حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی به کنگره‌ی «فقیه آگاه» -بزرگداشت مقام علمی مرحوم آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی- تأکید کردند: آن عالم بزرگوار از خصلت ها و خصوصیات برجسته‌ای برخوردار بود که بارزترین آن، صلابت در امر دین و ایستادگی بر سر مواضعی است که بر اساس تشخیص دین اتخاذ می نمودند.
متن پیام رهبر انقلاب که صبح امروز (پنجشنبه) حجت‌الإسلام محمدی گلپایگانی -رئیس‌دفتر رهبری- آن را در مرکز فقهی ائمه‌ی اطهار علیهم‌السّلام در قم قرائت کرد، به این شرح است:

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای گلپایگانی در شمار برجسته‌ترین مراجع تشیع در نیم قرن اخیرند. دوران مرجعیت طولانی 32 ساله‌ی ایشان مشحون از فعالیت‌ها و اقداماتی است که از یک مرجع ذی‌نفوذ و عظیم‌الشأن مورد انتظار است.
احداث مدارس و مساجد و بیمارستان و نمایندگی در خارج از کشور و ورود در عرصه‌ی نوآوری‌های خدماتی از قبیل کارهای رایانه‌ای و ساختن مدرَس مخصوص تدریس، از جمله مجموعه‌ی کارهای برجسته‌ی آن مرحوم است.
به‌جز علم و تقوا که شرط اصلی مرجعیت شیعه است، آن بزرگوار از خصلت‌ها و خصوصیات برجسته‌ای برخوردار بود که بارزترین آن، صلابت در امر دین و ایستادگی بر سر مواضعی است که بر اساس تشخیص دین اتخاذ می‌نمودند.
رحمت خدا بر این عالم بزرگوار و جَزاهُ اللهُ عَن العِلمِ و أهلِهِ خَیرَ الجَزاء.
سید علی خامنه‌ای
17 آبان 91