در پی ارتحال تأسف‌بار حضرت آیت‌الله العظمی آقای حاج سید ابوالقاسم خویی، امروز از سوی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام‌های تسلیت جداگانه‌ای خطاب به حضرت آیت‌الله العظمی آقای حاج سید محمدرضا گلپایگانی و حضرت آیت‌الله العظمی آقای حاج شیخ محمدعلی اراکی ارسال شد. متن پیام مقام معظم رهبری به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
رحلت تأسف‌بار مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج سید ابوالقاسم خویی طاب‌ثراه که از اساطین حوزه‌ی مقدسه نجف اشرف و از ارکان فقاهت اسلام بودند، موجب تأسف و تأثر فراوان گردید. ایشان در زمره‌ی برجستگانی بودند که دهها سال در کرسی تدریس و در خلوت تألیف و تحقیق، به پیشرفت علوم اسلامی خدمات ارزنده‌ای کردند و یادگارهای علمی گرانقدری از خود به یادگار گذاشتند. «جزاه الله عن الاسلام والمسلمین خیر الجزاء». اینجانب این ضایعه‌ی بزرگ را به جناب‌عالی تسلیت میگویم. خداوند وجود شریف را محفوظ و سلامت بدارد.
نهم صفرالمظفر1413 هجری قمری
سیدعلی خامنه‌ای