حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی طی حکمی، آیت‌الله سیدمحمود هاشمی را به ریاست قوه‌ی قضائیه منصوب فرمودند.
متن حکم رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
 

بسم الله الرّحمن الرّحیم‌

آیت‌الله آقای حاج سیدمحمود هاشمی شاهرودی (دامت تأییداته العالیه‌)

با پایان گرفتن دوران تمدیدشده‌ی مسئولیّت آیت‌الله آقای یزدی در قوّه‌ی قضائیّه که با مجاهدتی دلسوزانه و خدماتی ارزشمند همراه بود، جنابعالی را که از چهره‌های برجسته‌ی علمی و آراسته به صلاحیّت و مرتبت والا و علم و عمل میباشید بر اساس اصل یکصد و پنجاه و هفت قانون اساسی به ریاست قوّه‌ی قضائیّه‌ی جمهوری اسلامی ایران منصوب میکنم.

اهمّیّت این مأموریّت حسّاس و خطیر از آن روست که سلامت و استحکام و قدرت و قاطعیّت این دستگاه، موجب سلامت همه‌ی دستگاه‌های قانونگذار و مجری در نظام اسلامی، و مایه‌ی گسترش عدالت و امنیّت در زندگی همه‌ی ملّت میگردد و پیشرفت مادّی و معنوی کشور را ممکن میسازد.

قوّه‌ی قضائیّه بازوی توانمند نظام اسلامی است که موظّف است عدل و انصاف را گسترش دهد، از حقوق آحاد ملّت بدون هیچ تمایزی دفاع کند، متجاوزان به حقوق مردم را بی هیچ تفاوت و بدون اغماض و مسامحه به مجازات برساند، و دعاوی و اختلافات را حل‌ّوفصل نماید. تحقّق این مأموریّت بزرگ مایه‌ی استقرار امنیّت و طمأنینه و آرامش واقعی و پایدار برای مردم است.

نقش نظارتی قوّه‌ی قضائیّه بر همه‌ی دستگاه‌های کشور، و مأموریّت پیشگیری از وقوع جرم، و نیز جنبه‌ی تربیتی و تهذیبی در بازداشتگاه‌ها، جوانب دیگری هستند که این رکن اساسی نظام اسلامی را در جایگاه والا و مؤثّر خود در اداره‌ی کشور می‌نشانند و کارایی و اقتدار نظام اسلامی را از همه‌سو نشان میدهند.

طبیعت کار دستگاه قضائی مستلزم آن است که همواره یک طرف از دو سوی مرافعات، از نتیجه‌ی قضاء، ناخشنود است، ولی آنگاه که عدالت و قانونِ بی‌گذشت بر عملکرد محاکم قضائی حاکم است حتّی خرده‌گیران و عیب‌جویان نیز در وجدان خود، قاضی و قضاء را تحسین و به ارزش و اعتبار آن اذعان میکنند.

بی‌گمان دستگاه قضائی جمهوری اسلامی از آغاز تاکنون راه دشوار و نارفته‌ای را به همّت شخصیّتها و عناصر دلسوز پیموده و بویژه در سالهای اخیر و با وجود مخالفتها و غرض‌ورزی‌های گاه گسترده و عمیق، موفّقیّتهای بزرگی به دست آورده است. لیکن عروج به جایگاه و منزلت رفیع قضاوت ناب اسلامی مستلزم مجاهدت پیگیر عالمانه و مدبّرانه و صمیمانه‌ای است که قبول مسئولیّت از سوی جنابعالی که فقیهی مسلّط بر موازین اسلامی و علمی و برخوردار از احاطه و هوشمندی میباشید، میتواند نوید آن را بدهد.

بهره‌گیری از همکاری شخصیّتهای کاردان و انقلابی و قضات پاکدامن و شجاع و حقوق‌دانان مؤمن و فاضل حوزه و دانشگاه به شما امکان برنامه‌ریزی و عمل درست در راه هدفهایی را خواهد داد که مجموعاً به صلاح و کمال دستگاه قضائی اسلامی کشور می‌انجامد.

کوتاه کردن فرایند دادرسی، گسترش کمّی و کیفی محاکم دادگستری، پیاده کردن کامل مقرّرات قضاء اسلامی، تأکید و مبالغه در سلامت همه‌جانبه‌ی قوّه‌ی قضائیّه، آشنا کردن مردم به حقوق و مقرّرات و جرائم و مجازاتهای قضائی، روزآمد کردن پرونده‌های در حال رسیدگی و استفاده از فنّاوری نو برای آن، از جمله اولویّتهای نخستین است.

صلابت و اقتدار قوّه‌ی قضائیّه، مهم‌ترین خصوصیّتی است که میتواند این رکن اساسی نظام اسلامی را بر اداء وظیفه‌ی اصلی آن یعنی احقاق و احیای حقّ مظلومان و مقابله با متجاوزان به حقوق افراد و جماعات، قادر سازد.

تضعیف قوّه‌ی قضائیّه از سوی هیچ‌کس پسندیده و پذیرفته نیست و قوّه‌ی قضائیّه تنها با حفظ استقلال و قاطعیّت و اعتمادبه‌نفس و وارد نشدن در دسته‌بندی‌های اجتماعی و برتر از همه، به یاد داشتن مسئولیّت عظیم خود در برابر خداوند علیم و قدیر و حفظ صلاح و سلامت دینی و اخلاقی خود میتواند بدان دست یابد.

برای دستگاه قضائی مهم‌تر از همه‌چیز، اجرای عدالت و قانون است و نظام قضائی اسلام کارآمدترین وسیله‌ی تحقّق این هدف متعالی است. تقویت دانش قضائی و گزینش اشخاص صالح در مجموعه‌های قضائی و اداری، و برنامه‌ریزی دقیق همراه با نظارت مستمر بر اجزای این دستگاه بزرگ، و نیز حفظ عزّت و حرمت قضات، لوازم اصلی برای تحقّق آن مقصود به حساب می‌آیند.

لازم است دولت و مجلس محترم همکاری و پشتیبانی مادّی و معنوی از دستگاه قضائی را وظیفه‌ی خود بدانند و دستیابی آن را به هدفهایی که در حقیقت متعلّق به همه‌ی نظام اسلامی و مورد اهتمام همه‌ی علاقه‌مندان به کشور و ملّت است، میسّر سازند.

در پایان وظیفه‌ی خود میدانم که از زحمات دلسوزانه و طاقت‌فرسای عالم بزرگوار آیت‌الله آقای یزدی که در طول مسئولیّت خود در رأس قوّه‌ی قضائیّه با همه‌ی توان، و با اخلاص و صمیمیّت کم‌نظیر، تلاش بی‌وقفه‌ای را در پیشبرد این قوّه به کار بردند و اقدامات مهمّی را به انجام رساندند، صمیمانه تشکّر کنم و نیز از همه‌ی همکاران ایشان در این مجاهدات سپاسگزاری نمایم.

توفیق و تأیید الهی و دعا و دستگیری حضرت بقیّةالله الاعظم (ارواحنا فداه) را برای جنابعالی مسئلت میکنم.
 

والسّلام علیکم و رحمةالله‌
سیّدعلی خامنه‌ای    
۱۳۷۸/۵/۲۳