در ایامی که شهید آیت‌الله سیدمحمدباقر صدر در محاصره رژیم بعث عراق قرار داشت، حضرت امام خمینی رحمه‌الله‌علیه طی تلگرافی نگرانی خود را نسبت به رفتار دولت عراق با ایشان ابراز و مسائلی را خطاب به دولت عراق بیان میکنند. شهید صدر نیز در مصاحبه صوتی با خبرنگار روزنامه جمهوری اسلامی تلگراف حضرت امام را پاسخ میگوید.
بخش فقه و معارف پایگاه اطلاع‌رسانی KHAMENEI.IR متن پیام امام خمینی به شهید صدر و ترجمه پاسخ صوتی شهید صدر به ایشان را در پرونده‌ی «متفکر نابغه» که به مناسبت ایام سالگرد شهادت شهید سیدمحمدباقر صدر منتشر شده، برای اولین بار در اختیار مخاطبن قرار می‌دهد.

متن پیام حضرت امام خمینی به شهید صدر در تاریخ ۱۳۵۸/۰۳/۲۴:
 بسم اللّه‌ الرحمن الرحیم
حضرت آیت‌اللّه‌ آقای حاج سید محمدباقر صدر ـ دامت برکاته ـ نجف اشرف
پیشامدهای اخیر یکی پس از دیگری موجب تأسف است. انتظار آن نبود که با جنابعالی، شخصیت علمی و اسلامی، چنین رفتار شود. چنانچه انتظار نبود و نیست که مأمورین دولت عراق در سرحدات رفتاری کنند که مخالف حُسن همجواری است. ملت ایران که با نهضت اسلامی خود امید دارد دست اجانب را از جمیع ممالک اسلامی کوتاه کند و استقلال را به آنها برگرداند. همچنین انتظار دارد که همان نحو که ملتها با نهضت عظیم اسلامی ایران موافق و پشتیبان آن هستند، دولتها نیز پشتیبان آن باشند. حوزۀ علمیۀ نجف اشرف، که در خدمت اسلام و مسلمین است، در طول تاریخ حافظ استقلال عراق بلکه سایر کشورهای اسلامی بوده است، انتظار ندارد که مورد اهانت واقع شود و یکی از شاخصترین بزرگان آن، مورد تهاجم واقع شود.
من به دولت عراق نصیحت می‌کنم که این دژ محکم را که حافظ کیان[و]مصالح کشور است حفظ کند. این نصیحتی بود که من در دوران گذشته به شاه مخلوع و دولت ایران کردم. از خداوند تعالی عظمت اسلام و استقلال کشورهای اسلامی را خواهانم. والسلام علیکم و رحمة‌اللّه‌ و برکاته.

روح‌اللّه‌ الموسوی الخمینی

ترجمه پاسخ شهید صدر به تلگراف امام خمینی که طی مصاحبه صوتی با روزنامه «جمهوری اسلامی» در تاریخ ۵ شعبان ١٣٩٩ ه‌.ق (۹ تیر ۱۳۵۸) ضبط شده است:
بسم الله الرحمن الرحیم
محضر امام مجاهد حضرت آیت‌الله العظمی سید روح الله خمینی
تلگرام شما را که تفقد پدرانه‌ای از من بود، شنیدم؛ ولی چون کنج خانه افتاده‌ام و نه می‌توانم کسی را ببینم و نه کسی می‌تواند مرا ببیند، نمی‌توانم از طریق تلگراف پاسخ شما را ارسال کنم؛ ازاین‌رو تنها چیزی که از دستم برمی‌آید این است که از خداوند متعال مسألت کنم که شما را که منار و مشعل اسلام هستید حفظ فرماید و دین حنیف را به مرجعیت پیشرو شما محفوظ بدارد.
همچنین از خداوند متعال می‌خواهم سختی‌هایی را که در راه او متحمل می شویم از ما بپذیرد و به ما توفیق حفظ عقیده و آرمان‌های والای امت را بدهد؛ چراکه حیات هر انسانی تنها به همان اندازه‌ای است که از وجود و زندگی و افکارش به امت می‌بخشد و شما از وجود و حیات و فکرتان آن‌چنان عطایی برای مسلمانان داشتید که در طول تاریخ الگوی عظیم مجاهدان خواهد ماند.

و السلام علیکم و رحمة الله و برکاته