در پی رحلت عالم مجاهد ، مرحوم مغفور آیت الله آقای حاج آقا حسن طباطبائی قمی رضوان الله تعالی علیه حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر فرمودند . متن پیام به این شرح است:
بسم‌ الله الرحمن الرحیم

رحلت عالم مجاهد، مرحوم مغفور آیت الله آقای حاج آقا حسن طباطبائی قمی رضوان الله تعالی علیه را به حضرات علماء اعلام و حوزه ی علمیه ی مشهد مقدّس و به عموم مردم انقلابی و با ایمان آن شهر شهید پرور، و بخصوص به علاقمندان و ارادت ورزان آن مرحوم و بالاخص به بازماندگان مکرّم ایشان و بیت رفیع طباطبائی قمی تسلیت عرض میکنم.

سالیان درازی از عمر با برکت این فقیه مجاهد در راه مبارزه با رژیم طاغوت گذشت و بیانات پر شور ایشان گرمابخش نیروهای مبارز بود.

رنج و محنت زندان و تبعید نتوانست در عزم راسخ آن بزرگوار خلل وارد آورد و تا لحظه ی پیروزی انقلاب تلاش ایشان را متوقف سازد .

از خداوند متعال علوّ درجات و حشر با اولیاء مکرّمین را برای ایشان مسالت میکنم .

والسلام علیه و رحمه الله و برکاته
سیدعلی خامنه‌ای
21/خرداد/1386