پس از برگزاری پنجمین دوره انتخابات ریاست جمهوری هم‌زمان با همه پرسی اصلاحیه قانون اساسی در تاریخ 6 مرداد 1368  مراسم تنفیذ حکم ریاست جمهوری حجت‌الاسلام و المسلمین هاشمی رفسنجانی در تاریخ 12 مرداد 1368 برگزار گردید.
ایشان که حدود یک سال قبل با حکم حضرت امام خمینی_{^{(رحمه‌الله)}} به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب شده بودند^[1]، در ضمن نامه‌ای در تاریخ 9 شهریور 1368 به دلیل عدم فرصت کافی برای اداره امور نیروهای مسلح با توجه به مسئولیت ریاست جمهوری، از محضر رهبر معظم انقلاب درخواست استعفا کردند.^[2]
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در تاریخ 11 شهریور 1368 در پاسخ به نامه استعفای حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی فرمودند:‌ «در پاسخ به استعفای جنابعالی از جانشینی فرماندهی کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی با توجه به مسئولیت خطیر و بسیار مهم ریاست جمهوری و اداره‌ی کشور و دولت که اکنون بحمدالله با فضل الهی و اعتماد کم نظیر ملت به دست توانای شما سپرده شده است، موافقت و قبول خود را اعلام می دارم.»^[3]
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در دوران ریاست جمهوری در راستای افزایش کارایی نیروهای مسلح، طی نامه‌ای به محضر امام خمینی_{^{(رحمه‌الله)}} اعلام داشته بودند: « ... پیشنهاد مشخص اینجانب که قبلاً نیز کتباً و شفاهاً معروض گردیده، این است که: 1- کلیه امور مربوط به نیروهای مسلح، ارتش، سپاه، ژاندارمری اعم از عملیات، پشتیبانی، امور سازمانی و اداری و غیره به شخص واحدی مفوض و محول گردد. 2- شخص مزبور از سوی حضرتعالی موظف گردد که امور را از نزدیک و با قاطعیت تمشیت کند. 3- دادگاه نیروهای مسلح موظف گردد که در تعقیب قضایی متهمین و اجرای محکومیت‌ها به طور کامل از نظر و دستور وی تبعیت کند.^[4]
ایشان در ادامه افزوده بودند:‌ «با توجه به همه جوانب، به نظر اینجانب، تنها فرد مناسب برای تصدی این مسئولیت مهم، جناب آقای هاشمی رفسنجانی است.»^[5]
حضرت امام خمینی_{^{(رحمه‌الله)}} در تاریخ 12 خرداد 1367 در پاسخ، چنین مرقوم فرموده بودند: « جناب آقای حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ علی اکبر هاشمی‌رفسنجانی ‌ـ دامت افاضاته‌ـ با توجه به درگیری رویاروی آمریکای جهان‌خوار علیه اسلام و ایران و هماهنگی غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامی و جلوگیری از پیروزی اسلام، به پیشنهاد رئیس جمهور محترم، جناب حجت‌الاسلام آقای خامنه‌ای ‌ـ دامت افاضاته‌ ـ جنابعالی را با تمام اختیارات به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب می‌نمایم.»^[6]
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------
[1]- کتاب کارنامه و خاطرات سال ۱۳۶۷«پایان دفاع، آغاز بازسازی»، حجت‌الاسلام رفسنجانی، دفتر نشر معارف انقلاب

[2]- موافقت با استعفای حجت‌الاسلام هاشمیرفسنجانی

[3]- همان

[4]- صحیفه امام، جلد 21 ص 56

[5]- همان

[6]- همان