دستگاه امنیتی رژیم پهلوی پس از آگاهی از میزان استقبال از این جلسات، با اعزام مأموران مخفی این جلسات را زیرنظر گرفت و نهایتاً با این تحلیل که این درس محل اجتماع عناصر انقلابی و پرورش اندیشه و فکر انقلاب اسلامی است، از ادامه‌ی برگزاری این جلسات در آن مدرسه جلوگیری کرد. یکی از علل حساسیت رژیم نسبت به این درس، اقبال اقشار فرهیخته به آن و توجه حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به مباحث روز و استفاده از مبانی قرآنی در فهم نیاز روز و شناخت معضلات جامعه بود.

جلسات تفسیر پس از آن در مسجد دیگری واقع در محله‌ی «پایین خیابان» مشهد ادامه یافت. حضرت آیت‌الله خامنه‌ای از زمان شروع درس تفسیر در سال ۱۳۴۷ تا سال ۱۳۵۳ دوبار – یکی در سال ۱۳۴۹ و دیگری در سال ۱۳۵۰ – توسط رژیم پهلوی دستگیر و زندانی شدند و با انتقال معظم له در سال ۱۳۵۳ به زندان کمیته‌ی مشترک ضد خرابکاری در تهران، این درس تعطیل شد. البته پس از آزادی ایشان در سال ۱۳۵۴ دروس فقهی، اصولی و معارفی معظم‌ٌله مجدداً برقرار و با استقبال کم‌نظیر طلاب روبرو شد.

در طول دوران برگزاری درس تفسیر، سوره‌های مبارکه‌ی مائده، انفال، توبه، و بخشی از سوره‌ی مبارکه‌ی یونس مورد بحث و تفسیر حضرت آیت‌الله خامنه‌ای قرار گرفت که از این میان، اکنون متن درس تفسیر سوره‌ی توبه در حال آماده‌سازی برای انتشار است. این متن که تقریر و نوشته‌ی حجج اسلام حسن ربانی فردوسی و محمدباقر داودی، از حاضران در آن جلسات است، توسط گروه پژوهش مورد مطالعه قرار گرفت و روش و قواعد تفسیری مورد استفاده‌ی معظم‌ٌله در آن استخراج شد که ویراست اول آن در کتاب «مروری بر مبانی، روش و قواعد تفسیری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در تفسیر سوره‌ی توبه» برای استفاده‌ی محققان علوم و معارف قرآنی و دیگر علاقمندان منتشر شده است.

مباحث این کتاب در ۱۲۰ صفحه و در چهار بخش کلی تدوین شده است:
۱. روش تفسیری
۲. گرایش تفسیری
۳. مبانی و قواعد تفسیری
۴. ویژگی‌ها و امتیازات