در پی ارتحال آیت‌الله حاج آقا مجتبی تهرانی، رهبر انقلاب اسلامی در پیام تسلیتی درگذشت این عالِم عامِل ربانی و معلم اخلاق را ضایعه‌ای برای حوزه‌ی علمیه و روحانیت و جامعه‌ی مذهبی تهران خواندند و این مصیبت را به بازماندگان بیت شریف ایشان تسلیت گفتند.
متن پیام به این شرح است:
 

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم

با تأسف و تأثر فراوان، خبر درگذشت عالم عامل ربّانی، مرحوم آیت‌الله آقای حاج آقا مجتبی تهرانی رحمةالله‌علیه را دریافت کردم. این حادثه‌ی ناگوار، ضایعه‌ای برای حوزه‌ی علمیه و روحانیت و جامعه‌ی مذهبی تهران و به‌ویژه ارادتمندان و شاگردان ایشان و جوانانی است که از مجالس پرفیض و درس‌های سازنده‌ی این معلم اخلاق بهره می‌بردند. اینجانب تسلیت صمیمانه‌ی خود را به آن بیت شریف و بازماندگان، به‌ویژه اخوی بزرگوار و نیز به همسر مکرّم و آقازادگان ارجمند و دیگر بازماندگان این بیت شریف تقدیم داشته، علوّ درجات آن فقید سعید را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.

سید علی خامنه‌ای
۱۳ دی ماه ۱۳۹۱