حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی، درگذشت مرحوم  آیت‌الله حاج‌آقا حسن امامی را به مردم اصفهان، حوزه‌ی علمیه و علمای اعلام، و به خاندان آن مرحوم تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به شرح زیر است:

بسم الله الرحمن الرحیم
رحلت عالم فقید و بزرگوار مرحوم آیت‌الله آقای حاج‌آقا حسن امامی رحمة‌الله‌علیه را به مردم عزیز و مؤمن اصفهان خصوصاً حوزه‌ی علمیه و علمای اعلام و ارادتمندان آن مرحوم و بالأخص به خاندان و آقازادگان مکرم ایشان تسلیت میگویم. در مدت بیش از پنجاه سال دوستی و رفاقت با این عالم بزرگوار، وفاداری و صداقت و دعای دلسوزانه‌ی ایشان برای این‌جانب سرمایه‌ئی مغتنم بود. خداوند روح ایشان را با اجداد طاهرینشان محشور فرماید و مشمول غفران و رحمت خود نماید.
سیدعلی خامنه‌ای
18 اسفندماه 1389