حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت جناب حجت‌الاسلام آقای حاج شیخ محمدعلی صدوقی امام جمعه‌ی یزد را تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:
 

بسم الله الرحمن الرحیم

با تأسف و تأثر اطلاع یافتیم که جناب حجة‌الاسلام آقای حاج شیخ محمدعلی صدوقی امام جمعه‌ی یزد و نماینده‌ی اینجانب در آن استان دار فانی را وداع گفته و یاران و کسان خود را داغدار ساخته است. رحمت و رضوان الهی بر او باد.
ایشان در منصب امامت جمعه فعالیت‌های فراوان و شایان تقدیر داشته و خدمات ارزشمندی به مردم مؤمن و انقلابی آن استان تقدیم نموده است و انشاءالله مایه‌ی جلب رحمت پروردگار به روان ایشان خواهد بود.
اینجانب این مصیبت را به خانواده و بازماندگان آن مرحوم و نیز به جامعه‌ی روحانیت یزد و عموم مردم با ایمان و وفادار آن سامان تسلیت عرض می‌کنم و برای خاندان گرامی صدوقی و دیگر بازماندگان صبر جمیل و اجر جزیل مسألت می‌کنم و به روح شهید آیت‌الله صدوقی که این روزها مصادف با سالگرد شهادت ایشان است درود می‌فرستم.

سیدعلی خامنه‌ای
11/تیرماه/1390