حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در حکمی آقای علی شمخانی را به نمایندگی خود در شورای عالی امنیت ملی برای مدت سه سال منصوب کردند.
متن حکم رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
 

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم

جناب آقای علی شمخانی

در اجرای اصل یکصد و هفتاد و ششم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، جنابعالی را به نمایندگی خود در شورایعالی امنیت ملی برای مدت سه سال منصوب میکنم.

انتظار میرود که با توجه به نقش برجسته و ممتاز تصمیمات آن شورا در تحقق استقلال و امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران، بتوانید با شرکت فعالانه در آن و تبادل نظر مستمرّ با اینجانب، به اقتدار و استقلال نظام متعالی اسلامی کمک نمایید.

بر خود لازم میدانم از زحمات جناب آقای دکتر روحانی در طول سالیان متمادی نمایندگی رهبری در شورای مذکور قدردانی نمایم.
 

سید علی خامنه‌ای
۲۱ شهریور ۱۳۹۲