در پی رحلت آیت‌الله حاج سید رضا بهاءالدینی، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی به این شرح صادر فرمودند:
 

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم‌

با تأسف و اندوه خبر یافتیم که عالم ربانی و فقیه عارف و پارسا حضرت آیت‌الله حاج آقا رضا بهاءالدینی (قدس‌الله‌روحه) دار فانی را وداع گفته و به جوار رحمت حق پیوسته است. برای حوزه‌ی علمیه‌ی قم و روحانیت معظم اسلام، این ضایعه‌یی بیجبران و فقدانی دردناک است. این عالم بزرگ از جمله‌ی نوادری بود که همواره در حوزه‌های علمیه همچون ستاره‌ی درخشان معنویت و عرفان، راهنمای خواص و مایه‌ی دلگرمی و امید برجستگان‌اند. مقام رفیع اخلاقی و معنوی آن بزرگمرد، موجب آن بود که هر کلمه و اشاره‌‌ی او چون برقی در چشم ارادتمندانش بدرخشد و دریچه‌یی به عوالم معنا بگشاید. مجلس او همواره معراج روح مستعد فضلای جوانی بود که میخواستند علم دین را با صفای عطرآگین عرفان دینی توأم سازند. معلم اخلاق و سالک الی الله بود، و صحبت نورانی و کلام راز گشای او، دل مستعد را در یاد خدا مستغرق میکرد.

پیر مراد جوانان پاکباز جبهه و جنگ در دوران دفاع مقدس و شمع محفل بسیجیان عاشق بود، و بارها صفوف مقدم جبهه‌ها را با حضور خود نورانیت مضاعف بخشید.

این عالم کهنسال و مراد و مقبول فضلاء و علما، عمر با‌برکت و پرفیض خود را در بهشتی از پارسایی و زندگی زاهدانه، در کنج محقر خانه‌یی که دهها سال شاهد غنای معنوی صاحبش بود به سر آورد و بیاعتنایی حقیقی به زخارف ناپایدار دنیوی را که سیره‌ی همه‌ی صاحبدلان برجسته‌ی حوزه‌های علمیه است، درس ماندگار خود ساخت. همان‌طور که حیات مبارک آن اسوه‌ی پارسایی و تقوا، در حوزه علمیه‌ی قم برجسته و محسوس بود، ضایعه‌ی وفات ایشان نیز در آن حوزه عظیم‌الشأن، بسی بزرگ و سنگین است. اینجانب این مصیبت دردناک را به حضرت بقیة‌الله الاعظم (ارواحنا فداه) و به همه‌ی اعاظم و اعلام حوزه‌های علمیه و نیز به فضلای جوان و طلاب پاکنهاد و همه‌ی دلهای سرشار از شور و شوق معنویت و حضور، و نیز به خاندان معظم و فرزندان مکرم و دیگر بازماندگان ایشان تسلیت میگویم و علو مقام روح مطهر آن عبد صالح را در درجات قرب، از حضرت حق متعال مسألت مینمایم.
 

سید‌ علی خامنه‌ای
۲۸ تیر ۷۶