حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی عصر امروز در آغاز مجدد درس خارج، طی سخنانی حوزه های علمیه را به توجه جدی در امر تحقیق، پژوهش، تعلیم و تعلم در رشته های گوناگون علوم اسلامی، بویژه تلاش برای پیشرفت فقه و فقاهت و طرح اندیشه های جدید بر اساس مبانی فقاهت، تبلیغ معارف و حقایق دینی در داخل و خارج کشور، فهم و اطلاع از مسائل و تحولات عالم فرا خواندند و برکسب هر چه بیشتر تقوی و معنویت و دوری از ظواهر و زخارف دنیوی تأکید کردند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با تأکید بر اینکه فضلا و طلاب حوزه های علمیه باید تحقیق، تعلیم و تدریس را کار اول خود بدانند و به آنها اهتمام ورزند، فرمودند: باید در حوزه ی علمیه قم و دیگر حوزه ها، به تحقیق و پژوهش در علوم گوناگون اسلامی بویژه فقه، اصول و رجال میدان داده شود و طلاب و فضلا به مسائل جدید و مورد ابتلای جامعه بپردازند و سنت اجازه ی اجتهاد توسط بزرگان حوزه به طلاب، مجددا احیاء شود.
رهبر انقلاب اسلامی ضمن تأکید بر اهمیت امر تبلیغ در حوزه های علمیه، فرمودند: امروز شرایط تبلیغ اسلام در جهان، بیش از هر زمان دیگر فراهم است و حوزه های علمیه باید به این امر مهم بدقت توجه کنند. امروز مسلمانان در دورترین نقاط جهان از جمله جمهوریهای مسلمان نشین شوروی سابق، تشنه ی حقایق و معارف اسلام هستند و اسکتبار نیز با تمام توان، علیه اسلام تبلیغ میکند، از اینر طلاب و فضلای حوزه های علمیه باید خود را برای نشر و گسترش معارف اسلام در داخل و خارج کشور آماده کنند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای ضمن اشاره به اینکه موضوع شناسی، یکی از لوازم اساسی فقاهت و اجتهاد صحیح است، فرمودند: طلاب علوم دینی باید نسبت به تحولات جهانی آگاهی کامل داشته باشند و حوزه های علمیه میبایست از راههای مختلف همچون ارائه آموزشهای لازم، انتشار نشریات مفید و استفاده از اندیشمندان مطلع، طلاب و فضلا را نسبت به مسائل روز آگاه کنند.
مقام معظم رهبری حوزه های علمیه را نهادی ریشه دار و متکی به خود دانستند و فرمودند:همانگونه که حوزه ها تاکنون از همه ی جهات مستقل و متکی بخود بوده، در آینده نیز باید این استقلال حفظ شود.
البته این امر به معنی عدم همکاری و ارتباط با حکومت و نظام اسلامی نیست. بلکه حوزه های علمیه باید همواره بر پشتیبانی و حمایت خود از نظام اسلامی افزوده و ارتباط و همکاری خود را با دولت اسلامی روزبروز مستحکم ترکنند.
رهبر انقلاب اسلامی حفظ استقلال حوزه ها را در گرو مشارکت فعالانه ی اساتید و فضلای حوزه دانستند و افزودند: اداره ی امور حوزه باید توسط اساتید وعلمای حوزه انجام گیرد و آنان این کار را بر دیگر امور ترجیح دهند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در ادامه ی بیاناتشان، بر نقش بر جسته ی حضرت امام خمینی رضوان الله تعالی علیه و انقلاب اسلامی در ارتباط با حوزه های علمیه تأکید کردند و فرمودند:امام و انقلاب برحوزه های علمیه حق حیات دارند که هیچگاه نباید فراموش شود. اگر امام و انقلاب نبودند، دشمنان اسلام، حوزه های علمیه را نابود میکردند ولی امام و انقلاب به حوزه ها آبرو و شخصیت بخشیدند. طلاب انقلابی و جبهه رفته و کسانی که امروز در خدمت انقلاب و نظام اسلامی هستند، باید در حوزه های مورد توجه قرار گرفته و به مجاهدات و خدمات آنان ارزش و بهای لازم داده شود.
مقام معظم رهبری همچنین در بخش دیگری از سخنان خود از حضرت آیت‌الله العظمی خویی(ره) یاد کردند و ایشان را بعنوان یک محقق، مؤلف و مدرس بزرگ که بجز مرجعیت در رشته های مختلف علوم اسلامی به ویژه فقه، اصول و رجال، برجسته بودند، مورد تجلیل قرار دادند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پایان بیاناتشان طلاب و فضلای حوزه را به تقوی، معنویت، اخلاق اسلامی، حفظ زیّ طلبگی، فریب نخوردن در مقابل ظواهر و زخارف مادی و تقلید نکردن از اهل دنیا فرا خواندند.