در پی‌ درگذشت‌ حجت‌الاسلام‌ والمسلمین‌ حاج‌ شیخ‌ مجدالدین‌ محلاتی‌، مقام‌ معظم‌ رهبری‌ طی‌ پیامی‌ این‌ ضایعه‌ تأسف‌بار را به‌ امام‌ جمعه‌ شیراز، حوزه‌ علمیه‌ فارس‌ و مردم‌ شیراز تسلیت‌ گفتند. متن‌ پیام‌ به‌ این‌ شرح‌ است‌:
بسم‌ الله‌ الرحمن‌ الرحیم‌
جناب‌ حجت‌الاسلام‌ والمسلمین‌ آقای‌ حاج‌ شیخ‌ محی‌الدین‌ حائری‌.
امام‌ جمعه‌ محترم‌ شیراز
درگذشت‌ مرحوم‌ مغفور حجت‌الاسلام‌ والمسلمین‌ آقای‌ حاج‌ شیخ‌ مجدالدین‌ محلاتی‌ را که‌ بازمانده‌ خانواده‌ علمی‌ محترم‌ محلاتی‌ بودند، به‌ بازماندگان‌ ایشان‌ و حوزه‌ علمیه‌ و جامعه‌ علمیه‌ فارس‌ و عموم‌ مردم‌ شیراز تسلیت‌ می‌گویم‌ و یاد مرحوم‌ آیت‌الله‌ آقای‌ حاج‌ شیخ‌ بهاءالدین‌ محلاتی‌ را که‌ در شمار پرچمداران‌ آغاز نهضت‌ اسلامی‌ در ایران‌ بودند، گرامی‌ می‌دارم‌. خداوند رحمت‌ و مغفرت‌ خود را بر ایشان‌ و سایر بازماندگان‌ این‌ بیت‌ شامل‌ فرماید.
سید علی‌ خامنه‌ای‌
  23 خرداد 79
نهم‌ ربیع‌الاول‌ 1421