در پی رحلت فقیه مجاهد و پارسا حضرت آیت‌الله آقای حاج میرزا علی مشکینی اعلی اله مقامه، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیت صادر فرمودند. متن پیام به این شرح است:

 

بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون

رحلت فقیه مجاهد و پارسا حضرت آیت‌الله آقای حاج میرزا علی مشکینی اعلی اله مقامه موجب تأسف و تأثر شدید اینجانب گردید. این روحانی عالیقدر از جمله‌ی شخصیت‌های نادری بود که در سراسر عمر بابرکت و در مراحل گوناگون زندگی نورانی خویش منشأ برکات فراوان برای حوزه‌ی علمیه و مردم مؤمن و اسوه‌ی اخلاقی و عملی برای شاگردان و ارادتمندان خود بود.

در دوران طاغوت جزو پیشگامان نهضت اسلامی و در دوران جمهوری اسلامی در شمار مجاهدان واقعی و معلم اخلاص و پرهیزگاری و پارسائی محسوب می‌گشت. رفتار و عمل او بیش از بیان شیرین و رسایش، دعوت‌کننده‌ی به ایمان و پارسائی و حق‌طلبی و حقگوئی بود. جایگاه رفیع او در نظام جمهوری اسلامی و ریاست مجلس خبرگان رهبری از آغاز تشکیل این مجلس که نشانه‌ی حرمت و مکانت او در چشم نخبگان و علمای بزرگ و اساتید مبرّز روحانی کشور است، هرگز نتوانست در تواضع و فروتنی او یا در زندگی زاهدانه و دامن پاک او کمترین خدشه‌ئی وارد آورد. او جامع علم و عمل، و جهاد و زُهد، و تشخیص و سلوک صائب و مستقیم و بدون انحراف بود. فقدان این عالم ربانی و این روحانی جلیل‌القدر، ضایعه‌ئی بزرگ است. از خداوند متعال علوّ درجات و مغفرت و رحمت واسعه‌اش را برای روح مطهر ایشان مسألت می‌کنم و به ملت ایران و حوزه‌های علمیه و مراجع عظام و علمای اعلام بویژه به خاندان مکرم و بازماندگان محترم و همه‌ی ارادتمندان و شاگردان ایشان تسلیت عرض میکنم.
 

والسلام علیه و رحمه اله و برکاته
سید علی خامنه‌ای        
۸ مرداد ۱۳۸۶