حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در حکمی حجت‌الاسلام محمود رجبی را به عنوان مدیر هیئت امنای مؤسسه‌ی آموزشی و پژوهشی امام خمینی رحمةالله علیه، منصوب کردند.
متن حکم رهبر انقلاب به این شرح است:

بسم الله الرّحمن الرّحیم

موسسه‌ی آموزشی پژوهشی امام خمینی رحمة‌الله‌علیه یادگار ارزنده و پر برکت عالم فقیه و مجاهد مرحوم آیت‌الله مصباح یزدی است. برکات این مؤسسه‌ی مبارک باید بر اساس اهداف ترسیم شده به وسیله‌ی خود آن عالم فقید دنبال شود. بدین منظور لازم است هیأت امنائی متشکل از حجج اسلام آقایان حاج شیخ محمود رجبی، حاج‌ شیخ غلامرضا فیاضی، حاج شیخ محمود محمّدی‌عراقی، حاج شیخ علی مصباح یزدی و حاج شیخ مجتبی مصباح یزدی تشکیل گردد و مدیریت آن به تبعیت از تشخیص و تصمیم مرحوم آیت‌الله مصباح بر عهده‌ی حجةالاسلام آقای حاج شیخ محمود رجبی بوده باشد.

توفیقات حضرات آقایان را از خداوند متعال خواستارم.

سیّدعلی خامنه‌ای
۹۹/۱۱/۱۹