در پی در گذشت آیت‌‌الله آقای سید محمد باقر طباطبایی سلطانی، حضرت آیت‌اللَّه خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی صادر فرمودند.
متن پیام مقام معظم رهبری به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم‌
انا لله و انا الیه راجعون‌
خبر درگذشت عالم جلیل‌القدر و شریف النسب آیت‌الله آقای حاج سید محمد باقر طباطبایی سلطانی، موجب تأسف و تأثر اینجانب گردید. آن بزرگوار دارای شخصیت علمی و روحانی ارجمند و جامع فضیلت علم و اخلاق و برخوردار از ویژگیهای برجسته پارسایی و مناعت و پاکدامنی و بزرگ منشی بود. برکات علمی ایشان، مجموعه‌ی بزرگی از فضلاء و طلاب جوان در دوره‌های متوالی، حوزه‌ی علمیه قم را فراگرفته است که از تدریس ممتاز و کم‌نظیر ایشان در سطوح عالی فقه و اصول بهره‌مند گشته و یاد آن را همواره در خاطر نگاه داشته‌اند . نزاهت روحی و لطافت اخلاقی و رفتاری آن سید بزرگوار و شریف، خاطره‌یی خوش در ذهن همه‌ی کسانی است که از فیض آشنایی با او برخوردار بودند.
خداوند روح مطهر او را با اجداد طاهرینش محشور و مشمول رحمت و مغفرت خویش قرار دهد.
اینجانب این حادثه‌ی تأسف‌انگیز را به بیت شریف و رفیع و بازماندگان و آقازادگان محترم ایشان و نیز به علمای اعلام و اساتید و مدرسین عالی مقام حوزه‌ی علمیه قم و همه‌ی ارادتمندان و دوستداران ایشان تسلیت می‌گویم و علو درجات ایشان را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
سید علی خامنه‌ای‌