در پی رحلت مرجع عالیقدر شیعیان، مرحوم مغفور حضرت آیت‌الله فاضل‌ لنکرانی، رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر فرمودند. متن پیام به این شرح است:

بسم‌ الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون

با تأسف و تأثر فراوان از ارتحال فقیه مجاهد مرحوم مغفور حضرت آیت‌الله آقای فاضل‌لنکرانی رضوان‌الله‌تعالی‌علیه اطلاع یافتم.
این ضایعه‌ئی سنگین برای حوزه‌ی علمیه‌ و ملت شریف ایران است.

حوزه‌ی علمیه یکی از اسطوانه‌های علمی و تحقیقی و یکی از استادان برجسته‌ی خود، و ملت ایران یکی از مراجع تقلید انقلابی و بیدار و پرتحرک خود را از دست داد. ایشان در سالهای طولانیِ دوران اختناق در شمار برجستگانی از حوزه‌ی علمیه‌ی قم بودند که در میدانهای گوناگون مبارزات حضور داشته و رنج تبعید را به جان خریدند، و پس از پیروزی انقلاب از جمله‌ی روحانیون نامداری بودند که نقشهای مهمی در همه‌ی موارد حساس ایفاء نمودند. رحمت خدا بر ایشان باد.

اینجانب این مصیبت بزرگ را به حضرت بقیه‌الله ارواحنافداه و به مراجع عظام و علمای اعلام و فضلاء و طلاب حوزه‌ی مبارکه و به عموم ملت ایران تسلیت میگویم. همچنین به خانواده‌ی مکرّم و آقازادگان ارجمند و دیگر بازماندگان و منسوبان ایشان عرض تسلیت کرده، تسلّا و صبر آنان را از خداوند متعال مسألت مینمایم.

والسلام علی عبادالله الصالحین
سیّدعلی خامنه‌ای
۲۶ خرداد ۱۳۸۶