حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت عالم بزرگوار آیت‌الله حاج سیدمحمدباقر خوانساری را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
 

بسم‌الله‌الرّحمن‌الرّحیم

درگذشت عالم بزرگوار مرحوم آیت‌الله آقای حاج سیّدمحمّدباقر خوانساری رحمت‌الله‌علیه را که از نخستین روزهای نهضت امام خمینی رضوان‌الله‌علیه در شمار مدافعان فعّال نهضت محسوب می‌شدند و اقدامات ایشان در نجف اشرف در حمایت از امام خمینی منشأ اثر بود، به بازماندگان محترم و عموم ارادتمندان و علاقمندان به ایشان تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات آن مرحوم را از خداوند متعال خواستارم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۲۸ بهمن ۹۴