در پی درگذشت عالم خدوم مرحوم آیت‌الله سیدمهدی یثربی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر کردند. متن پیام مقام معظم رهبری به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم

با تأسف و تأثر درگذشت عالم خدوم و بزرگوار مرحوم آیت الله آقای حاجی سیدمهدی یثربی رحمت الله علیه را به علماء اعلام و حوزه‌های علمیه و مردم شریف و مومن کاشان، و نیز به بیت محترم و بازماندگان مخصوصا آقازادگان مکرم آن مرحوم تسلیت می‌گویم.

ایشان از جمله علما و روحانیون خدمتگذار و دلسوزی بودند که از سالیان دور و به ویژه در دوران انقلاب و دفاع مقدس و پس از آن منشأ برکات و خدمات فراوانی گردیدند و برای مردم و حوزه های علمیه پدری مهربان و ناصحی مشفق و راهنمایی خبیر محسوب می‌شدند. خداوند روح ایشان را مشمول رحمت و مغفرت قرار داده با اجداد طاهرینشان محشور فرماید.

سیدعلی خامنه‌ای
10/مهر ماه/1385