در پی حادثه تلخ و تأسف بار درگذشت آقای مهندس علی شاهچراغی در سانحه سقوط هواپیما، پیام تسلیتی از طرف حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی خطاب به پدر آن مرحوم به شرح ذیل صادر شد:
جناب آقای دکتر شاهچراغی‌
حادثه‌ی تلخ و تأسف‌بار درگذشت آقای مهندس علی شاهچراغی را که از مدیران مؤمن و انقلابی و لایق کشور بود به جنابعالی و خانواده و دوستان وی تسلیت عرض می‌کنم.
این مصیبت برای شما امتحان الهی و مایه‌ی اجر است ان‌شاءالله تعالی از خداوند متعال علو درجات برای ایشان و صبر جمیل برای شماها مسئلت می‌نمایم.
سیدعلی خامنه‌ای‌
 4 شهریور 77