در پی درگذشت آیت‌‌الله آقای نجفی همدانی، حضرت آیت‌‌‌‌‌الله خامنه‌‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیتی خطاب به امام جمعه همدان صادر فرمودند. متن پیام به این شرح است:
«بسم الله الرحمن الرحیم»
جناب حجت‌‌‌‌‌الاسلام والمسلمین آقای حاج سید ابوالحسن موسوی
امام جمعه محترم همدان‌
خبر رحلت عالم جلیل مرحوم آیت‌‌الله آقای آقا نجفی همدانی موجب تأثر و تأسف گردید. این مرد شریف و بزرگوار که علم و تقوا و معرفت و عمل صالح را در طول عمر کهن خود جمع کرده بود حقاً یکی از علمای ابرار و اعلام علم و دین در زمان ما محسوب میشد که خود از سرسپردگان انقلاب و ارادتمندان به خیل عظیم جوانان بسیجی ما بود. رحلت آن بزرگوار برای جامعه‌‌‌‌‌‌ی ما ضایعه‌‌ای سنگین است. اینجانب در گذشت این مرد بزرگوار را به مردم مؤمن و انقلابی همدان بخصوص به جنابعالی و جامعه علمی آن شهر و همچنین به خانواده محترم و بازماندگان مکرم ایشان تسلیت عرض میکنم و از خداوند رحمت و فضل و مغفرتش را برای ایشان مسألت مینمایم.
والسلام علیکم و رحمة‌الله و برکاته‌
سید علی خامنه‌‌ای
  ۹ مهر ۷۵