در پی درگذشت تأسف بار جناب حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج شیخ محمد حسین بهجتی (شفق) رحمة الله علیه حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیت صادر فرمودند. متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم

درگذشت تأسف بار دوست دیرین عزیز جناب حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج شیخ محمد حسین بهجتی (شفق) رحمة الله علیه را به خاندان مکرّم و دوستان و ارادتمندان آن مرحوم صمیمانه تسلیت عرض میکنم. ایشان عالمی پرهیزگار، و ادیبی فرزانه، و شاعری بلند آوازه، و انسانی وارسته بودند و فِقدان ایشان برای کسانی که با فضائل و مکارم اخلاقی آن بزرگوار آشنایی داشتند دردآور و تأسف انگیز است.

از خداوند متعال علوّ درجات برای آن فقید عزیز و صبر جزیل برای بازماندگان مکرّمش مسألت میکنم.

سیّدعلی خامنه‌ای
31/مرداد/1386