حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی، در پی درگذشت والده‌ی مکرمه‌ی حجت‌الاسلام والمسلمین سید جواد گلپایگانی پیام تسلیتی به این شرح صادر کردند:

بسم‌ الله‌ الرحمن‌ الرحیم
جناب‌ حجت‌الاسلام‌ والمسلمین‌ آقای‌ حاج‌ سید جواد گلپایگانی‌ (دامت‌ برکاته‌)
درگذشت‌ والده‌ مکرمه‌ و محترمه‌ را به‌ جنابعالی‌ و دیگر بازماندگان‌ بالخصوص‌ اخوی‌ محترم‌ جناب‌ حجت‌الاسلام‌ آقای‌ حاج‌ سید باقر گلپایگانی‌ تسلیت‌ عرض‌ می‌کنم‌، رحمت‌ و مغفرت‌ الهی‌ برای‌ آن‌ مرحومه‌ و توفیقات‌ پروردگار را برای‌ حضرات‌ محترم‌ مسألت‌ می‌نمایم‌.
سید علی‌ خامنه‌ای‌
8/12/79