حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی، درگذشت آقای دکتر حسن حبیبی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
با دریغ و تأسف، خبر درگذشت یار دیرین انقلاب و دانشمند متعهد، مرحوم مغفور آقای دکتر حسن حبیبی رحمة‌الله‌علیه را دریافت کردم.
ایشان مؤمنی صادق و پارسا و خَدوم بود. تاریخچه‌ی خدمات وی به نظام جمهوری اسلامی از پیش از انقلاب و به‌ هنگام تدوین پیش‌نویس قانون اساسی آغاز شده و در طول سال‌های متمادی در عضویت شورای انقلاب و سپس برعهده‌گرفتن مسئولیت‌های بزرگ دیگر ادامه یافته است. بیماری جانکاه و طولانی وی، صبر و تسلیم و توکل او را نیز بر فهرست مزایای شخصیتی وی افزود و امید است رحمت و مغفرت و رضوان الهی شامل حال ایشان گردد. لازم می‌دانم به همسر گرامی و باوفای ایشان و دیگر بازماندگان و نیز به همکاران و علاقمندان به آن فقید سعید تسلیت خویش را تقدیم نمایم.
سید علی خامنه‌ای
12 بهمن 1391