در تاریخ 8 شهریور 69 و در پی ارتحال عالم جلیل‌القدر آیت‌الله العظمی سید شهاب‌الدین مرعشی نجفی، پیام تسلیتی از سوی حضرت آیت‌الله خامنه‌ای  ـ رهبر معظم انقلاب اسلامی ـ منتشر شد. رهبر انقلاب در قسمتی از این پیام تأکید کرده بودند: «آن ‌بزرگوار یکی‌ از اساطین‌ حوزه‌ی‌ علمیه‌ و از ارکان‌ علمی‌ و عملی‌ آن‌ محسوب ‌می‌شدند و عمر بابرکت‌ خود را به‌ تعلیم‌ و تدریس‌ و تربیت‌ و تزکیه‌ مصروف‌ نمودند.»
همچنین به همین مناسبت از طرف مقام معظم رهبری، تلگرام تسلیتی به حضرات آیات عظام گلپایگانی و اراکی ارسال شد و حجت‌الاسلام و المسلمین محمدی گلپایگانی نیز به نمایندگی از طرف مقام معظم رهبری جهت ابراز مراتب تسلیت معظم‌له به بازماندگان آن عالم جلیل‌القدر به قم عزیمت کردند.
همچنین در روز 10 شهریور نیز مجلس ترحیمی از سوی رهبر انقلاب در مدرسه عالی شهید مطهری برگزار شد که خود ایشان نیز در این مراسم شرکت کردند.