حضرت‌ آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی رحلت عالم متفکر و بزرگوار آیت‌الله حاج شیخ محمد صادقی تهرانی را تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:

بسمه تعالی
جناب آقای مهدی مصطفوی(دامت توفیقاته)
درگذشت عالم متفکر و بزرگوار مرحوم آیت‌الله آقای حاج شیخ محمد صادقی تهرانی را که عمری به تلاش علمی و قرآنی گذرانیدند و آثار فراوانی از خود به یادگار گذاشتند، به جنابعالی و دیگر بازماندگان محترم ایشان تسلیت عرض می‌کنم و از خداوند پاداش نیک و مغفرت و رحمت واسعه برای آن مرحوم مسألت می‌نمایم.
والسلام علیکم و رحمة‌الله
سید علی خامنه‌ای
6 فروردین 1390