ایام بعد از پیروزی انقلاب مربوط نمی‌شود. دکتر بهشتی در سال‌های قبل از پیروزی انقلاب هم در فکر راه اندازی و ایجاد یک تشکل، جمعیت و حزب اسلامی بود.»(۸)

اما مراجعه به اسناد نشان میدهد این ایده منحصر به دکتر بهشتی نبوده و به قبلتر برمیگردد. آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای در حلقه انقلابیون مشهد، گزینه مشابهی را دنبال می‌کردند. این گزینه در جلسه‌ای با حضور برخی روحانیون مبارز دیگر که در تابستان ۱۳۵۶ در مشهد بودند، ادامه پیدا می‌کند. ایشان میگویند: «هر کدام از ما فصلی از بی سر و سامانی و بلبشویی اوضاع خودمان در ارتباط با هدف‌ها و وظایف مبارزه گله کردیم. پیشنهاد شد که بیایید یک سازمانی به وجود بیاوریم. من پیشنهاد کردم که حالا که داریم این کار را شروع می‌کنیم، حتماً لازم است با آقای بهشتی در میان بگذاریم. اتفاقاً آقای بهشتی مشهد بود.» (۹) زمانی برای جلسه در منزل آیت‌الله خامنه‌ای مشخص می‌شود. «ما مسئله را تفصیلا با آقای بهشتی مطرح کردیم. ایشان پذیرفتند و از این کار استقبال کردند و گفتند که من حاضرم، منتهی بیایید کسانی را که انتخاب می‌کنید، یک خصوصیت را حتما [داشته باشند.] سلیقه‌ها و هوس‌ها و منیت‌های خود را قربانی جمع کنند که آن جمع ناگزیر هدف‌گراتر و آرمان‌گراتر است.» (۱۰)
 
 نگرانی‌های دیگران
اما تأسیس حزب نگرانی‌هایی هم در بین مبارزین داشت. تا جایی که باعث شد تا اعضای مؤسس حزب برای رفع شبهات و ضرورت تأسیس حزب به تبیین موضوع بپردازند. دکتر بهشتی حتی قبل از انقلاب بارها در مورد این موضوع صحبت کرده بود و تاکید میکرد که «ما بایستی‌ برنامه‌ریزی‌ بکنیم‌ که‌ اگر حکومتی‌ بوجود آمد مطالب‌ دسته‌بندی‌ شده‌ داشته‌ باشیم.»(۱۱) این نگرش، حاصل سال‌ها مطالعه‌ این شهید بود. چه آن‌که در باقیمانده فیش‌های «بحث حکومت دراسلام» که در اوایل دهه چهل، آن را توسط دکتر باهنر در جلسات آموزشی در اختیار رابطین حوزه‌های مؤتلفه قرار داده بود تا با بحث و بررسی آن را تکمیل نمایند؛ ذیل «مبحث ششم» که به شکل و وضع حکومت در میان مسلمین از بعثت تا هجرت پرداخته، آمده است: «آیا مسلمین در این مدت هیچگونه تحزب و بهم بستگی نداشتند؟ اگر داشتند متشکل و توأم با نظام خاصی بود یا نه؟ اگر توأم بود به چه شکلی بود؟ حزب علنی، نیمه مخفی، یا مخفی، یا در ازمنه مختلف، مختلف بود؟»(۱۲) البته در دیگر پژوهش‌های سال‌های مبارزه دکتر بهشتی نیز مشابه این سوالات مشهود است.

آیت‌الله خامنه‌ای نیز به بیان دیگر، از ضرورت داشتن ساختار و نیروهای مؤمن با توجه به حجم زیاد کار بعد از انقلاب می‌گویند. ایشان معتقد بودند که رژیم پهلوی، یک ایران ویران ارث گذشته است و «ما وارث ویرانه‌ای... به نام ایران [هستیم]. نظام شاهنشاهی از همه نهادهای اساسی اثری باقی نگذاشته است. سازندگی ملت و جامعه ما بر اساس آرمان‌ها و مقاصد پذیرفته شده، ضرورت تشکیلاتی را ایجاب می‌کند. این محتوای حزب ماست. می‌توانیم نتیجه‌گیری کنیم که حزب جمهوری اسلامی در نظر دارد؛ به معنای واقعی کلمه؛ ایران، این جامعه نابود شده را با محتوای سیاسی، اجتماعی، انسانی و به‌طور کلی معنوی که در اسلام وجود دارد ... [را] ساماندهی کند.»(۱۳)

اما در این بین مسائل دیگری هم بود؛ در ساختار نیروهای انقلابی هم یک نظر ثابت و متقن وجود نداشت که همه در مورد آن هم‌سو باشند. این امر تا اندازه‌ای در برابر ضرورت ایجاد این ساختار نگرانی‌هایی ایجاد می‌کرد. عدم تمایل برخی از نیروهای انقلاب به تأسیس و راه‌اندازی حزب؛ از جمله آقایان مهدوی کنی و مرتضی مطهری؛ از طرف دیگر نگرانی‌ها از عدم پا گرفتن و استقبال از حزب و اساساٌ تحزب در کشور از دیگر مواردی بود که در برابر تأسیس آن، وجود داشت.

حجت‌الاسلام دعاگو درباره این نگرانی‌ها در خاطرات خود می‌گوید: «بسیاری از دوستان می‌گفتند که ممکن است با توجه به فرهنگ ایرانی‌ها، حزب در کشور پا نگیرد. با وجود این ضرورت ایجاد حزب احساس می‌شد.»(۱۴) دعاگو در مورد وجه تسمیه اسم و مدل نگاه به جریان حزب نگاه جالبی دارد: «در اوایل سال ۱۳۵۷ پایه این حزب محکم شد. [و] با تأکید امام خمینی هفت یا هشت روز پس از پیروزی انقلاب اسلامی [موجودیت] حزب را اعلام کردیم و چون ما به جمهوری اسلامی و حکومت اسلامی می‌اندیشیدیم نام آن را «حزب جمهوری اسلامی» گذاشتیم. آیت‌الله بهشتی وجود حزب را از لوازم ضروری زندگی اجتماعی بشر امروز تلقی می‌کرد.»(۱۵)

شهید بهشتی معتقد بود حزب جمهوری یک طلسم شوم را شکسته است؛ این‌که: «مسلمان‌ها قادر به تشکیل حزب اجتماعی - سیاسی - اسلامی برخاسته از توده مردم، آن هم با شرکت فعال روحانیت نیستند.»^(۱۶)
 
 وظیفه خطیر اساس‌نامه
مقدمات نگرانی‌های مطرح شده از سوی برخی مبارزین درباره پیامدهای تشکیل حزب، سد راه دکتر بهشتی و دوستانِ هم‌فکرش نشد. آن‌ها برای کار تشکیلاتی مدت‌ها بود شروع کرده بودند و می‌خواستند تا انتهای مسیری که از سال‌ها قبل برای آن وقت گذاشتند، پیش بروند. (۱۷) حتی برای آن پیش‌نویس اساس‌نامه‌ای هم تهیه کرده و اینک قدم بعدی؛ تکمیل تدوین اساس‌نامه و مرامنامه حزب بود. از آن‌جایی که طرح اصلی اساس‌نامه ریخته شده بود، اما برخی اقتضائات جدید در این فاصله رخ نموده بود، نیاز به یک بازبینی نهایی داشت. آیت‌الله خامنه‌ای یکی از اعضای تیم دو نفره تدوین اساس‌نامه بود. ایشان این ماجرا را اینگونه روایت میکنند که «این ماموریت به من و مرحوم باهنر داده شد و باید بگویم که بیشترین کارش را مرحوم باهنر کرد. ایشان بسیار آدم پرکار و خستگی‌ناپذیری بود؛ گاهی ۱۰ ساعت، ۱۵ ساعت، ۱۲ ساعت بیشتر هم کار انفرادی می‌کرد و گاهی ممکن است آدم شبانه روز ۱۸ ساعت کارِ یک‌جا کند، اما آدم خودش شخصاً بنشیند و ۱۰ ساعت، ۱۲ ساعت پشت سر هم مشغول یک کار باشد کار مشکلی است.»(۱۸) این تنظیم اساس‌نامه، در روزهایی بود که امام در مدرسه علوی مستقر بودند و خیابان ایران، مرکز اداره انقلاب اسلامی بود. «لازم بود در خانه‌ای باشیم که نزدیک کمیته استقبال باشد. دوستان ما در آن دور و اطراف خیلی بودند ... خانه‌ای که انتخاب کردیم، منزل مرحوم صادق اسلامی بود، شهیدی از ۷۲ تن که جزو بهترین چهره‌های مبارز و قدیمی خالص ما بود جزو کسانی بود که واقعا امتحان داده و تجربه شده بود، سال‌ها مبارزه کرده بود، زندان رفته بود، کارهای خطرناک و سخت انجام داده بود... اگر می‌گفتیم خودت هم برو، حرفی نداشت که خانه را در اختیار ما بگذارد و برود؛ بالاخره همین کار را هم کرد.»(۱۹)

این دو نفر، در آن روزهای زمستانی مشغول تنظیم آخرین بخش‌های اساس‌نامه و مرامنامه شدند و بیشتر بار بر گردن دکتر باهنر بود. آیت‌الله خامنه‌ای میگویند که «من می‌آمدم بیرون در کمیته استقبال و برمی‌گشتم... البته در آن حین آقای حجتی هم که آن‌وقت در تهران بودند ما خواستیم که بیایند و به ما کمک کنند ایشان هم در این بخش‌های آخر در تنظیم مرامنامه و اساس‌نامه به ما کمک کردند.»(۲۰)
 
 و حزب تأسیس شد...
تأسیس حزب، نیازمند معرفی جمعی به‌عنوان هیئت مؤسس بود. پیشنهاد اولیه آن بود که مؤسسین را از سه گروه روحانی، دانشگاهی و مبارزان بازار انتخاب و موجودیت حزب را رسماً اعلام کنند. اما احساس ضرورت بر آن‌که اعضای مؤسس به اندازه کافی شناخته شده باشند و بیانگر سوگیری حزب در پیروی از امام باشند، پنج روحانی از شاگردان شناخته شده امام تأسیس حزب جمهوری اسلامی را رسماً اعلام کنند. از این رو، اعضاء مؤسس حزب جمهوری اسلا‌می‌ بیانیه اعلام موجودیت را چنین امضا کردند: «محمدجواد باهنر، سیدمحمد بهشتی، سیدعلی خامنه‌ای، سیدعبدالکریم موسوی، اکبر هاشمی رفسنجانی.»(۲۱)

دکتر باهنر درباره چرایی انتخاب این پنج نفر می‌گوید: «البته افراد زیادی شناسایی شده بودند، منتهی این تردید وجود داشت که آیا اعلام این افراد مواجه با چه نوع قضاوتی و موضع‌گیری ازطرف قشرهای مختلف می‌شود؟ چون ممکن است احیاناً فردی یا افرادی مورد توافق و پسند بعضی شود و مجال این نبود از این رو قرار شد که همان پنج نفر روحانی، هیأت مؤسس، حزب را اعلام کنند تا این فرصت از دست نرود.»(۲۲)

دکتر بهشتی اما شرح تفصیلی‌تری از این ماجرا دارد. ایشان میگویند که «در همان ماه‌هایی که ما برای تشکیل یک حزب اسلامی مشغول مطالعه بودیم، با عده‌ای از آقایان روحانیون، همان هسته روحانیونی که می‌گویم، آقای محمدعلی موحدی کرمانی، آقای محمدجواد کرمانی، آقای مشکینی، آقای ربانی املشی، آقای طاهری خرم‌آبادی، آقای طبسی در مشهد، آقای هاشمی‌نژاد، آقای مؤمن در قم و بعضی از دوستانی که در روحانیت بودند و با ما همکاری داشتند نظیر آقای مهدوی‌کنی در تهران و آقای سیدمحمد موسوی خوئینی و همچنین عده‌ای از دوستان غیر روحانی این مسئله را مطرح کردیم. ما فکر تشکیل حزب را حتی به آقای مهندس بازرگان، آقای دکتر آقای سحابی، آقای عزت سحابی، آقای فریدون سحابی، آقای مهندس توسلی و آقای دکتر عالی و آقای مهندس کتیرایی و عده‌ای از این دوستان تحصیل‌کرده در میان گذاشته و با عده‌ای از دوستانی هم که در اصناف هستند و سابقا در فعالیتهای مبارزاتی بودند نیز در میان گذاشته بودند. همچنین با آقای دکتر آیت و آقای عسگراولادی و مرحوم عراقی و آقای اسلامی و آقای پیمان هم در میان گذاشته بودیم ... وقتی که ما فکر کردیم که باید موجودیت آن را اعلام کنیم، خیلی فکر کردیم که چگونه این کار را بکنیم. سرانجام یک راه حل بنظرمان اینطور رسیده بود که یک مجموعه‌ای حدود ۴۰ تا ۵۰ نفر از گروه‌های مختلف اجتماعی اعلام موجودیت کنند که حدود یک سوم آن‌‌ها از روحانیون مبارز و دو سوم از قشرهای دیگر باشند و حتی برای تعیین این‌ها، فکر کرده بودیم همین دوستان از بین خودشان چند نفر را برای اعلام تأسیس انتخاب کنند.»

شهید بهشتی و جمع همراه، در همان پاییز ۱۳۵۷، این روش را در یک جمع به صورت آزمایشی دنبال کرده بودند، اما «عملاً دیدیم که به اشکال برخورد کردیم و متوقف شد، تا این‌که اصلا شتاب انقلاب ما را از این کار بازداشت و دیگر نتوانستیم این کار را دنبال کنیم. پس از پیروزی دیدیم که اگر بخواهیم همین طرح را دنبال کنیم، مدتها طول می‌کشد و با گرفتاری‌هایی که تجربه کرده بودیم که انقلاب برایمان پیش می‌آورد، ممکن بود که این کار عمل نشود. این بود که تصمیم گرفتیم ما پنج نفر که در آن ماه‌های آخر بیشتر روی این کار فعالیت می‌کردیم یعنی بنده، آقای خامنه‌ای، آقای هاشمی رفسنجانی، آقای باهنر ... ما چهار نفر بیشتر بودیم ولی چون آقای موسوی [اردبیلی] در کارهای علمی با ما همکاری داشتند، به ایشان هم گفتیم. حالا به آقای مهدوی کنی هم گفته بودیم، ایشان علاقه نشان نداده بودند. به این دلیل ما ۵ نفر آمدیم و اعلام کردیم و گفتیم ما موجودیت حزب را صریحاً اعلام می‌کنیم ... پس از اعلام موجودیت همان دوستان دور هم جمع می‌شوند و کاری را انجام می‌دهیم.»(۲۳)

 دوره گذار
شورای مرکزی در هر حزب یکی از ارکان مهم آن محسوب می‌شود. قدرت اعضای شورای مرکزی در زمینه‌های مختلف تا اندازه زیادی به قدرت و دسترسی حزب کمک می‌کند. در حزب جمهوری هم به این امر توجه و شرح وظایف و جایگاه شورای مرکزی در ساختار تشکیلاتی در اساس‌نامه روشن شده بود.

تا حدود زیادی شورای مرکزی موقت حزب، همان هسته اولیه‌ای بود که قرار بود به‌عنوان هیئت مؤسس اعلام شود. انتخاب اولین شورای مرکزی حزب در غیاب کنگره و به وسیله هیئت مؤسس انجام گرفت. این شورا در آغاز با بررسی انتخاب ۵ روحانی مؤسس کار خود را شروع کرد؛ به تدریج تعدادی دیگر از چهره‌های ممتاز حزب با معرفی یکی از مؤسسین و رأی اکثریت شورا به ترکیب آن پذیرفته شدند. (۲۴)

تعداد اعضای شورا ۳۰ نفر تعیین شده بود. در زمان تأسیس یک ترکیبی از مؤسسین و معتمدین با اسم «شورای مرکزی موقت» (۲۵) شروع به کار کرد.

هاشمی رفسنجانی انتخاب نخستین دبیرکل همزمان با اعلام شورای مرکزی را چنین روایت کرده است: «انصافاً نقش آیت الله دکتر بهشتی این شهید بزرگوار در تشکیل حزب و همچنین روحیه اجتماعی دادن و رایج کردن کار دسته جمعی و تشکیلاتی در کشور زیاد بود [...] و حتی با اینکه خیلی گرفتار بودند، مسئولیت دبیرکلی حزب را به عهده گرفتند. رهبری حزب دسته جمعی بود؛ چون ما شورای مرکزی داشتیم، ولی دبیر حزب ایشان بودند و بیشتر از ما برای حزب وقت می‌گذاشتند.»(۲۶)

ساختار حزب تشکیلاتی بنیان نهاده شده بود و باید اعضای شورای مرکزی در یک فرآیند و رای‌گیری انتخاب می‌شدند، انتخابی که اعضای کنگره آن را به عهده داشتند: «[البته] همان‌طور که می‌دانید ما دادن کارت عضویت را آغاز کرده‌ایم و امیدواریم از اول اردیبهشت؛ پس از اعلام مواضع کلی حزب در مسائل مختلف، قبول عضویت از یک عده، کنگره را تشکیل بدهند و شورای مرکزی را آن‌‌ها انتخاب کنند.» (۲۷)

تراکم حوادث مانع از برگزاری کنگره شده بود که با انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی در هفتم تیرماه ۱۳۶۰، نخستین دبیرکل به شهادت رسید. طبق ماده ۲۳ اساسنامه، وظیفه انتخاب دبیرکل با شورای مرکزی بود. «عصر [دوشنبه هشتم تیر] اعضای شورای مرکزی حزب جمهوری آمدند و برای جبران نیروهای از دست رفته حزب، تصمیماتی اتخاذ شد. آقای باهنر به جای آقای بهشتی به عنوان دبیر کل انتخاب شدند.»(۲۸) اما دبیرکلی دکتر باهنر تنها ۶۱ روز ادامه یافت و با انفجار نخست وزیری در هشتم شهریور، او نیز اجر مجاهدت‌های خود را گرفت. آیت‌الله خامنه‌ای، دوره کوتاه دبیرکلی او را چنین توصیف کرده‌اند: «من در آن وقت در بیمارستان بودم و حضور نداشتم؛ ظاهراً به اتفاق آراء ایشان به دبیرکلى حزب انتخاب شدند و کار اداره‌ى کلى حزب به عهده‌ى ایشان بود، به علاوه بر این جلسات تبیین ایدئولوژى حزب را که به نام «مواضع ما» منتشر شده که مرحوم شهید بهشتى شروع کرده بودند، ایشان ادامه دادند و چندین جلسه درسِ خوب در این زمینه از ایشان ضبط شد» (۲۹) «مشکلات آن روز در حد نهایت بود. عده‌اى از بهترین عناصر حزب از دست رفتند. شهید بهشتى که یک شخصیت ممتازى بود، که اصلاً هیچ کس را با او نمى‌شود مقایسه کرد، او از دست حزب رفت. ضربه‌اى به حزب خورده بود که حزب انتظار آن را نداشت و در یک حال بهت و گیجى بسر مى‌برد. [...] کادرهاى تشکیلاتى سطح بالاى حزب، یک تعداد زیادى‌شان از دست رفته بود. [...] احتمال نفوذ وجود داشت، بدبینى و سوءظنى که ناشى از نفوذ یک نابکار در حزب و پدید آمدن آن حادثه بود، این هنوز در دل و جان همه بود. [...] اینها همه‌اش چیزهایى است که دست و پاگیر و مشکل است. با همه‌ى اینها، آن روزى که بنده دبیرکلى حزب را تحویل گرفتم، یک حزب رو به راه و سر و سامان‌دار را گرفتم.»(۳۰)
 
 آقای دبیرکل
این بار هم انتخاب دبیرکل جدید تنها یک روز زمان برد و عصر روز نهم شهریورماه آیت‌الله خامنه‌ای به اتفاق آرا به دبیرکلی برگزیده شد. «جلسه در درفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی تشکیل شده بود، ابتدا اعضای شورای مرکزی یاد دومین دبیرکل حزب، شهید دکتر محمد جواد باهنر را گرامی داشته و سپس با رأی‌گیری به اتفاق آراء به دبیرکلی حزب انتخاب کردند.»(۳۱) آیت‌الله خامنه‌ای که ترور نافرجام ششم تیر نجات یافته بود، در ۱۸ مرداد ۱۳۶۰ از بیمارستان مرخص شده بود و از ۲۶ مرداد ۱۳۶۰ در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر می‌شد و این انتخاب با استقبال گسترده اعضا مواجه شد.

چند روز بعد، صبح ۱۷ شهریور دبیرکل جدید و اعضای شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی‌ با امام خمینی دیدار کردند. امام از حزب و شهدایش تجلیل کرد و گفت: «البته تمام حزب را که من نمی‌شناختم و نمی‌شناسم، لکن افرادی که این حزب را ایجاد کردند، خوب، من می‌شناختم. من آقای خامنه‌ای را بزرگش کردم. من آقای هاشمی را بزرگ کردم، من آقای بهشتی را بزرگش کردم. دیدم اینها را از اول تا آخر. بسیاری از اینها [را،] خوب، من می‌شناختم که اینها اشخاصی نیستند که نه، انحصار طلب به آن معنایی که آنها می‌گویند، [نیستند.]. البته انحصار به این معنا که باید اسلام باشد، غیر اسلام نباشد؛ همه ما انحصار طلبیم و اسلام اصلاً اینطوری است. پیغمبر اسلام هم [می‌گفت:] «لا اله الا الله»؛ این انحصار است دیگر؛ یعنی فقط همین، دیگر غیر از این نه. ما هم حرفمان این است که فقط اسلام؛ غیر از این نه.»(۳۲)

فعالیت‌های حزب با شهادت دو دبیرکل اول، متوقف نشد اما با چنین حمایتی، حزب گام‌های استوارتری برداشت. هر چند از شهادت مهدی عراقی؛ در چهارم شهریور ۱۳۵۸ تا شهادت دکتر محمدجواد باهنر در هشتم شهریور ۱۳۶۰، طی دو سال ۹ نفر از این جمع به شهادت رسیده بودند و طبعاً این شهادت‌ها، خاصه شهادت دکتر بهشتی فرآیندهای اجرایی حزب برای تحقق ساختار را به تاخیر انداخت، اما آیت‌الله خامنه‌ای، سومین دبیرکل حزب جمهوری اسلامی پیگیر تحقق کامل اساسنامه و اتکای شورای مرکزی به رأی اعضا بود.

بالاخره سه شنبه، ۲۰ اردیبهشت سال ۱۳۶۲ با نشست اولین کنگره در محل اردوگاه شهید باهنر، اعضای اصلی و علی البدل شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی با رای اعضا انتخاب شدند و آیت‌الله خامنه‌ای بار دیگر از سوی منتخبان کنگره (یا همان مجمع عمومی) به عنوان دبیرکل حزب انتخاب شد.