حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت حجت‌الاسلام والمسلمین عمید زنجانی را تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:

بسمه‌تعالی
با تأسف خبر درگذشت عالم فرزانه جناب حجة‌الاسلام‌ والمسلمین آقای حاج شیخ عباسعلی عمید زنجانی رحمة‌الله‌علیه را دریافت کردم. ایشان از دانشوران موفق و پرتلاشی بودند که تألیفات و افاضات باارزش و عالمانه‌ئی از خود باقی گذاشته و منشأ خدمات فکری در دانشگاه و در میان نخبگان و عموم مردم بوده‌اند. اینجانب درگذشت این روحانی بزرگوار را به همسر محترمه و فرزندان گرامی و دیگر بازماندگان و بیت مرحوم آیةالله مرعشی نجفی رضوان‌الله‌علیه و به شاگردان و ارادتمندان ایشان تسلیت میگویم و رحمت و مغفرت الهی را برای آن مرحوم مسألت میکنم.
سید علی خامنه‌ای
1390/8/9