حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی درگذشت آیت‌الله سیدمحمد حسینی شاهرودی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

رحلت فقیه ربانی آیت‌الله آقای حاج سیدمحمد شاهرودی را که از فقهای برجسته‌ی حوزه‌ی علمیه نجف و در سالهای پس از انقلاب ساکن قم بودند، به حوزه‌های قم و نجف و به عموم ارادتمندان و شاگردان آن مرحوم و بخصوص به آقازادگان و بازماندگان ایشان و وابستگان به بیت شریفِ والد ایشان مرحوم آیت‌الله العظمی شاهرودی از مراجع دوره‌ی قبل در نجف، تسلیت عرض میکنم و علو درجات و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت مینمایم.

سیّدعلی خامنه‌ای
۱۸ تیر ۹۸    

گفتنی است در پی رحلت فقیه ربانی مرحوم آیت‌الله سیدمحمد حسینی شاهرودی، مراسم بزرگداشتی از سوی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی امشب (سه‌شنبه شب) ۱۸ تیرماه ۱۳۹۸ بعد از نماز مغرب و عشاء در مسجد اعظم قم برگزار خواهد شد.