حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیام مهمی به مناسبت حضور با عظمت و پر شور ملّت ایران در مرحله دوم انتخابات ریاست جمهوری، ضمن تبریک این پیروزی درخشان خطاب به ملت تصریح کردند: شما با نمایش با شکوهی از همبستگی ملّی و مشارکت عمومی، عزم راسخ خود برای دفاع از استقلال ملی و پایبندی خود به حراست شجاعانه از منافع کشور و نظام جمهوری اسلامی را در عمل ثابت کردید. متن پیام مقام معظم رهبری به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم

ملّت بزرگ و عزیز ایران!

قلم ناتوان اینجانب قادر نیست همت بلند و انگیزه‌ی عمیق و بصیرت نافذ و شور مخلصانه‌ی شما را توصیف کند. شما در دو جمعه‌ی پی در پی با اقدامی پرمعنا و پیامی رسا، بار دیگر عظمت خود را به جهانیان نشان دادید و قدرت خود را به رخ بدخــواهان و دشمنــان کینه‌توز کشیدید. شما عزم راسخ خود را بر دفاع از استقلال ملی فریاد زدید. شما پایبندی خود را به حراست شجاعانه از منافع کشور و نظام جمهوری اسلامی که تأمین‌کنند‌ه‌ی همه‌ی آرمانهای اسلامی و انقلابی است، در عمل ثابت کردید. شما نمایش باشکوهی از همبستگی ملی و مشارکت عمومی در برابر چشم دوست و دشمن قرار دادید و راز استحکام و اقتدار خود در رویاروئی با زیاده‌خواهی‌های استکباری را مجسم ساختید. اینک دشمن شما علی‌رغم یاوه‌گوئی‌های خود، در برابر عظمت و شفافیت مردم‌سالاری شما، در دل خود تحقیر می‌شود و امت بزرگ اسلامیِ گسترده در سراسر جهان، از ظرفیت و توانائی نظام اسلامی که مظهر هویّت جمعی مسلمانان است به خود می‌بالد.

این پیروزی درخشان ملّت مظهر رحمت الهی بر شما مردم مؤمن و جوانان صادق و صالح و نصرتی از سوی حضرت احدیت است. اینجانب خاشعانه جبهه‌ی سپاس بر خاک می‌نهم و دوام لطف و رحمت و نصرت ذات اقدس الهی را برای شما ملت عزیز و وفادار مسئلت می‌کنم و خود و شما را به شکر و ذکر و خضوع و رفق و مدارا توصیه می‌نمایم. اینک با تبریک این مسئولیت خطیر به رئیس جمهور منتخب جناب آقای دکتر محمود احمدی‌نژاد، نکاتی را به ایشان و همه‌ی آحاد ملت عرض می‌کنم:

1) دوران انتخابات دوران شور و التهاب است با پایان گرفتن انتخابات باید هیجان و التهاب، جای خود را به متانت و رفاقت و همکاری بدهد. همه، چه طرفداران نامزد منتخب و چه طرفداران دیگر نامزدهای محترم باید از خود ظرفیت و حلم و دانایی بروز دهند. هیچ احساسی، چه شادمانی و چه ناشادمانی، نباید کسی را به رفتاری برخلاف شأن یک انسان متعهد و خردمند وادار سازد. وحدت ملی و رفق و مدارا، تضمین کننده‌ی امنیت کشور و خنثی‌کننده‌ی هر توطئه است.

2) اکنون پس‌از هفته‌ها گفتن و شنودن، نوبت کار و اقدام است. رئیس‌جمهور منتخب تا پذیرش رسمی مسئولیت،‌ دارای فرصت ارزشمندی است، شایسته است این فرصت،‌ بدون فوت وقت،‌ مصروف اقدامهائی شود که شروع مسئولیت خطیر ریاست جمهوری بدان نیازمند است. همه‌ی مسئولان کشور و نخبگان بخشهای گوناگون، یاری ایشان را تعهّدی انسانی و اسلامی بشمارند.

3) نقش مؤثر و تعیین کننده‌ی نامزدهای ریاست جمهوری در خلق این حماسه‌ی بزرگ ملی، انکار ناپذیر و سپاس از آنان بر همگان لازم است. اینجانب تشکر وافر خود را به همه‌ی آقایان بویژه به جناب حجت‌الاسلام و المسلمین آقای هاشمی‌رفسنجانی که خود از ذخائر انقلاب و از چهره‌های برجسته‌ی نظام جمهوری اسلامی ایرانند تقدیم می‌دارم و امیدوارم این برادر عزیز و همسنگر دیرین مانند همیشه در عرصه‌های مهمِ نظام اسلامی نقش‌آفرین باشند.

4) لازم می‌دانم از همه‌ی آحاد ملت عزیز که یکبار دیگر حادثه‌ای بزرگ در جهت رشد و اعتلای کشور آفریدند، و از همه‌ی کسانی که به این آزمایش بزرگ شور و حال بخشیدند، بویژه حضرات مراجع معظم و علمای اعلام و نخبگان دانشگاهی و اقشار گوناگون اجتماعی و سیاسی و فرهنگی، و نیز از دستگاههای خبری بویژه صدا و سیما که مبتکرانه در این حرکت عمومی نقش آفرید،‌ و از همه‌ی خبرنگاران و فعالان عرصه‌ی خبر و تحلیل، و نیز از دست‌اندرکاران برگزاری انتخابات، شورای محترم نگهبان،‌ وزارت کشور، استانداران، فرمانداران، عوامل اجرائی و نظارتی، نیروهای انتظامی، امنیتی و اطلاعاتی و قضائی که با مجاهدتی بزرگ، امنیت این ایام را تأمین کردند، صمیمانه سپاسگزاری کنم و برای همه‌ی آنان پاداش و ثواب الهی مسئلت نمایم.

بار دیگر خداوند متعال را به خاطر نعمت و رحمتش بر این ملت و این کشور شکر می‌گزارم و بر ساحت حضرت بقیه‌الله ارواحنا فداه سلامی مخلصانه معروض می‌دارم و رعایت و عنایت و دعای آن بزرگوار را می‌طلبم.

والسلام علی عبادالله الصالحین

سیّدعلی خامنه‌ای

4/ تیر/1384