در پی در گذشت عالم فرزانه و روحانی عالیقدر، حجت‌الاسلام والمسلمین حاج شیخ محمدتقی فلسفی، حضرت آیت‌الله خامنه‌‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی خطاب به برادر وی، آیت‌الله آقای حاج میرزا علی آقا فلسفی صادر کردند.
متن این پیام به شرح زیر است:
 

بسم الله الرحمن الرحیم‌

آیت‌الله آقای حاج میرزا علی آقا فلسفی (دامت برکاته)
ضایعه درگذشت اخوی معظم و مکرم حضرت عالی، مرحوم حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محمد تقی فلسفی رحمه الله علیه را به آن جناب و سایر بازماندگان آن مرحوم تسلیت عرض میکنم و سلامت و عافیت و دوام برکات وجود شریف را از خداوند متعال مسئلت مینمایم. آن مرحوم یگانه زمان در وعظ و تبلیغ منبری و دارای حق عظیمی بر اصحاب این حرفه مقدس بودند و خدمات بزرگ ایشان در راه تبلیغ دین فراموش ناشدنی است.
رحمت و مغفرت الهی بر ایشان و "جزاه الله عن الاسلام و اهله خیر الجزاء"

والسلام علیکم و رحمة الله‌
سید علی خامنه‌‌ای    

۷۷/۹/۲۷